224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1263 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
297 aa  626  1e-178  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.86 
 
 
283 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.28 
 
 
279 aa  218  1e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.41 
 
 
289 aa  203  3e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.59 
 
 
283 aa  199  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  37.23 
 
 
283 aa  195  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.16 
 
 
275 aa  194  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.07 
 
 
290 aa  145  6e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.8 
 
 
290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.62 
 
 
283 aa  135  6.0000000000000005e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.55 
 
 
285 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.25 
 
 
290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  31.44 
 
 
295 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  31.06 
 
 
295 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  32.39 
 
 
282 aa  122  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.68 
 
 
293 aa  120  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.04 
 
 
282 aa  119  6e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.63 
 
 
282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.05 
 
 
282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  31.94 
 
 
293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  29.41 
 
 
283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.27 
 
 
292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  28.19 
 
 
289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  28.06 
 
 
295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.66 
 
 
281 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.78 
 
 
282 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.29 
 
 
288 aa  109  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.82 
 
 
288 aa  104  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.36 
 
 
264 aa  101  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  28.33 
 
 
297 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.57 
 
 
268 aa  99.8  6e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.62 
 
 
294 aa  99  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  25.1 
 
 
270 aa  92  1e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.24 
 
 
294 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.46 
 
 
270 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  26.24 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4194  xylose isomerase-like TIM barrel  26.96 
 
 
334 aa  80.1  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00304718 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.78 
 
 
262 aa  79  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.69 
 
 
264 aa  79  0.00000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2978  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.23 
 
 
335 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.856422 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3141  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.23 
 
 
335 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  28.68 
 
 
278 aa  75.1  0.000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  28.09 
 
 
295 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  32.54 
 
 
262 aa  72  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  25.44 
 
 
262 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.55 
 
 
274 aa  70.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  26.72 
 
 
262 aa  69.3  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.26775 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  25 
 
 
262 aa  68.9  0.00000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
262 aa  68.9  0.00000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  25 
 
 
262 aa  68.9  0.00000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  25 
 
 
262 aa  68.9  0.00000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  25 
 
 
262 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5990  xylose isomerase domain-containing protein  27.02 
 
 
339 aa  67.8  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0730403  normal  0.114286 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.97 
 
 
295 aa  67  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  24.86 
 
 
262 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  24.68 
 
 
263 aa  65.9  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  24.56 
 
 
262 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  31.63 
 
 
263 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  30.19 
 
 
271 aa  59.7  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  27.1 
 
 
258 aa  60.1  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  21.08 
 
 
258 aa  59.7  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19810  hydroxypyruvate isomerase protein  30.58 
 
 
262 aa  58.9  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  20.54 
 
 
259 aa  58.5  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2201  xylose isomerase domain-containing protein  29.57 
 
 
258 aa  58.9  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.586932  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  26.67 
 
 
259 aa  56.6  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  27.13 
 
 
260 aa  55.8  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  27.35 
 
 
260 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.1 
 
 
286 aa  55.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  25.96 
 
 
260 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  25.15 
 
 
258 aa  54.3  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.35 
 
 
260 aa  54.3  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3036  hypothetical protein  33.02 
 
 
258 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  25.97 
 
 
258 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3065  hypothetical protein  33.02 
 
 
258 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765519  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3407  hydroxypyruvate isomerase  31.13 
 
 
269 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.743274  decreased coverage  0.0000181243 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3120  hypothetical protein  33.02 
 
 
258 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0148759 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  24.65 
 
 
254 aa  53.5  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3104  hypothetical protein  33.02 
 
 
258 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  25.97 
 
 
258 aa  53.1  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  23.72 
 
 
261 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  25.97 
 
 
258 aa  53.1  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  25.23 
 
 
259 aa  53.1  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 
258 aa  53.1  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.02 
 
 
633 aa  53.1  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.84 
 
 
256 aa  53.1  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
303 aa  53.1  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  24.68 
 
 
273 aa  53.1  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 
258 aa  53.1  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  23.08 
 
 
261 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  27.74 
 
 
250 aa  52.8  0.000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  30.43 
 
 
258 aa  52.4  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  24.48 
 
 
258 aa  52.4  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  26.5 
 
 
260 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  27.42 
 
 
259 aa  52  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  24.59 
 
 
258 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  25.17 
 
 
258 aa  52  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43410  hydroxypyruvate isomerase  28.7 
 
 
259 aa  52  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  25.17 
 
 
258 aa  52  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  25.17 
 
 
258 aa  52  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  24.68 
 
 
258 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>