126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1628 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
319 aa  655    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.04 
 
 
286 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.74 
 
 
294 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.23 
 
 
289 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  31.25 
 
 
290 aa  154  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.86 
 
 
289 aa  150  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.06 
 
 
292 aa  149  7e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  32.34 
 
 
285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.65 
 
 
296 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.13 
 
 
297 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.44 
 
 
283 aa  141  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  29 
 
 
300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.93 
 
 
324 aa  139  4.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  28.57 
 
 
334 aa  139  6e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  31.38 
 
 
304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  32.43 
 
 
304 aa  132  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.47 
 
 
287 aa  132  6.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  33.05 
 
 
252 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.5 
 
 
318 aa  128  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.24 
 
 
256 aa  127  3e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  29.07 
 
 
287 aa  125  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.62 
 
 
279 aa  123  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  28.01 
 
 
250 aa  122  7e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.53 
 
 
281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  27.68 
 
 
249 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.21 
 
 
284 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.58 
 
 
241 aa  116  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 
325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.23 
 
 
287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.12 
 
 
275 aa  108  9.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.71 
 
 
246 aa  107  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26 
 
 
255 aa  103  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  26.43 
 
 
326 aa  102  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.94 
 
 
341 aa  100  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  30.19 
 
 
254 aa  96.7  5e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.39 
 
 
255 aa  95.9  7e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.7 
 
 
287 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.13 
 
 
248 aa  93.6  4e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.58 
 
 
287 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.83 
 
 
245 aa  91.3  2e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.66 
 
 
250 aa  91.3  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  25.86 
 
 
309 aa  89.7  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.12 
 
 
284 aa  88.2  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.56 
 
 
245 aa  85.9  8e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  25.09 
 
 
248 aa  85.9  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30 
 
 
248 aa  84.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  25.37 
 
 
250 aa  84  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.3 
 
 
243 aa  84  0.000000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  28.38 
 
 
250 aa  83.6  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.73 
 
 
274 aa  83.6  0.000000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.91 
 
 
252 aa  82  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  28.23 
 
 
249 aa  82  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  24.42 
 
 
253 aa  79.3  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.69 
 
 
287 aa  78.6  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  24.11 
 
 
258 aa  77.8  0.0000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.66 
 
 
245 aa  77.4  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.72 
 
 
278 aa  77  0.0000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  26.07 
 
 
254 aa  76.6  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.63 
 
 
282 aa  76.6  0.0000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.6 
 
 
251 aa  72.4  0.000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.52 
 
 
308 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  26.07 
 
 
253 aa  71.6  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.55 
 
 
301 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.52 
 
 
284 aa  70.9  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  31.1 
 
 
318 aa  70.5  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.76 
 
 
293 aa  69.3  0.00000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  29.58 
 
 
244 aa  69.3  0.00000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  34.42 
 
 
309 aa  65.5  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  33.55 
 
 
309 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.28 
 
 
243 aa  65.1  0.000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  33.97 
 
 
309 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  33.12 
 
 
309 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  32.9 
 
 
309 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  33.12 
 
 
309 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  33.12 
 
 
309 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  33.12 
 
 
309 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 
309 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  24.75 
 
 
297 aa  59.7  0.00000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.46 
 
 
253 aa  58.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.74 
 
 
253 aa  57.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.38 
 
 
317 aa  57.4  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181708  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2932  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 
308 aa  56.6  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.688703 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.32 
 
 
271 aa  56.6  0.0000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6358  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.75 
 
 
316 aa  55.8  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  29.09 
 
 
298 aa  54.3  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  29.09 
 
 
298 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  27.13 
 
 
271 aa  54.7  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  29.09 
 
 
237 aa  54.3  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  29.09 
 
 
298 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  28.48 
 
 
298 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.59 
 
 
294 aa  52.8  0.000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  24.63 
 
 
297 aa  52.4  0.000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  25.47 
 
 
284 aa  52.4  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.25 
 
 
297 aa  51.6  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4487  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.65 
 
 
289 aa  50.8  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.411638  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  30.06 
 
 
294 aa  50.1  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2640  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.47 
 
 
307 aa  49.7  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.68 
 
 
278 aa  49.3  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.57 
 
 
924 aa  49.3  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4706  inosose dehydratase  28.68 
 
 
301 aa  47  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000727756  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>