61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0088 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 341 aa  712    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.42 
 
 		 297 aa  176  7e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.78 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.34 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.22 
 
 		 324 aa  134  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.28 
 
 		 318 aa  129  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.97 
 
 		 286 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  29.57 
 
 		 285 aa  122  9e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.95 
 
 		 292 aa  119  6e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  28.96 
 
 		 334 aa  116  6e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  28.66 
 
 		 325 aa  115  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  25.22 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.7 
 
 		 289 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.09 
 
 		 279 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  26.86 
 
 		 252 aa  99.4  8e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.3 
 
 		 289 aa  99.4  9e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  25.08 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.12 
 
 		 256 aa  97.4  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  23.86 
 
 		 304 aa  92.8  8e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  23.6 
 
 		 304 aa  92.8  8e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  26.69 
 
 		 319 aa  90.9  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  24.72 
 
 		 249 aa  90.5  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.04 
 
 		 283 aa  90.1  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.67 
 
 		 241 aa  90.1  5e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  25.89 
 
 		 250 aa  90.1  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  24.86 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  25.31 
 
 		 326 aa  87.4  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.55 
 
 		 284 aa  85.9  8e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.33 
 
 		 287 aa  83.6  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  22.59 
 
 		 287 aa  82  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.52 
 
 		 275 aa  80.5  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.05 
 
 		 287 aa  77  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.45 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.61 
 
 		 246 aa  73.6  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.36 
 
 		 281 aa  70.5  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  26.62 
 
 		 253 aa  69.3  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.34 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25.7 
 
 		 248 aa  67  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.65 
 
 		 255 aa  67  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  23.84 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  24.9 
 
 		 254 aa  66.2  0.0000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  24.09 
 
 		 250 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.12 
 
 		 255 aa  64.7  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  22.8 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  24.57 
 
 		 258 aa  62.4  0.00000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.72 
 
 		 250 aa  60.5  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.69 
 
 		 248 aa  60.1  0.00000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.13 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.43 
 
 		 252 aa  57.4  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  26.19 
 
 		 244 aa  55.5  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  20.33 
 
 		 259 aa  54.3  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.26 
 
 		 287 aa  53.9  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.91 
 
 		 301 aa  53.5  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.69 
 
 		 251 aa  51.6  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  20.33 
 
 		 249 aa  48.9  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  25.95 
 
 		 248 aa  48.1  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.04 
 
 		 278 aa  47.4  0.0004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.48 
 
 		 245 aa  47  0.0004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.35 
 
 		 284 aa  47  0.0004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.19 
 
 		 284 aa  46.6  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 271 aa  43.5  0.005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>