242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3269 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
303 aa  619  1e-176  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  40.75 
 
 
299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2228  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.69 
 
 
287 aa  202  7e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498591  normal  0.437814 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1112  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.96 
 
 
259 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.63 
 
 
260 aa  129  7.000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29590  sugar phosphate isomerase/epimerase  31.94 
 
 
739 aa  120  3.9999999999999996e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2682  xylose isomerase domain-containing protein  28.76 
 
 
258 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2201  xylose isomerase domain-containing protein  30.39 
 
 
258 aa  101  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.586932  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.73 
 
 
275 aa  91.3  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  32.54 
 
 
250 aa  86.3  6e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  39.81 
 
 
270 aa  85.9  9e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.76 
 
 
264 aa  82  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.09 
 
 
290 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  31.37 
 
 
278 aa  79.3  0.00000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.62 
 
 
262 aa  78.6  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  33.06 
 
 
289 aa  78.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  33.33 
 
 
295 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 
295 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  36.11 
 
 
293 aa  77.4  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.75 
 
 
274 aa  75.5  0.0000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.25 
 
 
282 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.08 
 
 
283 aa  73.9  0.000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.17 
 
 
282 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  28.77 
 
 
295 aa  73.2  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.53 
 
 
281 aa  72.8  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.12 
 
 
282 aa  72.8  0.000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.56 
 
 
292 aa  71.2  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.5 
 
 
264 aa  70.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.05 
 
 
283 aa  70.5  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 
256 aa  70.5  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.78 
 
 
282 aa  69.7  0.00000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  34.75 
 
 
283 aa  69.7  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  27.46 
 
 
256 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.69 
 
 
289 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4572  hydroxypyruvate isomerase  30.15 
 
 
258 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0168162 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  27.95 
 
 
297 aa  67  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.21 
 
 
268 aa  66.2  0.0000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4202  hydroxypyruvate isomerase  30.15 
 
 
268 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.407118 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.06 
 
 
293 aa  65.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  27.91 
 
 
262 aa  65.1  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  28.75 
 
 
282 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  28.8 
 
 
257 aa  63.9  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.95 
 
 
256 aa  64.3  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.2 
 
 
279 aa  63.9  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 
290 aa  63.9  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  29.66 
 
 
283 aa  63.2  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.58 
 
 
295 aa  62.4  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.91 
 
 
294 aa  62.4  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1477  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.36 
 
 
273 aa  62  0.00000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2842  Hydroxypyruvate isomerase  27.54 
 
 
271 aa  61.6  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0814661  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  31.82 
 
 
266 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.2 
 
 
270 aa  60.8  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.42 
 
 
285 aa  60.8  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0514922 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  29.32 
 
 
259 aa  60.8  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.51 
 
 
275 aa  60.1  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  28.89 
 
 
264 aa  60.1  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  34.11 
 
 
269 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.11 
 
 
285 aa  59.7  0.00000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3407  hydroxypyruvate isomerase  32.06 
 
 
269 aa  59.3  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.743274  decreased coverage  0.0000181243 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  27.07 
 
 
260 aa  59.3  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.38 
 
 
258 aa  58.9  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 
258 aa  58.5  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25.4 
 
 
290 aa  58.9  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4719  hydroxypyruvate isomerase  30.71 
 
 
258 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00317481 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.81 
 
 
256 aa  57.4  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  32.04 
 
 
282 aa  57  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  30.56 
 
 
295 aa  57.4  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  27.07 
 
 
260 aa  57  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0246  Hydroxypyruvate isomerase  33.01 
 
 
277 aa  56.6  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  32.56 
 
 
269 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.63 
 
 
288 aa  55.8  0.0000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.82 
 
 
294 aa  55.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1032  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.98 
 
 
272 aa  55.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0870608 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  33.33 
 
 
288 aa  55.1  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.56 
 
 
283 aa  55.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3461  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.66 
 
 
293 aa  55.5  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  28.57 
 
 
262 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 
262 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 
262 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  29.7 
 
 
262 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  28.57 
 
 
262 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2365  hydroxypyruvate isomerase  26.28 
 
 
266 aa  54.3  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  28.93 
 
 
258 aa  55.1  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  27.07 
 
 
256 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  28.57 
 
 
262 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  25 
 
 
262 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  30.83 
 
 
261 aa  53.9  0.000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  31.73 
 
 
263 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  26.32 
 
 
260 aa  54.3  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  26.32 
 
 
271 aa  53.9  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
280 aa  53.9  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  25.95 
 
 
260 aa  53.9  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  30.83 
 
 
261 aa  53.9  0.000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  24.87 
 
 
278 aa  54.3  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  27.82 
 
 
260 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0423  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.32 
 
 
287 aa  53.5  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  25.36 
 
 
285 aa  53.5  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  27.82 
 
 
260 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  24.44 
 
 
264 aa  53.5  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 
260 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>