138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1272 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 287 aa  594  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  94.43 
 
 		 287 aa  560  1e-158  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.45 
 
 		 284 aa  334  1e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.85 
 
 		 287 aa  263  2e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 249 aa  162  8.000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.76 
 
 		 255 aa  144  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  32.62 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  28.98 
 
 		 334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  32.05 
 
 		 249 aa  139  6e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.77 
 
 		 241 aa  137  1e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  32.22 
 
 		 253 aa  136  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.96 
 
 		 286 aa  135  9e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  31.17 
 
 		 248 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  31.65 
 
 		 250 aa  130  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  32.49 
 
 		 252 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.92 
 
 		 256 aa  129  6e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.96 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.91 
 
 		 245 aa  125  7e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  30.74 
 
 		 287 aa  122  6e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.81 
 
 		 275 aa  122  7e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  32.18 
 
 		 258 aa  122  8e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  26.94 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.6 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  30.35 
 
 		 325 aa  118  9e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  29.45 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.43 
 
 		 296 aa  112  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  27.02 
 
 		 253 aa  112  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.76 
 
 		 253 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.53 
 
 		 253 aa  109  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  29.44 
 
 		 250 aa  102  8e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.08 
 
 		 287 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  29 
 
 		 250 aa  100  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.84 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.63 
 
 		 292 aa  100  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  28.57 
 
 		 253 aa  99.8  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  27.76 
 
 		 326 aa  97.8  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  24.63 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  26.51 
 
 		 309 aa  96.3  6e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  26.95 
 
 		 284 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.84 
 
 		 287 aa  94.7  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  26.7 
 
 		 319 aa  94  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  28.06 
 
 		 304 aa  92.8  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  28.06 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.81 
 
 		 283 aa  91.3  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.04 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.86 
 
 		 284 aa  89.7  5e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.45 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.17 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.55 
 
 		 243 aa  86.3  6e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.75 
 
 		 324 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 254 aa  83.6  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  31.11 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.66 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.11 
 
 		 281 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.88 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.32 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.31 
 
 		 243 aa  80.1  0.00000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  24.79 
 
 		 259 aa  78.2  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.33 
 
 		 246 aa  75.1  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.17 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.05 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  31.13 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  28.22 
 
 		 244 aa  73.2  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.67 
 
 		 245 aa  70.5  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.68 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.38 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  28.32 
 
 		 309 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3285  sugar phosphate isomerase/epimerase, IolE  27.14 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.92 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  25 
 
 		 298 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  26.72 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50050  2-keto-myo-inositol dehydratase  25.98 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.73 
 
 		 274 aa  60.5  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  26.73 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4017  xylose isomerase domain-containing protein  26.77 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  23.81 
 
 		 237 aa  59.7  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  25 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  23.81 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.48 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.82 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2640  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.89 
 
 		 307 aa  59.7  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  25 
 
 		 298 aa  58.9  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.71 
 
 		 271 aa  58.9  0.00000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.75 
 
 		 340 aa  58.9  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1674  xylose isomerase domain-containing protein  25.97 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.44 
 
 		 341 aa  56.6  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  26.29 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  26.42 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  26.29 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  26.29 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  26.29 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3560  xylose isomerase domain-containing protein  27.92 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27811 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.88 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0486  putative myo-inositol catabolism protein  24.45 
 
 		 297 aa  55.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425956  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  25.86 
 
 		 309 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2968  AP endonuclease  22.1 
 
 		 306 aa  53.9  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  25.43 
 
 		 309 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7800  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.9 
 
 		 301 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0078  hypothetical protein  27.18 
 
 		 300 aa  53.9  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3839  xylose isomerase domain-containing protein  23.6 
 
 		 300 aa  53.1  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>