67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0988 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0988  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  100 
 
 		 294 aa  614  1e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0393582  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0121  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  69.63 
 
 		 290 aa  393  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0287  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  64.87 
 
 		 290 aa  375  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.790888  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3938  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  53.09 
 
 		 286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4079  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  55.08 
 
 		 286 aa  276  4e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3905  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  55.08 
 
 		 286 aa  276  4e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3894  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  50.18 
 
 		 286 aa  276  4e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03385  hypothetical protein  55.08 
 
 		 286 aa  275  8e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03434  predicted L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  55.08 
 
 		 286 aa  275  8e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3697  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  53.31 
 
 		 286 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0128  hexulose-6-phosphate isomerase  54.69 
 
 		 286 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0132  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  54.69 
 
 		 286 aa  273  3e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.482678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0772  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  48.57 
 
 		 290 aa  273  3e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.692507  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3786  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  54.69 
 
 		 286 aa  273  3e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3954  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  54.3 
 
 		 286 aa  265  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.139672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4061  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  54.3 
 
 		 286 aa  265  8.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.849569 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3890  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  54.3 
 
 		 286 aa  265  8.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3874  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  54.3 
 
 		 286 aa  265  8.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3999  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  54.3 
 
 		 286 aa  265  8.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.873782 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3269  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  50.56 
 
 		 293 aa  259  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3402  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  51.17 
 
 		 293 aa  258  9e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0931  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  50.78 
 
 		 293 aa  256  3e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.298482 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1811  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  44.71 
 
 		 287 aa  249  3e-65  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00140377  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5713  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  48.43 
 
 		 284 aa  242  5e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3816  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  48.03 
 
 		 284 aa  242  6e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00643692 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4758  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  48.03 
 
 		 284 aa  241  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4441  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  48.03 
 
 		 284 aa  241  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04026  hypothetical protein  48.03 
 
 		 284 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04064  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  48.03 
 
 		 284 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4805  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  48.03 
 
 		 284 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.296767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4668  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 		 284 aa  240  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4727  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 		 284 aa  238  8e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639292  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4748  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  47.24 
 
 		 284 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3796  hexulose-6-phosphate isomerase  46.85 
 
 		 284 aa  236  4e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.542065  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1320  hexulose-6-phosphate isomerase  40.49 
 
 		 289 aa  236  5.0000000000000005e-61  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4655  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  47.24 
 
 		 284 aa  235  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4784  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  47.24 
 
 		 284 aa  235  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.871942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4665  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  46.85 
 
 		 284 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0649  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  40.57 
 
 		 282 aa  226  3e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0126  hexulose-6-phosphate isomerase  40.39 
 
 		 291 aa  226  4e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0146  hexulose-6-phosphate isomerase  40 
 
 		 291 aa  224  2e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0331  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  39.3 
 
 		 282 aa  212  7e-54  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1993  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  41.47 
 
 		 287 aa  205  9e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5488  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.19 
 
 		 285 aa  66.2  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.479008 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2848  xylose isomerase-like TIM barrel  23.89 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.561386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  23.67 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1208  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.78 
 
 		 309 aa  52.8  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.116756  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0323  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.09 
 
 		 536 aa  50.8  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2872  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.56 
 
 		 300 aa  50.4  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00133727  normal  0.0357921 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  23.36 
 
 		 281 aa  49.3  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.41 
 
 		 264 aa  47.8  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  20.45 
 
 		 256 aa  45.8  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.31 
 
 		 289 aa  44.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2721  xylose isomerase domain-containing protein  23.6 
 
 		 280 aa  43.9  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543869  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5319  AP endonuclease, family 2  35.21 
 
 		 326 aa  43.5  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.44383 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31660  sugar phosphate isomerase/epimerase  21.6 
 
 		 297 aa  43.5  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2144  hypothetical protein  33.03 
 
 		 148 aa  43.1  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0542  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.87 
 
 		 250 aa  43.1  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  21.43 
 
 		 268 aa  43.1  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3581  xylose isomerase domain-containing protein  24.53 
 
 		 325 aa  43.1  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.257163 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1941  sugar phosphate isomerase/epimerase  38.1 
 
 		 148 aa  42.7  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1917  sugar phosphate isomerase/epimerase  38.1 
 
 		 148 aa  42.7  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1679  xylose isomerase domain-containing protein  22.83 
 
 		 300 aa  42.7  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338989  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2972  xylose isomerase domain-containing protein  26.37 
 
 		 255 aa  42.7  0.008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.39 
 
 		 292 aa  42.4  0.009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.46 
 
 		 299 aa  42.4  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4958  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.06 
 
 		 315 aa  42.4  0.01  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.91876 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>