127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3760 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 288 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  51.97 
 
 		 283 aa  308  5.9999999999999995e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.59 
 
 		 283 aa  208  1e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.1 
 
 		 282 aa  175  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  34.49 
 
 		 289 aa  173  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.81 
 
 		 282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.32 
 
 		 282 aa  171  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  31.67 
 
 		 282 aa  158  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  33.09 
 
 		 295 aa  156  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  31.9 
 
 		 297 aa  152  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.5 
 
 		 285 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.03 
 
 		 279 aa  132  6.999999999999999e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.99 
 
 		 281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.35 
 
 		 275 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.64 
 
 		 292 aa  129  8.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.22 
 
 		 290 aa  126  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.93 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.34 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  29.92 
 
 		 293 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.17 
 
 		 288 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.76 
 
 		 283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.32 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.29 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.17 
 
 		 289 aa  109  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  31.62 
 
 		 268 aa  108  7.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.37 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25.55 
 
 		 290 aa  106  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  28.36 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  27.78 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  27.59 
 
 		 283 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  34.11 
 
 		 295 aa  98.2  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.18 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.67 
 
 		 295 aa  89.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.82 
 
 		 262 aa  87.8  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  27 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.62 
 
 		 282 aa  83.6  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  38 
 
 		 270 aa  79  0.00000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  37.29 
 
 		 278 aa  78.2  0.0000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.74 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.24 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.11 
 
 		 270 aa  71.6  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.4 
 
 		 264 aa  70.1  0.00000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  25.21 
 
 		 262 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  25.21 
 
 		 262 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.21 
 
 		 262 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  25.21 
 
 		 262 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  25.21 
 
 		 262 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  25.21 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  25.21 
 
 		 262 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  25.21 
 
 		 262 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5990  xylose isomerase domain-containing protein  24.46 
 
 		 339 aa  62.8  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0730403  normal  0.114286 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1112  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.95 
 
 		 259 aa  58.5  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.63 
 
 		 303 aa  56.2  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.21 
 
 		 288 aa  55.8  0.0000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  27.54 
 
 		 293 aa  55.5  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  26.06 
 
 		 292 aa  53.5  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  26.06 
 
 		 262 aa  52.4  0.000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  26.35 
 
 		 299 aa  52.4  0.000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  20.8 
 
 		 258 aa  52.4  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  23.79 
 
 		 264 aa  52  0.00001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0949  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.77 
 
 		 272 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  22.7 
 
 		 256 aa  51.2  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  20.22 
 
 		 258 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  20.22 
 
 		 258 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  25.41 
 
 		 285 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  20.22 
 
 		 258 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  20.8 
 
 		 258 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  20.8 
 
 		 258 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  20.8 
 
 		 258 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00458  hydroxypyruvate isomerase  20.22 
 
 		 258 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.751856  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  20.22 
 
 		 258 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4194  xylose isomerase-like TIM barrel  24.6 
 
 		 334 aa  50.8  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00304718 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  25.88 
 
 		 279 aa  50.8  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  24.85 
 
 		 276 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  20.22 
 
 		 258 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1856  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.61 
 
 		 292 aa  50.8  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00463  hypothetical protein  20.22 
 
 		 258 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  24.85 
 
 		 276 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.85 
 
 		 276 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  24.85 
 
 		 276 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.88 
 
 		 286 aa  49.7  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2978  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.91 
 
 		 335 aa  50.1  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.856422 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  24.85 
 
 		 276 aa  49.7  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3141  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.91 
 
 		 335 aa  50.1  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  24.85 
 
 		 276 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  24.85 
 
 		 275 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  27.75 
 
 		 332 aa  49.3  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.63 
 
 		 269 aa  49.3  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.03 
 
 		 260 aa  48.5  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  22.32 
 
 		 254 aa  48.5  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06440  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.15 
 
 		 300 aa  47.8  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  26.95 
 
 		 285 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  24.65 
 
 		 274 aa  47.8  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  30.22 
 
 		 278 aa  48.1  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  26.62 
 
 		 273 aa  47.8  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.97 
 
 		 279 aa  48.1  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  27.17 
 
 		 332 aa  47.4  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  25 
 
 		 262 aa  47.4  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  27.5 
 
 		 250 aa  47  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  26.19 
 
 		 285 aa  46.2  0.0006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>