More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_4979 on replicon NC_012848
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
283 aa  584  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  81.91 
 
 
283 aa  486  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.86 
 
 
275 aa  219  3e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.96 
 
 
279 aa  219  3e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.09 
 
 
289 aa  214  9.999999999999999e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.59 
 
 
297 aa  199  6e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.49 
 
 
283 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.21 
 
 
290 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.62 
 
 
281 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  31.07 
 
 
290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.04 
 
 
282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.81 
 
 
285 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.71 
 
 
290 aa  132  5e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.86 
 
 
283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.85 
 
 
282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  29.89 
 
 
283 aa  129  7.000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.05 
 
 
282 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.13 
 
 
282 aa  125  7e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.72 
 
 
288 aa  125  7e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  32.46 
 
 
295 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  30.07 
 
 
282 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  32.09 
 
 
295 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  31.43 
 
 
289 aa  122  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  32.7 
 
 
293 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.79 
 
 
292 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  30.86 
 
 
297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.59 
 
 
293 aa  112  7.000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  29.08 
 
 
295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.76 
 
 
288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.53 
 
 
262 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.29 
 
 
294 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.76 
 
 
264 aa  100  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  30.77 
 
 
295 aa  99.8  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.22 
 
 
268 aa  98.2  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.98 
 
 
295 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.05 
 
 
270 aa  94.7  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.5 
 
 
294 aa  90.1  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  27.35 
 
 
282 aa  88.2  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.06 
 
 
260 aa  87.4  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  24.55 
 
 
270 aa  84.3  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  30.22 
 
 
271 aa  80.9  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  26.57 
 
 
262 aa  80.1  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.55 
 
 
264 aa  79.3  0.00000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  33.91 
 
 
278 aa  79  0.00000000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  27.08 
 
 
262 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  27.08 
 
 
262 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.71 
 
 
274 aa  77.8  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  27.08 
 
 
262 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.08 
 
 
262 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  27.08 
 
 
262 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  27.08 
 
 
262 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  35.34 
 
 
262 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  26.67 
 
 
262 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  29.89 
 
 
264 aa  74.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.14 
 
 
286 aa  72.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  34.59 
 
 
250 aa  72  0.00000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.86 
 
 
275 aa  71.6  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  27.31 
 
 
280 aa  71.2  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2201  xylose isomerase domain-containing protein  33.06 
 
 
258 aa  70.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.586932  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.05 
 
 
303 aa  70.5  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  34.82 
 
 
299 aa  69.7  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  29.79 
 
 
259 aa  68.9  0.00000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  27.69 
 
 
273 aa  68.6  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  31.61 
 
 
285 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  31.98 
 
 
258 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  26.41 
 
 
259 aa  67.8  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  28.75 
 
 
256 aa  67.4  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  33.9 
 
 
263 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4194  xylose isomerase-like TIM barrel  22.22 
 
 
334 aa  67  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00304718 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2682  xylose isomerase domain-containing protein  33.86 
 
 
258 aa  66.6  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  23.41 
 
 
276 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.4 
 
 
630 aa  66.2  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  23.41 
 
 
276 aa  65.9  0.0000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.41 
 
 
276 aa  65.9  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  23.41 
 
 
276 aa  65.9  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  23.41 
 
 
276 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  23.41 
 
 
275 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  23.41 
 
 
276 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  23.41 
 
 
276 aa  65.5  0.0000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  31.11 
 
 
264 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  31.55 
 
 
258 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  31.55 
 
 
258 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2503  hydroxypyruvate isomerase  31.51 
 
 
264 aa  64.7  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  31.02 
 
 
258 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3899  hydroxypyruvate isomerase  29.52 
 
 
251 aa  63.2  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194463  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  31.55 
 
 
258 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  31.55 
 
 
258 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  31.55 
 
 
258 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  31.02 
 
 
258 aa  62.8  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1158  hydroxypyruvate isomerase  29.38 
 
 
268 aa  62.8  0.000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.671898  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 
261 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  26.83 
 
 
258 aa  62  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.8 
 
 
273 aa  61.2  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  29.17 
 
 
258 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  28.26 
 
 
256 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1586  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28 
 
 
621 aa  60.8  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435654  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  29.27 
 
 
258 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  24.18 
 
 
262 aa  60.5  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  27.95 
 
 
257 aa  60.8  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  28.14 
 
 
258 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>