50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3708 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3708  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 286 aa  593  1e-169  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5488  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.82 
 
 		 285 aa  300  3e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.479008 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1808  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.89 
 
 		 299 aa  126  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.011927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2147  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.86 
 
 		 281 aa  118  9e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.634392  normal  0.651305 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2777  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.94 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0323  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.42 
 
 		 536 aa  100  4e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4077  xylose isomerase domain-containing protein  26.44 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.768567  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  26.86 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0287  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.31 
 
 		 290 aa  57.8  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.790888  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2721  xylose isomerase domain-containing protein  23.33 
 
 		 280 aa  55.8  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543869  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.97 
 
 		 275 aa  55.1  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.1 
 
 		 283 aa  55.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0121  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.13 
 
 		 290 aa  55.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.74 
 
 		 290 aa  55.1  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1348  hypothetical protein  22.05 
 
 		 271 aa  52.4  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.359859  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0234  AMP-dependent synthetase and ligase  26.23 
 
 		 843 aa  52.4  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000591284  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2848  xylose isomerase-like TIM barrel  22.12 
 
 		 282 aa  50.1  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.561386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3874  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.28 
 
 		 286 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3954  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25 
 
 		 286 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.139672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4061  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25 
 
 		 286 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.849569 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3890  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25 
 
 		 286 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3999  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25 
 
 		 286 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.873782 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0128  hexulose-6-phosphate isomerase  24.82 
 
 		 286 aa  49.3  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3905  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25 
 
 		 286 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3786  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  25.32 
 
 		 250 aa  48.9  0.0001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03434  predicted L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.74 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0499  xylose isomerase domain-containing protein  26.36 
 
 		 282 aa  48.9  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3894  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.3 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3938  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.22 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03385  hypothetical protein  23.74 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  26.03 
 
 		 279 aa  48.5  0.0001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0132  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.482678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4079  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3697  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.58 
 
 		 286 aa  47  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.02 
 
 		 282 aa  47.4  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  26.09 
 
 		 283 aa  45.8  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1320  hexulose-6-phosphate isomerase  22.73 
 
 		 289 aa  45.8  0.0008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.94 
 
 		 292 aa  45.4  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3402  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.46 
 
 		 293 aa  45.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.31 
 
 		 297 aa  45.4  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  25.77 
 
 		 256 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0931  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.46 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.298482 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 282 aa  43.9  0.003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  23.44 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1208  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.32 
 
 		 309 aa  43.5  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.116756  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0433  xylose isomerase domain-containing protein  28.19 
 
 		 279 aa  43.5  0.004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2835  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 310 aa  42.7  0.007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.840707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  27.27 
 
 		 289 aa  42.4  0.008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3269  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.08 
 
 		 293 aa  42.4  0.008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>