68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_5488 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_5488  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 285 aa  585  1e-166  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.479008 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3708  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.82 
 
 		 286 aa  300  3e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1808  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.92 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.011927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2147  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.15 
 
 		 281 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.634392  normal  0.651305 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2777  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.45 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4077  xylose isomerase domain-containing protein  27.35 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.768567  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0323  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.77 
 
 		 536 aa  93.6  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0287  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.05 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.790888  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0121  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.98 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0988  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  28.19 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0393582  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  27.95 
 
 		 289 aa  66.2  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2848  xylose isomerase-like TIM barrel  25.32 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.561386  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1811  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  27.09 
 
 		 287 aa  62.4  0.000000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00140377  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  27.86 
 
 		 297 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  26.74 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0931  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.44 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.298482 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3269  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.82 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3905  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.67 
 
 		 286 aa  59.7  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3402  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.82 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  27.27 
 
 		 250 aa  59.3  0.00000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3938  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.44 
 
 		 286 aa  58.9  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4079  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.67 
 
 		 286 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0132  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.67 
 
 		 286 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.482678  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0128  hexulose-6-phosphate isomerase  25.67 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3786  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.67 
 
 		 286 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.09 
 
 		 275 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.62 
 
 		 290 aa  57.4  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1348  hypothetical protein  21.88 
 
 		 271 aa  57.4  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.359859  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03385  hypothetical protein  25.98 
 
 		 286 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3697  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.6 
 
 		 286 aa  57.4  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03434  predicted L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.98 
 
 		 286 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3894  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.6 
 
 		 286 aa  56.2  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3954  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.4 
 
 		 286 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.139672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.33 
 
 		 283 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4061  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.4 
 
 		 286 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.849569 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3890  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.4 
 
 		 286 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3999  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.4 
 
 		 286 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.873782 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3874  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.4 
 
 		 286 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2249  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  30.41 
 
 		 263 aa  52.4  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.622554 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  29.52 
 
 		 259 aa  51.2  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  26.51 
 
 		 295 aa  50.4  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4805  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.46 
 
 		 284 aa  50.8  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.296767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0234  AMP-dependent synthetase and ligase  26.2 
 
 		 843 aa  49.7  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000591284  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1361  xylose isomerase domain-containing protein  27.83 
 
 		 278 aa  49.7  0.00006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0331  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.63 
 
 		 282 aa  48.9  0.00009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  23.62 
 
 		 268 aa  48.9  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0499  xylose isomerase domain-containing protein  28.95 
 
 		 282 aa  47.4  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.37 
 
 		 282 aa  47.4  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2721  xylose isomerase domain-containing protein  22.12 
 
 		 280 aa  46.6  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543869  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.88 
 
 		 282 aa  46.6  0.0005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1208  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.82 
 
 		 309 aa  45.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.116756  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  30.77 
 
 		 295 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  27.04 
 
 		 263 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  30.77 
 
 		 295 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8563  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.65 
 
 		 278 aa  44.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0314267  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0126  hexulose-6-phosphate isomerase  20.99 
 
 		 291 aa  44.7  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  28.24 
 
 		 267 aa  44.7  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 283 aa  44.3  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2335  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.99 
 
 		 271 aa  45.1  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  27.22 
 
 		 259 aa  43.5  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1041  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.62 
 
 		 298 aa  43.9  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0146  hexulose-6-phosphate isomerase  21.88 
 
 		 291 aa  43.5  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  27.54 
 
 		 278 aa  43.5  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0772  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.4 
 
 		 290 aa  43.1  0.005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.692507  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0621  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.17 
 
 		 281 aa  43.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  25.51 
 
 		 257 aa  42.7  0.007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  23.67 
 
 		 256 aa  42.7  0.007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3899  hydroxypyruvate isomerase  21.61 
 
 		 251 aa  42.4  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194463  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>