82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_3397 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 251 aa  496  1e-139  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.5 
 
 		 245 aa  231  1e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  51.02 
 
 		 248 aa  226  3e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.04 
 
 		 248 aa  222  4.9999999999999996e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.5 
 
 		 246 aa  219  3.9999999999999997e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  50.62 
 
 		 254 aa  215  5.9999999999999996e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.76 
 
 		 245 aa  194  1e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.63 
 
 		 252 aa  184  8e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.4 
 
 		 250 aa  179  4e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  45.71 
 
 		 244 aa  177  2e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  37.69 
 
 		 274 aa  149  4e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  28.24 
 
 		 258 aa  89  6e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.31 
 
 		 294 aa  88.6  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  28.44 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  32.08 
 
 		 319 aa  87  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.76 
 
 		 292 aa  86.7  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.45 
 
 		 241 aa  86.3  5e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 245 aa  84.3  0.000000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.46 
 
 		 286 aa  84  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.35 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  30 
 
 		 334 aa  81.3  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.09 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  29.84 
 
 		 252 aa  81.3  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.06 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  29.84 
 
 		 250 aa  80.9  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.12 
 
 		 279 aa  80.1  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.17 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  28.19 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.85 
 
 		 324 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.37 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  30.95 
 
 		 250 aa  76.6  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  32.97 
 
 		 275 aa  76.6  0.0000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  25.84 
 
 		 290 aa  75.5  0.0000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.85 
 
 		 287 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  30.21 
 
 		 253 aa  73.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  31.25 
 
 		 253 aa  72.4  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.85 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  27.98 
 
 		 259 aa  70.1  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.02 
 
 		 271 aa  69.7  0.00000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  28.69 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.47 
 
 		 243 aa  69.3  0.00000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  29.36 
 
 		 248 aa  67  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  28.78 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  26.85 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.82 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  30.58 
 
 		 325 aa  65.5  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  27.08 
 
 		 284 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.66 
 
 		 284 aa  64.3  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  25 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 341 aa  62.4  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.42 
 
 		 255 aa  60.8  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.51 
 
 		 287 aa  59.7  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  24.62 
 
 		 300 aa  59.7  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.87 
 
 		 253 aa  59.3  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.54 
 
 		 287 aa  58.2  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  29.28 
 
 		 253 aa  57.8  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  25.62 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  24.55 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.13 
 
 		 253 aa  55.8  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.86 
 
 		 281 aa  54.7  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  28.12 
 
 		 254 aa  55.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.6 
 
 		 284 aa  48.5  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  28.78 
 
 		 271 aa  48.5  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4312  sugar phosphate isomerases/epimerases  28.03 
 
 		 283 aa  46.6  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.517232  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.88 
 
 		 243 aa  46.2  0.0005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.95 
 
 		 283 aa  45.8  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.33 
 
 		 278 aa  45.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0286  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.18 
 
 		 335 aa  44.3  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.433655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.71 
 
 		 287 aa  43.9  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3892  glycogen branching enzyme  29.89 
 
 		 728 aa  44.3  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3840  glycogen branching enzyme  29.35 
 
 		 728 aa  44.3  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.933712 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1498  xylose isomerase domain-containing protein  25.24 
 
 		 290 aa  43.9  0.003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000000176809  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0282  1,4-alpha-glucan branching enzyme  29.35 
 
 		 728 aa  42.4  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.890555  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3632  glycogen branching enzyme  29.35 
 
 		 728 aa  42.4  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3911  glycogen branching enzyme  29.35 
 
 		 728 aa  42.4  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0986  xylose isomerase domain-containing protein  27.97 
 
 		 273 aa  42.7  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0280  glycogen branching enzyme  29.35 
 
 		 728 aa  42.4  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.388281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3714  glycogen branching enzyme  29.35 
 
 		 728 aa  42.7  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.470927  normal  0.781278 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4744  glycogen branching enzyme  29.35 
 
 		 728 aa  42.7  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03284  glycogen branching enzyme  29.35 
 
 		 728 aa  42.4  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0237204  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03237  hypothetical protein  29.35 
 
 		 728 aa  42.4  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0399493  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>