94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3435 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 289 aa  594  1e-169  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  75.78 
 
 		 289 aa  476  1e-133  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.93 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.81 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.3 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.22 
 
 		 292 aa  148  9e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  32.94 
 
 		 249 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  29.77 
 
 		 285 aa  145  7.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.13 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  31.99 
 
 		 290 aa  143  4e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.85 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.06 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  30.9 
 
 		 319 aa  139  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.83 
 
 		 279 aa  133  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  30.5 
 
 		 334 aa  132  9e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  27.63 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.12 
 
 		 275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.84 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.29 
 
 		 241 aa  124  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  27.84 
 
 		 252 aa  124  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  29.02 
 
 		 250 aa  116  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.52 
 
 		 256 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  28.22 
 
 		 248 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  30.12 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.05 
 
 		 284 aa  112  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  32.17 
 
 		 325 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  27.84 
 
 		 250 aa  110  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  26.1 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  29.36 
 
 		 253 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  25.95 
 
 		 287 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.43 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  28.63 
 
 		 258 aa  106  4e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  29.61 
 
 		 253 aa  106  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  26.03 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.34 
 
 		 341 aa  102  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  27.39 
 
 		 326 aa  101  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.31 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.39 
 
 		 281 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  27.88 
 
 		 284 aa  99.8  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.9 
 
 		 255 aa  95.1  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  26.95 
 
 		 244 aa  93.2  5e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.13 
 
 		 246 aa  92.4  7e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.88 
 
 		 245 aa  92.8  7e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.45 
 
 		 245 aa  91.3  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.04 
 
 		 287 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.24 
 
 		 250 aa  89  8e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.28 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  26.56 
 
 		 254 aa  88.2  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  26.78 
 
 		 253 aa  87  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.38 
 
 		 284 aa  85.5  8e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  27.14 
 
 		 309 aa  85.5  9e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  27.1 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  26.79 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.63 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.42 
 
 		 253 aa  80.1  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  22.57 
 
 		 249 aa  77.4  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.62 
 
 		 252 aa  77.8  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.2 
 
 		 274 aa  77.4  0.0000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.89 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.09 
 
 		 287 aa  76.6  0.0000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.98 
 
 		 245 aa  76.3  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.55 
 
 		 243 aa  74.3  0.000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.89 
 
 		 271 aa  73.9  0.000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  25.82 
 
 		 254 aa  68.6  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.82 
 
 		 248 aa  68.6  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.7 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.09 
 
 		 251 aa  67.4  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  21.05 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.86 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.41 
 
 		 308 aa  58.5  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.33 
 
 		 294 aa  55.5  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.85 
 
 		 301 aa  54.7  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  27.61 
 
 		 297 aa  54.7  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2640  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.98 
 
 		 307 aa  54.7  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  27.06 
 
 		 297 aa  50.8  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.44 
 
 		 312 aa  51.2  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0986  xylose isomerase domain-containing protein  24.38 
 
 		 273 aa  49.3  0.00007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.36 
 
 		 278 aa  48.1  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6358  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.71 
 
 		 316 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.92 
 
 		 623 aa  47  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  27.38 
 
 		 298 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.24 
 
 		 317 aa  47  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  26.79 
 
 		 298 aa  46.6  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  26.79 
 
 		 298 aa  47  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4706  inosose dehydratase  28.21 
 
 		 301 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000727756  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  24.28 
 
 		 298 aa  45.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  26.38 
 
 		 309 aa  45.4  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  23.7 
 
 		 298 aa  44.3  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  22.95 
 
 		 271 aa  43.5  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7455  hypothetical protein  22.58 
 
 		 292 aa  43.5  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.652021  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  23.64 
 
 		 237 aa  42.7  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  23.64 
 
 		 298 aa  42.4  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>