159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7455 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7455  hypothetical protein  100 
 
 		 292 aa  609  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.652021  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.06 
 
 		 330 aa  214  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.717662  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0657  Myo-inosose-2 dehydratase  35.14 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.700284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0386  xylose isomerase domain-containing protein  37.46 
 
 		 306 aa  209  5e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1981  Myo-inosose-2 dehydratase  36.05 
 
 		 301 aa  203  2e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2490  xylose isomerase domain-containing protein  35.69 
 
 		 303 aa  199  3e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279776  normal  0.973607 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1422  xylose isomerase-like  36.39 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0452084  normal  0.457038 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1271  xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.15 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3346  xylose isomerase-like TIM barrel  35.59 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0217845  normal  0.180586 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.25 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.92 
 
 		 297 aa  187  3e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0824  xylose isomerase domain-containing protein  34.24 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0730  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.31 
 
 		 295 aa  179  4.999999999999999e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.200556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50250  hypothetical protein  31.69 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1247  putative myo-inositol catabolism protein  31.03 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2054  xylose isomerase domain-containing protein  30.72 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1048  Myo-inosose-2 dehydratase  28.85 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.513171  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  29.93 
 
 		 307 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1696  Myo-inosose-2 dehydratase  34.64 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4573  xylose isomerase-like TIM barrel  29.93 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0947  xylose isomerase-like TIM barrel  29.93 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1429  xylose isomerase domain-containing protein  29.93 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1886  xylose isomerase domain-containing protein  30.53 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.206917 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1407  xylose isomerase domain-containing protein  29.58 
 
 		 308 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1348  xylose isomerase domain-containing protein  30.18 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1309  xylose isomerase domain-containing protein  28.87 
 
 		 308 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2612  xylose isomerase domain-containing protein  36.06 
 
 		 294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3969  xylose isomerase domain-containing protein  35.36 
 
 		 290 aa  135  9e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0171269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.89 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  34.09 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3352  Myo-inosose-2 dehydratase  30.8 
 
 		 296 aa  122  5e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0467219  normal  0.0568196 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  30.15 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3595  Myo-inosose-2 dehydratase  31.73 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  26.33 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4706  inosose dehydratase  27.81 
 
 		 301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000727756  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  25.17 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4487  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.95 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.411638  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  25.75 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  25.5 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  25.61 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  25.95 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  25.5 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8495  Myo-inosose-2 dehydratase  31.14 
 
 		 311 aa  112  7.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  26.91 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  25.17 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5448  Myo-inosose-2 dehydratase  31.19 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  26.45 
 
 		 371 aa  108  8.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2325  xylose isomerase domain-containing protein  31.69 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3079  Myo-inosose-2 dehydratase  31.9 
 
 		 287 aa  108  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4656  xylose isomerase domain-containing protein  26.16 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5562  Myo-inosose-2 dehydratase  32.47 
 
 		 281 aa  103  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.33 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.82 
 
 		 284 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0571066  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  29.04 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1829  hypothetical protein  28.85 
 
 		 306 aa  99.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0766527  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1675  AP endonuclease  28.85 
 
 		 306 aa  99.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.173299  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4017  xylose isomerase domain-containing protein  29.17 
 
 		 302 aa  99  8e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1602  xylose isomerase domain-containing protein  28.79 
 
 		 306 aa  99  9e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  28.85 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  28.85 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0043  xylose isomerase domain-containing protein  29.1 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  28.85 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  28.85 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  28.85 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.62 
 
 		 305 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.279544  normal  0.182339 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3285  sugar phosphate isomerase/epimerase, IolE  29.07 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0078  hypothetical protein  27.72 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.37 
 
 		 924 aa  95.9  7e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1816  xylose isomerase domain-containing protein  27.6 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.670883 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2649  hypothetical protein  28.46 
 
 		 306 aa  94.4  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0432409  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3839  xylose isomerase domain-containing protein  27.88 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1674  xylose isomerase domain-containing protein  29.29 
 
 		 298 aa  92.8  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  24.03 
 
 		 237 aa  91.7  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  27.67 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  27.07 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  28.06 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5989  xylose isomerase domain-containing protein  25.25 
 
 		 312 aa  90.5  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.171061 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  28.09 
 
 		 310 aa  90.1  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2835  xylose isomerase domain-containing protein  27.4 
 
 		 310 aa  90.1  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.840707  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  26.28 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0486  putative myo-inositol catabolism protein  27.14 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425956  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.18 
 
 		 305 aa  86.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.82 
 
 		 340 aa  85.5  9e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1133  Myo-inosose-2 dehydratase  25.42 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459716  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0715  hypothetical protein  27.88 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0671  hypothetical protein  27.51 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2932  xylose isomerase domain-containing protein  26.04 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688703 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  25.55 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3138  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.8 
 
 		 359 aa  82.8  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2981  Myo-inosose-2 dehydratase  22.8 
 
 		 359 aa  82.8  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.833328 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2968  AP endonuclease  31.29 
 
 		 306 aa  81.6  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1869  AP endonuclease  31.29 
 
 		 350 aa  81.6  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  25.18 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50050  2-keto-myo-inositol dehydratase  25.54 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3560  xylose isomerase domain-containing protein  26.81 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27811 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3040  xylose isomerase domain-containing protein  31.29 
 
 		 368 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  26.24 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  26.24 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7800  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.28 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3499  iolE protein  25.29 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>