67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1208 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1208  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 309 aa  634    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.116756  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2872  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.93 
 
 		 300 aa  245  6.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00133727  normal  0.0357921 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  33.2 
 
 		 279 aa  157  3e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0948  xylose isomerase domain-containing protein  27.72 
 
 		 272 aa  95.9  8e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2721  xylose isomerase domain-containing protein  31.48 
 
 		 280 aa  72.4  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543869  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2848  xylose isomerase-like TIM barrel  27.78 
 
 		 282 aa  68.6  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.561386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0323  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.59 
 
 		 536 aa  68.2  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1537  xylose isomerase domain-containing protein  26.21 
 
 		 283 aa  63.2  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.505536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0331  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.85 
 
 		 282 aa  59.3  0.00000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2296  xylose isomerase domain-containing protein  29.66 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.837995  normal  0.299582 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0772  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.2 
 
 		 290 aa  57  0.0000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.692507  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0649  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.94 
 
 		 282 aa  55.5  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4748  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.38 
 
 		 284 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0121  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.17 
 
 		 290 aa  53.5  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4784  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.38 
 
 		 284 aa  53.5  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.871942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4655  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.38 
 
 		 284 aa  53.5  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3894  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.68 
 
 		 286 aa  53.1  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3796  hexulose-6-phosphate isomerase  24.4 
 
 		 284 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.542065  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0988  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.78 
 
 		 294 aa  52.8  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0393582  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.09 
 
 		 258 aa  52.8  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3816  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.94 
 
 		 284 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00643692 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3697  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.68 
 
 		 286 aa  52  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4758  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.05 
 
 		 284 aa  52  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04026  hypothetical protein  23.05 
 
 		 284 aa  52  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.59 
 
 		 301 aa  52.4  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04064  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.05 
 
 		 284 aa  52  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5713  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.05 
 
 		 284 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4665  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.05 
 
 		 284 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4441  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.05 
 
 		 284 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4668  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.05 
 
 		 284 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.67 
 
 		 308 aa  50.8  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4727  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.6 
 
 		 284 aa  50.8  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639292  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  23.57 
 
 		 263 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3938  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.83 
 
 		 286 aa  50.4  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3905  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.58 
 
 		 286 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  29.32 
 
 		 255 aa  48.9  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.52 
 
 		 258 aa  48.9  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4079  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.15 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1271  xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.23 
 
 		 298 aa  48.9  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  22.67 
 
 		 271 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4805  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.22 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.296767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.26 
 
 		 295 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  24.17 
 
 		 295 aa  47  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  26.67 
 
 		 258 aa  46.6  0.0006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1811  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.02 
 
 		 287 aa  46.2  0.0006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00140377  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.6 
 
 		 275 aa  46.2  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0413  xylose isomerase domain-containing protein  25.89 
 
 		 299 aa  46.2  0.0007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0344  AP endonuclease  25.89 
 
 		 299 aa  46.2  0.0007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.78 
 
 		 284 aa  45.8  0.0009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3786  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.73 
 
 		 286 aa  45.8  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03434  predicted L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.88 
 
 		 286 aa  45.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0128  hexulose-6-phosphate isomerase  23.73 
 
 		 286 aa  45.4  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5488  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.82 
 
 		 285 aa  45.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.479008 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0132  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.73 
 
 		 286 aa  45.8  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.482678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  22.26 
 
 		 259 aa  45.4  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03385  hypothetical protein  22.88 
 
 		 286 aa  45.1  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.23 
 
 		 262 aa  45.1  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0287  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.28 
 
 		 290 aa  45.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.790888  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0126  hexulose-6-phosphate isomerase  23.16 
 
 		 291 aa  43.9  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0499  xylose isomerase domain-containing protein  29.25 
 
 		 282 aa  43.9  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.81 
 
 		 289 aa  43.5  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1798  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.43 
 
 		 270 aa  43.9  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  26.79 
 
 		 257 aa  43.5  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3708  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.32 
 
 		 286 aa  43.5  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  24.32 
 
 		 289 aa  42.7  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3693  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.58 
 
 		 270 aa  42.7  0.007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.21 
 
 		 659 aa  42.4  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0197966  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>