117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4327 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 249 aa  503  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.06 
 
 		 287 aa  182  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.93 
 
 		 287 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 287 aa  162  6e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  34.92 
 
 		 253 aa  155  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.8 
 
 		 284 aa  154  9e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.9 
 
 		 253 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  35.5 
 
 		 248 aa  152  7e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.12 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  38.4 
 
 		 253 aa  148  9e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  31.75 
 
 		 254 aa  135  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.77 
 
 		 286 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.26 
 
 		 241 aa  122  7e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  33.17 
 
 		 252 aa  115  5e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.86 
 
 		 294 aa  115  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  25.94 
 
 		 334 aa  115  8.999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  32.67 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  28.04 
 
 		 249 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.78 
 
 		 279 aa  105  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.61 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.47 
 
 		 275 aa  101  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.23 
 
 		 255 aa  100  3e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.4 
 
 		 243 aa  99  7e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  25.6 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  26.52 
 
 		 290 aa  94  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  26.86 
 
 		 287 aa  91.7  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.19 
 
 		 292 aa  91.7  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.63 
 
 		 287 aa  89  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  28.47 
 
 		 326 aa  88.2  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.55 
 
 		 287 aa  86.3  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.69 
 
 		 256 aa  84.7  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  27.15 
 
 		 285 aa  84.7  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.11 
 
 		 246 aa  84.3  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.05 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  26.78 
 
 		 325 aa  84  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.03 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.06 
 
 		 243 aa  83.6  0.000000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  27.08 
 
 		 253 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  30.09 
 
 		 250 aa  83.2  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  28.03 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.54 
 
 		 255 aa  82  0.000000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  28.23 
 
 		 319 aa  82  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  29.63 
 
 		 250 aa  80.5  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.95 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  30.68 
 
 		 254 aa  79.7  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.55 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.32 
 
 		 283 aa  77.4  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.57 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.23 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  31.65 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  31.43 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.3 
 
 		 281 aa  74.7  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  27.56 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.12 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  23.96 
 
 		 284 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.59 
 
 		 274 aa  71.2  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  32.74 
 
 		 244 aa  70.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.7 
 
 		 248 aa  70.1  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.89 
 
 		 284 aa  70.1  0.00000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.23 
 
 		 271 aa  68.2  0.0000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.23 
 
 		 251 aa  67.4  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 324 aa  67.4  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.25 
 
 		 284 aa  66.6  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.36 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.2 
 
 		 245 aa  62.8  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  22.83 
 
 		 259 aa  61.6  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.41 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.95 
 
 		 301 aa  59.7  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.05 
 
 		 924 aa  59.7  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.91 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.83 
 
 		 282 aa  58.2  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.37 
 
 		 278 aa  53.1  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27 
 
 		 340 aa  52.4  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  28.77 
 
 		 309 aa  52  0.000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  25.74 
 
 		 310 aa  50.4  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  27.96 
 
 		 298 aa  48.9  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5480  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.98 
 
 		 272 aa  48.9  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.799696  normal  0.229793 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  27.96 
 
 		 298 aa  48.5  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.67 
 
 		 330 aa  48.1  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.717662  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  19.92 
 
 		 341 aa  48.5  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.88 
 
 		 294 aa  47.8  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  27.97 
 
 		 296 aa  47.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  27.97 
 
 		 296 aa  47.8  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.25 
 
 		 300 aa  47.4  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1674  xylose isomerase domain-containing protein  28.89 
 
 		 298 aa  46.2  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  29.67 
 
 		 298 aa  45.4  0.0008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  29.41 
 
 		 371 aa  45.4  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50050  2-keto-myo-inositol dehydratase  24.48 
 
 		 303 aa  45.4  0.0008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  28.57 
 
 		 309 aa  45.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  29.67 
 
 		 237 aa  45.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0043  xylose isomerase domain-containing protein  26.9 
 
 		 308 aa  44.7  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.49 
 
 		 297 aa  44.7  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2482  oxidoreductase domain-containing protein  34.62 
 
 		 644 aa  45.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.230989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1842  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.72 
 
 		 287 aa  44.7  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  29.67 
 
 		 298 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  27.27 
 
 		 296 aa  45.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  29.67 
 
 		 298 aa  44.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  29.37 
 
 		 309 aa  44.3  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 		 309 aa  43.9  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  29.69 
 
 		 309 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>