258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3174 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 283 aa  590  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.86 
 
 		 297 aa  370  1e-101  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.49 
 
 		 283 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40 
 
 		 279 aa  201  9e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  39.27 
 
 		 283 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.77 
 
 		 275 aa  187  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.42 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.96 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.37 
 
 		 285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  36.52 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  35.43 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.72 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.48 
 
 		 282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.21 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.59 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.27 
 
 		 292 aa  123  3e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.14 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.26 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  29.93 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.37 
 
 		 288 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.82 
 
 		 290 aa  115  7.999999999999999e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  29.82 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  29.09 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  29.75 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.68 
 
 		 282 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  30.63 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.52 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.26 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.67 
 
 		 288 aa  109  5e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  29.54 
 
 		 297 aa  105  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.89 
 
 		 294 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  29.44 
 
 		 282 aa  93.2  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  25.71 
 
 		 270 aa  89  8e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2978  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.24 
 
 		 335 aa  86.3  5e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.856422 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3141  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.24 
 
 		 335 aa  86.3  5e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.52 
 
 		 270 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4194  xylose isomerase-like TIM barrel  26 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00304718 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.49 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  28.76 
 
 		 268 aa  82.4  0.000000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 		 262 aa  79.3  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.84 
 
 		 262 aa  79  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  26.94 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 264 aa  77.8  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.94 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  26.94 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  26.94 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  26.94 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  24.12 
 
 		 259 aa  77  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  26.94 
 
 		 262 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  34.33 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  26.94 
 
 		 262 aa  75.5  0.0000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  26.94 
 
 		 262 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.78 
 
 		 274 aa  71.6  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1557  Hydroxypyruvate isomerase  26.61 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  29.17 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.88 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  26.46 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  28.65 
 
 		 250 aa  68.9  0.00000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  34.31 
 
 		 263 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  25.46 
 
 		 254 aa  65.9  0.0000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 		 259 aa  63.9  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  23.85 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  27.16 
 
 		 257 aa  61.2  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19810  hydroxypyruvate isomerase protein  28.51 
 
 		 262 aa  60.8  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5990  xylose isomerase domain-containing protein  23.72 
 
 		 339 aa  61.2  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0730403  normal  0.114286 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  29.06 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  27.83 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  30.99 
 
 		 258 aa  58.9  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  22.36 
 
 		 263 aa  58.9  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  26.09 
 
 		 264 aa  58.5  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.27 
 
 		 256 aa  58.5  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  normal  0.0990251 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  28.21 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  28.21 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.11 
 
 		 633 aa  57.4  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  28.21 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  22.88 
 
 		 276 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  28.21 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  27.2 
 
 		 260 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  21.98 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  25.76 
 
 		 256 aa  58.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.75 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  29.57 
 
 		 261 aa  58.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  28.35 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2823  hydroxypyruvate isomerase  28.24 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  28.21 
 
 		 260 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1461  AP endonuclease  28.24 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.331039  normal  0.325369 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2745  AP endonuclease  28.24 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.978898  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43410  hydroxypyruvate isomerase  31.3 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  26.97 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  22.46 
 
 		 276 aa  56.2  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.46 
 
 		 276 aa  56.2  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  25.64 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  22.46 
 
 		 276 aa  56.2  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  23.64 
 
 		 258 aa  56.2  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  22.46 
 
 		 276 aa  56.2  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  22.46 
 
 		 275 aa  55.8  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  22.46 
 
 		 276 aa  55.8  0.0000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  22.46 
 
 		 276 aa  55.1  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  24.13 
 
 		 629 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>