54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2872 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2872  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 300 aa  616  1e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00133727  normal  0.0357921 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1208  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.31 
 
 		 309 aa  255  7e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.116756  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  35.71 
 
 		 279 aa  145  6e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0948  xylose isomerase domain-containing protein  27.39 
 
 		 272 aa  90.5  3e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.05 
 
 		 628 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0331  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  27.18 
 
 		 282 aa  53.1  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0542  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.21 
 
 		 250 aa  52.8  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0323  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.22 
 
 		 536 aa  50.8  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0649  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.14 
 
 		 282 aa  50.1  0.00005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0126  hexulose-6-phosphate isomerase  23.95 
 
 		 291 aa  49.3  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2721  xylose isomerase domain-containing protein  24.61 
 
 		 280 aa  48.9  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543869  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0988  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.56 
 
 		 294 aa  48.5  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0393582  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2848  xylose isomerase-like TIM barrel  22.11 
 
 		 282 aa  48.5  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.561386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4784  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.2 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.871942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4655  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.2 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0146  hexulose-6-phosphate isomerase  23.53 
 
 		 291 aa  48.1  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4748  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.2 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1136  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.66 
 
 		 312 aa  47  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1537  xylose isomerase domain-containing protein  25.75 
 
 		 283 aa  46.2  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.505536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0772  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.19 
 
 		 290 aa  45.8  0.0008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.692507  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4079  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.07 
 
 		 286 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4805  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.2 
 
 		 284 aa  45.8  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.296767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  27.38 
 
 		 262 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4665  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.68 
 
 		 284 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3905  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.07 
 
 		 286 aa  45.8  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0132  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.48 
 
 		 286 aa  45.4  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.482678  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0128  hexulose-6-phosphate isomerase  24.48 
 
 		 286 aa  45.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  28 
 
 		 262 aa  45.4  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3786  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.48 
 
 		 286 aa  45.4  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  27.38 
 
 		 262 aa  45.1  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03434  predicted L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.07 
 
 		 286 aa  45.1  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04064  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.71 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.38 
 
 		 262 aa  45.1  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3796  hexulose-6-phosphate isomerase  23.32 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.542065  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1811  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.61 
 
 		 287 aa  45.1  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00140377  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04026  hypothetical protein  23.71 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03385  hypothetical protein  24.07 
 
 		 286 aa  45.1  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  27.38 
 
 		 262 aa  45.1  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3269  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.68 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  27.38 
 
 		 262 aa  45.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4441  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.71 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4727  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.71 
 
 		 284 aa  45.1  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639292  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4668  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.83 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4758  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.71 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3816  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.71 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00643692 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0931  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.68 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.298482 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3402  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.68 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5713  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.71 
 
 		 284 aa  44.3  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8563  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.15 
 
 		 278 aa  43.5  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0314267  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  26.79 
 
 		 262 aa  43.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  26.79 
 
 		 262 aa  43.1  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  26.01 
 
 		 250 aa  42.4  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.02 
 
 		 275 aa  42.4  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  24.58 
 
 		 257 aa  42.4  0.01  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>