249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4538 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 281 aa  580  1e-164  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.07 
 
 		 290 aa  204  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  37.77 
 
 		 290 aa  202  4e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.86 
 
 		 290 aa  193  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  37.1 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.41 
 
 		 282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.5 
 
 		 285 aa  163  3e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.48 
 
 		 282 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.77 
 
 		 282 aa  158  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  35.83 
 
 		 283 aa  158  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.64 
 
 		 283 aa  155  6e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  34.04 
 
 		 282 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.58 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.17 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.62 
 
 		 283 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.1 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  33.22 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  33.22 
 
 		 295 aa  135  5e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  30.31 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  29.79 
 
 		 283 aa  133  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.99 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  30.92 
 
 		 293 aa  125  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  30.8 
 
 		 289 aa  125  8.000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.75 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.52 
 
 		 279 aa  123  4e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  30.83 
 
 		 295 aa  119  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.11 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  31.75 
 
 		 268 aa  116  3.9999999999999997e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.21 
 
 		 283 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.66 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.89 
 
 		 282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.93 
 
 		 295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  32.16 
 
 		 270 aa  105  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  30.36 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.72 
 
 		 293 aa  102  7e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  38.76 
 
 		 278 aa  95.1  1e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.36 
 
 		 264 aa  92.8  5e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  28.08 
 
 		 282 aa  86.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.74 
 
 		 274 aa  79  0.00000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  27.13 
 
 		 262 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.13 
 
 		 262 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  27.13 
 
 		 262 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  27.13 
 
 		 262 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.59 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  27.13 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  27.13 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  27.13 
 
 		 262 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  26.72 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.53 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  26.64 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.91 
 
 		 270 aa  70.5  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  26.92 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.67 
 
 		 260 aa  68.9  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.44 
 
 		 264 aa  68.2  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  26.5 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  26.5 
 
 		 258 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  26.5 
 
 		 258 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  30.38 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  28.19 
 
 		 259 aa  66.2  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00458  hydroxypyruvate isomerase  28.8 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.751856  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  28.8 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  28.8 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  28.8 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  28.8 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  28.91 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00463  hypothetical protein  28.8 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  30.56 
 
 		 263 aa  65.9  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  28.8 
 
 		 258 aa  65.9  0.0000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0551  hydroxypyruvate isomerase  28.8 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  29.89 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  28.3 
 
 		 267 aa  64.3  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5990  xylose isomerase domain-containing protein  24.66 
 
 		 339 aa  63.9  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0730403  normal  0.114286 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  28.7 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4194  xylose isomerase-like TIM barrel  25 
 
 		 334 aa  62.8  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00304718 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  32.08 
 
 		 260 aa  62.8  0.000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  32.08 
 
 		 260 aa  62.8  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  28.77 
 
 		 261 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  32.7 
 
 		 260 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  31.58 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  28.85 
 
 		 263 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0649  xylose isomerase domain-containing protein  26.8 
 
 		 304 aa  62  0.00000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.0000488201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2978  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.81 
 
 		 335 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.856422 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.2 
 
 		 275 aa  61.6  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  30.49 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3141  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.81 
 
 		 335 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  31.36 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  29.32 
 
 		 250 aa  61.2  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  29.31 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  27.6 
 
 		 254 aa  59.3  0.00000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  27.8 
 
 		 256 aa  59.3  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2228  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.42 
 
 		 287 aa  58.9  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498591  normal  0.437814 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  27.71 
 
 		 262 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  28.03 
 
 		 269 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  29.03 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  29.03 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  30.25 
 
 		 259 aa  58.5  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  29.03 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.42 
 
 		 282 aa  57.8  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>