110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4668 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_4668  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
284 aa  590  1e-167  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04064  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  99.3 
 
 
284 aa  587  1e-166  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3796  hexulose-6-phosphate isomerase  98.94 
 
 
284 aa  585  1e-166  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.542065  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4441  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  98.94 
 
 
284 aa  584  1e-166  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4758  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  99.3 
 
 
284 aa  587  1e-166  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3816  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  98.94 
 
 
284 aa  584  1e-166  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643692 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5713  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  98.94 
 
 
284 aa  585  1e-166  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04026  hypothetical protein  99.3 
 
 
284 aa  587  1e-166  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4727  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  98.24 
 
 
284 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639292  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4805  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  94.72 
 
 
284 aa  565  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.296767  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4655  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  95.07 
 
 
284 aa  565  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4665  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  94.72 
 
 
284 aa  563  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4784  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  95.07 
 
 
284 aa  565  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.871942  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4748  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  94.01 
 
 
284 aa  561  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3938  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  59.15 
 
 
286 aa  354  1e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3697  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  58.66 
 
 
286 aa  349  3e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3894  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  58.3 
 
 
286 aa  347  1e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03434  predicted L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  60.14 
 
 
286 aa  346  2e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03385  hypothetical protein  60.14 
 
 
286 aa  346  2e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4079  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  59.79 
 
 
286 aa  344  8e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3786  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  59.79 
 
 
286 aa  343  1e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0132  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  59.79 
 
 
286 aa  343  1e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.482678  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3905  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  59.43 
 
 
286 aa  343  2e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0128  hexulose-6-phosphate isomerase  59.64 
 
 
286 aa  341  8e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3954  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  58.72 
 
 
286 aa  328  6e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.139672  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3999  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  58.72 
 
 
286 aa  328  6e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.873782 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4061  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  58.72 
 
 
286 aa  328  6e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.849569 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3890  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  58.36 
 
 
286 aa  327  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3874  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  58.36 
 
 
286 aa  326  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0772  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  52.69 
 
 
290 aa  324  1e-87  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.692507  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3269  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  56.27 
 
 
293 aa  323  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3402  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  56.27 
 
 
293 aa  323  3e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0931  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  55.91 
 
 
293 aa  321  7e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.298482 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1811  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  52.3 
 
 
287 aa  306  2.0000000000000002e-82  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00140377  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0146  hexulose-6-phosphate isomerase  45.1 
 
 
291 aa  287  1e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1320  hexulose-6-phosphate isomerase  49.3 
 
 
289 aa  286  2.9999999999999996e-76  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0126  hexulose-6-phosphate isomerase  44.76 
 
 
291 aa  285  5e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0649  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  44.48 
 
 
282 aa  270  2e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0121  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  48.08 
 
 
290 aa  254  9e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0287  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  46.54 
 
 
290 aa  253  3e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.790888  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0331  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  42.7 
 
 
282 aa  250  2e-65  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1993  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  44.84 
 
 
287 aa  247  2e-64  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0988  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 
294 aa  240  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0393582  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  25.79 
 
 
279 aa  62.8  0.000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.27 
 
 
289 aa  60.8  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0323  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.75 
 
 
536 aa  60.1  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.71 
 
 
264 aa  56.6  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.85 
 
 
282 aa  55.5  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2286  xylose isomerase domain-containing protein  26.97 
 
 
277 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0370511  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2721  xylose isomerase domain-containing protein  26.67 
 
 
280 aa  52.8  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543869  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0499  xylose isomerase domain-containing protein  21.64 
 
 
304 aa  51.6  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00421742  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3593  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.88 
 
 
265 aa  50.8  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244317  normal  0.215314 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  22.59 
 
 
289 aa  51.2  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0182  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.89 
 
 
321 aa  50.8  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000874694 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2874  oxidoreductase domain protein  24.11 
 
 
699 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  23.42 
 
 
480 aa  50.8  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  21.59 
 
 
295 aa  50.8  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2848  xylose isomerase-like TIM barrel  23.57 
 
 
282 aa  50.8  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.561386  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  21.59 
 
 
295 aa  50.4  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1208  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.05 
 
 
309 aa  50.4  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.116756  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.2 
 
 
294 aa  50.1  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3593  xylose isomerase domain-containing protein  23.98 
 
 
290 aa  49.7  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.671139  decreased coverage  0.000150106 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.1 
 
 
286 aa  48.9  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  24.73 
 
 
299 aa  48.5  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  25.3 
 
 
257 aa  48.5  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2966  oxidoreductase domain protein  24.11 
 
 
699 aa  48.5  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1498  xylose isomerase domain-containing protein  36.27 
 
 
290 aa  48.1  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000000176809  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0458  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.5 
 
 
266 aa  48.1  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.590308 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28710  sugar phosphate isomerase/epimerase  19.87 
 
 
307 aa  47.8  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0885144  normal  0.0589318 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.44 
 
 
262 aa  47.4  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  21.92 
 
 
297 aa  47  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2929  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.06 
 
 
327 aa  46.6  0.0005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.712071  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2266  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.14 
 
 
266 aa  46.6  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00648615  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 
250 aa  46.2  0.0006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2684  xylose isomerase domain-containing protein  23.27 
 
 
297 aa  45.8  0.0008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.16562  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.52 
 
 
284 aa  45.8  0.0009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3316  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21 
 
 
313 aa  45.8  0.0009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  21.74 
 
 
270 aa  45.4  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2692  xylose isomerase domain-containing protein  32.26 
 
 
284 aa  45.4  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 
305 aa  45.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.279544  normal  0.182339 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.32 
 
 
258 aa  45.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0542  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.44 
 
 
250 aa  45.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1829  hypothetical protein  25.51 
 
 
306 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0766527  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2649  hypothetical protein  24.86 
 
 
306 aa  44.7  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0432409  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1675  AP endonuclease  25.51 
 
 
306 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.173299  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2806  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.71 
 
 
297 aa  44.3  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.51 
 
 
275 aa  44.7  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2872  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.32 
 
 
300 aa  44.3  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00133727  normal  0.0357921 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  28.57 
 
 
306 aa  43.9  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  24.46 
 
 
272 aa  43.9  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  28.57 
 
 
306 aa  43.9  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  28.57 
 
 
306 aa  43.9  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  28.57 
 
 
306 aa  43.9  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  28.57 
 
 
306 aa  43.9  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2911  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.86 
 
 
297 aa  44.3  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.124085 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3693  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.55 
 
 
270 aa  43.9  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.37 
 
 
260 aa  44.3  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1107  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.84 
 
 
273 aa  43.9  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  20.82 
 
 
281 aa  43.5  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.05 
 
 
292 aa  43.5  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>