28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5990 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5990  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 339 aa  702    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0730403  normal  0.114286 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2978  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.23 
 
 		 335 aa  340  2e-92  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.856422 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3141  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.23 
 
 		 335 aa  340  2e-92  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4194  xylose isomerase-like TIM barrel  49.09 
 
 		 334 aa  332  8e-90  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00304718 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.23 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.54 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.02 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.66 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.82 
 
 		 283 aa  63.2  0.000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.46 
 
 		 288 aa  62.8  0.000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  26.63 
 
 		 290 aa  60.1  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.42 
 
 		 275 aa  60.1  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  28.38 
 
 		 289 aa  59.3  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  23.81 
 
 		 283 aa  55.8  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  26.07 
 
 		 295 aa  55.8  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  21.89 
 
 		 283 aa  53.1  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28 
 
 		 282 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.72 
 
 		 283 aa  51.2  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.22 
 
 		 283 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.89 
 
 		 290 aa  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  23.53 
 
 		 282 aa  49.7  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.61 
 
 		 282 aa  49.3  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.76 
 
 		 288 aa  45.4  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.75 
 
 		 292 aa  45.8  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  32.89 
 
 		 288 aa  45.1  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  27.38 
 
 		 293 aa  43.1  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.96 
 
 		 282 aa  42.7  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.65 
 
 		 290 aa  42.7  0.01  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>