183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0486 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0486  putative myo-inositol catabolism protein  100 
 
 
297 aa  616  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425956  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7800  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  74.66 
 
 
301 aa  476  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3285  sugar phosphate isomerase/epimerase, IolE  66.22 
 
 
302 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4017  xylose isomerase domain-containing protein  66.22 
 
 
302 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3839  xylose isomerase domain-containing protein  56.42 
 
 
300 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3560  xylose isomerase domain-containing protein  58.39 
 
 
300 aa  364  1e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.27811 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0078  hypothetical protein  56.76 
 
 
300 aa  363  2e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0671  hypothetical protein  56.76 
 
 
300 aa  357  1.9999999999999998e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0715  hypothetical protein  56.76 
 
 
300 aa  356  2.9999999999999997e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1674  xylose isomerase domain-containing protein  55.22 
 
 
298 aa  343  2e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  39.66 
 
 
296 aa  259  3e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  38.98 
 
 
296 aa  257  2e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  37.97 
 
 
296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  40.68 
 
 
310 aa  253  4.0000000000000004e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  43.25 
 
 
306 aa  249  5e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  43.25 
 
 
306 aa  249  5e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  43.25 
 
 
306 aa  249  5e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  43.25 
 
 
306 aa  249  5e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  43.25 
 
 
306 aa  249  5e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2649  hypothetical protein  43.25 
 
 
306 aa  248  7e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0432409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1829  hypothetical protein  42.91 
 
 
306 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0766527  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1675  AP endonuclease  42.91 
 
 
306 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.173299  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1869  AP endonuclease  38.98 
 
 
350 aa  244  9e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3040  xylose isomerase domain-containing protein  38.98 
 
 
368 aa  244  9e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2968  AP endonuclease  38.98 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.16 
 
 
340 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  39.86 
 
 
308 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  42.05 
 
 
309 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  42.05 
 
 
309 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.4 
 
 
924 aa  235  5.0000000000000005e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  42.9 
 
 
309 aa  235  8e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2932  xylose isomerase domain-containing protein  43.38 
 
 
308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.688703 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  41.39 
 
 
309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0043  xylose isomerase domain-containing protein  39.04 
 
 
308 aa  233  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  42.05 
 
 
309 aa  233  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  41.39 
 
 
309 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  41.39 
 
 
309 aa  232  6e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  41.06 
 
 
309 aa  229  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.46 
 
 
305 aa  229  4e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.279544  normal  0.182339 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  41.06 
 
 
309 aa  229  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50050  2-keto-myo-inositol dehydratase  40.14 
 
 
303 aa  228  7e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1602  xylose isomerase domain-containing protein  40.14 
 
 
306 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  38.81 
 
 
297 aa  224  1e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.57 
 
 
300 aa  223  4e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  41.06 
 
 
318 aa  221  8e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3499  iolE protein  37.46 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2835  xylose isomerase domain-containing protein  38.31 
 
 
310 aa  218  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.840707  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3273  AP endonuclease  36.77 
 
 
301 aa  215  8e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0853475  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  39.31 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  38.36 
 
 
298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  37.72 
 
 
298 aa  210  2e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2325  xylose isomerase domain-containing protein  37.93 
 
 
303 aa  210  2e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  37.67 
 
 
298 aa  210  3e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  37.33 
 
 
298 aa  210  3e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  37.33 
 
 
298 aa  208  7e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  36.93 
 
 
297 aa  208  8e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4656  xylose isomerase domain-containing protein  37.98 
 
 
298 aa  208  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  36.99 
 
 
298 aa  206  3e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  35.27 
 
 
371 aa  192  5e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1133  Myo-inosose-2 dehydratase  33.33 
 
 
305 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459716  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4706  inosose dehydratase  36.43 
 
 
301 aa  185  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000727756  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.99 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  38.2 
 
 
237 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3138  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32 
 
 
359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2981  Myo-inosose-2 dehydratase  32 
 
 
359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.833328 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5989  xylose isomerase domain-containing protein  30.79 
 
 
312 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.171061 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 
294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  30.64 
 
 
294 aa  112  9e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1816  xylose isomerase domain-containing protein  28.84 
 
 
304 aa  109  5e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.670883 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  31.16 
 
 
299 aa  107  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2612  xylose isomerase domain-containing protein  26.89 
 
 
294 aa  101  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.83 
 
 
297 aa  99.8  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.26 
 
 
205 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0821972  normal  0.0636139 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1696  Myo-inosose-2 dehydratase  26.64 
 
 
308 aa  97.4  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3595  Myo-inosose-2 dehydratase  26.49 
 
 
297 aa  97.1  3e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4487  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.04 
 
 
289 aa  96.3  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.411638  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  25.49 
 
 
271 aa  96.3  6e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3969  xylose isomerase domain-containing protein  26.97 
 
 
290 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0171269  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3346  xylose isomerase-like TIM barrel  26.29 
 
 
297 aa  94  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0217845  normal  0.180586 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1422  xylose isomerase-like  26.09 
 
 
297 aa  91.7  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0452084  normal  0.457038 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2054  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 
308 aa  91.7  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3352  Myo-inosose-2 dehydratase  25.36 
 
 
296 aa  90.5  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0467219  normal  0.0568196 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.2 
 
 
284 aa  89.7  6e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0571066  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5448  Myo-inosose-2 dehydratase  26.44 
 
 
295 aa  89  9e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.10992  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8495  Myo-inosose-2 dehydratase  25.83 
 
 
311 aa  88.2  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0386  xylose isomerase domain-containing protein  28.1 
 
 
306 aa  88.6  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1981  Myo-inosose-2 dehydratase  28.35 
 
 
301 aa  89  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7455  hypothetical protein  27.14 
 
 
292 aa  87.4  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.652021  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.83 
 
 
330 aa  81.6  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.717662  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1247  putative myo-inositol catabolism protein  26.86 
 
 
313 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  25.61 
 
 
307 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1271  xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.67 
 
 
298 aa  79.7  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.18 
 
 
301 aa  79  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0824  xylose isomerase domain-containing protein  24.52 
 
 
303 aa  78.2  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3079  Myo-inosose-2 dehydratase  27.04 
 
 
287 aa  77.8  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977094  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.75 
 
 
303 aa  75.9  0.0000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50250  hypothetical protein  26.67 
 
 
307 aa  75.5  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0657  Myo-inosose-2 dehydratase  24.56 
 
 
303 aa  74.7  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.700284  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0730  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.83 
 
 
295 aa  74.7  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.200556  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1407  xylose isomerase domain-containing protein  27.92 
 
 
308 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>