125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1429 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
284 aa  589  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  75.38 
 
 
283 aa  437  9.999999999999999e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.95 
 
 
287 aa  335  5e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.21 
 
 
287 aa  326  3e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  55.27 
 
 
281 aa  319  3e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.65 
 
 
279 aa  237  2e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  37.67 
 
 
287 aa  182  8.000000000000001e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  30.5 
 
 
285 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.4 
 
 
297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  30.83 
 
 
334 aa  129  7.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.35 
 
 
286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  31.93 
 
 
290 aa  126  5e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  29.2 
 
 
252 aa  122  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.94 
 
 
294 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  28.82 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  31.72 
 
 
249 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  32.21 
 
 
319 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.68 
 
 
256 aa  116  5e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  27.57 
 
 
326 aa  113  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  29.23 
 
 
304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  30.35 
 
 
325 aa  112  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  29.58 
 
 
300 aa  112  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.05 
 
 
289 aa  112  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  28.52 
 
 
304 aa  112  9e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29 
 
 
292 aa  108  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.89 
 
 
296 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.95 
 
 
289 aa  104  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.79 
 
 
324 aa  96.7  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.29 
 
 
255 aa  95.9  7e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.61 
 
 
241 aa  93.6  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.45 
 
 
318 aa  89.7  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  27.71 
 
 
309 aa  88.6  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.7 
 
 
275 aa  86.3  5e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.84 
 
 
248 aa  86.3  6e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.81 
 
 
287 aa  85.5  9e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.8 
 
 
245 aa  85.1  0.000000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  27.72 
 
 
284 aa  84  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  27.2 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.32 
 
 
287 aa  80.5  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.55 
 
 
341 aa  79.7  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  29.44 
 
 
254 aa  79.3  0.00000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.71 
 
 
255 aa  79  0.00000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.37 
 
 
278 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.01 
 
 
243 aa  76.6  0.0000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.48 
 
 
250 aa  75.1  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  26 
 
 
293 aa  73.2  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.46 
 
 
274 aa  73.2  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.34 
 
 
243 aa  72.4  0.000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.11 
 
 
253 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.15 
 
 
284 aa  72  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  25.82 
 
 
253 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  25.19 
 
 
248 aa  70.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.31 
 
 
253 aa  68.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.91 
 
 
301 aa  68.6  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.15 
 
 
246 aa  68.2  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  25.48 
 
 
258 aa  67.4  0.0000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  25.25 
 
 
249 aa  66.6  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  25.98 
 
 
298 aa  65.5  0.0000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.89 
 
 
245 aa  65.5  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  25.98 
 
 
298 aa  64.7  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  25.85 
 
 
250 aa  64.7  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.08 
 
 
308 aa  63.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25.45 
 
 
248 aa  63.5  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  22.05 
 
 
282 aa  62.4  0.000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.56 
 
 
284 aa  61.2  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1981  Myo-inosose-2 dehydratase  25 
 
 
301 aa  60.5  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.71 
 
 
297 aa  60.5  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.81 
 
 
271 aa  60.5  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.88 
 
 
252 aa  59.7  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.29 
 
 
287 aa  59.7  0.00000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  25.1 
 
 
250 aa  58.9  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  27.06 
 
 
309 aa  58.5  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.65 
 
 
330 aa  58.9  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.717662  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  25.97 
 
 
244 aa  57.4  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  24.02 
 
 
259 aa  57  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  39.13 
 
 
254 aa  57.4  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  25.11 
 
 
271 aa  56.6  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  27.7 
 
 
253 aa  56.2  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.53 
 
 
278 aa  54.7  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.44 
 
 
245 aa  54.3  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2932  xylose isomerase domain-containing protein  23.02 
 
 
308 aa  53.9  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.688703 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  28.21 
 
 
309 aa  53.9  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  28.21 
 
 
309 aa  53.1  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0730  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.94 
 
 
295 aa  52.4  0.000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.200556  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  27.45 
 
 
309 aa  51.6  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  27.92 
 
 
309 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  27.92 
 
 
309 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0386  xylose isomerase domain-containing protein  25.56 
 
 
306 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  27.27 
 
 
318 aa  52  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  25.1 
 
 
309 aa  51.6  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0657  Myo-inosose-2 dehydratase  27.27 
 
 
303 aa  50.8  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.700284  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  27.92 
 
 
309 aa  50.8  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.53 
 
 
303 aa  50.1  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  34.88 
 
 
371 aa  49.3  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0824  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 
303 aa  48.1  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  26.8 
 
 
309 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  31.13 
 
 
298 aa  47.4  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  33.03 
 
 
298 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.41 
 
 
317 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181708  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6358  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.53 
 
 
316 aa  47  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>