139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4404 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 250 aa  516  1.0000000000000001e-145  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  92.8 
 
 		 250 aa  488  1e-137  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  44.66 
 
 		 258 aa  236  2e-61  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  37.75 
 
 		 249 aa  167  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  36.29 
 
 		 253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  34.84 
 
 		 284 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  33.33 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  33.07 
 
 		 309 aa  149  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.55 
 
 		 256 aa  138  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  30.16 
 
 		 334 aa  121  9e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.51 
 
 		 286 aa  118  9e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.17 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  31.87 
 
 		 252 aa  116  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.39 
 
 		 245 aa  116  3e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.65 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.84 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  28.76 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  30.77 
 
 		 250 aa  108  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.67 
 
 		 255 aa  108  7.000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.67 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  27.74 
 
 		 326 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.38 
 
 		 243 aa  106  3e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.82 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.4 
 
 		 241 aa  105  5e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  32.77 
 
 		 275 aa  105  5e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.93 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.84 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  27.47 
 
 		 325 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.06 
 
 		 297 aa  102  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29 
 
 		 287 aa  100  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 		 287 aa  100  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  25.4 
 
 		 290 aa  97.1  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.9 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  26.46 
 
 		 304 aa  85.5  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  25.37 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  27.31 
 
 		 248 aa  82.4  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  25.68 
 
 		 304 aa  82  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  29.63 
 
 		 249 aa  80.5  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.81 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  32.41 
 
 		 248 aa  79  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  27.02 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.6 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.51 
 
 		 287 aa  77  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.27 
 
 		 253 aa  75.9  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  27.42 
 
 		 244 aa  75.1  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.43 
 
 		 253 aa  74.7  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  24.52 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.45 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.4 
 
 		 281 aa  72.4  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.43 
 
 		 324 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.05 
 
 		 271 aa  69.3  0.00000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  24.89 
 
 		 253 aa  68.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.29 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  24.07 
 
 		 271 aa  67  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.61 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 251 aa  67.4  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.51 
 
 		 250 aa  67  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.61 
 
 		 318 aa  66.2  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.69 
 
 		 283 aa  65.9  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.17 
 
 		 341 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.85 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.15 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.18 
 
 		 284 aa  62.4  0.000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  24.88 
 
 		 254 aa  61.2  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.42 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3499  iolE protein  25.41 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  23.98 
 
 		 254 aa  59.3  0.00000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.27 
 
 		 252 aa  58.5  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  24.47 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.39 
 
 		 297 aa  57.8  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4656  xylose isomerase domain-containing protein  24.7 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.31 
 
 		 274 aa  57  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.02 
 
 		 340 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  21.43 
 
 		 297 aa  55.5  0.0000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.89 
 
 		 278 aa  55.1  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0386  xylose isomerase domain-containing protein  25.55 
 
 		 306 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.43 
 
 		 301 aa  54.3  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  23.39 
 
 		 298 aa  53.9  0.000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.97 
 
 		 245 aa  52.4  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.52 
 
 		 270 aa  52.4  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  21.8 
 
 		 297 aa  51.6  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.74 
 
 		 305 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.279544  normal  0.182339 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  24.1 
 
 		 309 aa  51.2  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  23.94 
 
 		 293 aa  50.4  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3273  AP endonuclease  24.18 
 
 		 301 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0853475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  24.61 
 
 		 308 aa  50.8  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  22 
 
 		 310 aa  51.2  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0986  xylose isomerase domain-containing protein  24.89 
 
 		 273 aa  51.2  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1602  xylose isomerase domain-containing protein  24.8 
 
 		 306 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  24.8 
 
 		 306 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  24.8 
 
 		 306 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  24.8 
 
 		 306 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  24.8 
 
 		 306 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  24.8 
 
 		 306 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5480  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.71 
 
 		 272 aa  50.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.799696  normal  0.229793 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.62 
 
 		 278 aa  49.3  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  25.63 
 
 		 299 aa  48.9  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1829  hypothetical protein  25.4 
 
 		 306 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0766527  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2649  hypothetical protein  23.17 
 
 		 306 aa  48.1  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0432409  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>