101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1723 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 253 aa  515  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  62.45 
 
 		 253 aa  349  2e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.1 
 
 		 253 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.31 
 
 		 253 aa  318  7e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  56.92 
 
 		 248 aa  305  4.0000000000000004e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  52.82 
 
 		 254 aa  285  5.999999999999999e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  34.92 
 
 		 249 aa  155  8e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.13 
 
 		 287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.34 
 
 		 284 aa  140  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.05 
 
 		 287 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.22 
 
 		 287 aa  136  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  32.08 
 
 		 334 aa  125  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  34.73 
 
 		 275 aa  123  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.82 
 
 		 286 aa  119  6e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.47 
 
 		 245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.4 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  32.62 
 
 		 250 aa  116  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.49 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  28.45 
 
 		 300 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  30.9 
 
 		 252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.65 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.36 
 
 		 289 aa  108  8.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.66 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.82 
 
 		 241 aa  108  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  30.15 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  27.73 
 
 		 249 aa  102  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.3 
 
 		 292 aa  101  9e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.1 
 
 		 297 aa  97.8  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  27.39 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.03 
 
 		 287 aa  95.9  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.73 
 
 		 256 aa  95.9  6e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 		 287 aa  90.5  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.01 
 
 		 281 aa  88.6  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.38 
 
 		 271 aa  85.9  5e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.11 
 
 		 279 aa  85.1  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  29.92 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  32.63 
 
 		 254 aa  82.8  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.29 
 
 		 248 aa  82  0.000000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  28.03 
 
 		 258 aa  81.3  0.00000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.87 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.5 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  27.92 
 
 		 325 aa  80.9  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  26.85 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  23.83 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.78 
 
 		 283 aa  79  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.14 
 
 		 287 aa  78.6  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.72 
 
 		 245 aa  79  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  32.73 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.72 
 
 		 246 aa  76.3  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.91 
 
 		 248 aa  75.1  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  24.45 
 
 		 326 aa  74.3  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  25.74 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.57 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.21 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  30 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.69 
 
 		 243 aa  72  0.000000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.82 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.52 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  24.89 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.65 
 
 		 250 aa  67.4  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  24.58 
 
 		 284 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.21 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.26 
 
 		 282 aa  64.3  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.32 
 
 		 252 aa  63.5  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.05 
 
 		 284 aa  60.8  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  24.51 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.79 
 
 		 324 aa  59.7  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.46 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  23.31 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  26.9 
 
 		 244 aa  55.1  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26 
 
 		 308 aa  51.6  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  28.24 
 
 		 296 aa  50.8  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  26.16 
 
 		 306 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  26.16 
 
 		 306 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  26.16 
 
 		 306 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  26.16 
 
 		 306 aa  49.3  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  26.16 
 
 		 306 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.25 
 
 		 301 aa  48.1  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1829  hypothetical protein  25.58 
 
 		 306 aa  46.6  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0766527  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1675  AP endonuclease  25.58 
 
 		 306 aa  46.6  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.173299  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2649  hypothetical protein  25.29 
 
 		 306 aa  46.2  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0432409  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3560  xylose isomerase domain-containing protein  27.41 
 
 		 300 aa  46.2  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27811 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.5 
 
 		 924 aa  45.4  0.0008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  27.4 
 
 		 309 aa  45.4  0.0009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  27.4 
 
 		 309 aa  45.4  0.0009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7800  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.89 
 
 		 301 aa  45.4  0.0009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  27.14 
 
 		 318 aa  44.7  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1717  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.83 
 
 		 275 aa  44.7  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.393807 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  24.12 
 
 		 309 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.11 
 
 		 340 aa  43.9  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  25.52 
 
 		 299 aa  43.5  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  27.78 
 
 		 309 aa  43.9  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  26.95 
 
 		 308 aa  43.5  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  24.69 
 
 		 271 aa  43.1  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  26.03 
 
 		 309 aa  42.7  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  26.71 
 
 		 309 aa  42.4  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2482  oxidoreductase domain-containing protein  29.89 
 
 		 644 aa  42  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.230989  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  24.03 
 
 		 296 aa  42  0.008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  25.76 
 
 		 237 aa  42  0.01  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  24.12 
 
 		 309 aa  42  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>