131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0395 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
252 aa  518  1e-146  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  86.69 
 
 
250 aa  452  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  43.55 
 
 
249 aa  252  4.0000000000000004e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.21 
 
 
241 aa  192  5e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.04 
 
 
256 aa  190  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.39 
 
 
286 aa  189  4e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.59 
 
 
255 aa  182  4.0000000000000006e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.08 
 
 
296 aa  174  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.25 
 
 
297 aa  170  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.29 
 
 
294 aa  169  6e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  36.05 
 
 
285 aa  166  2.9999999999999998e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  37.12 
 
 
334 aa  165  5.9999999999999996e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.21 
 
 
279 aa  157  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  34.58 
 
 
290 aa  145  5e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.74 
 
 
287 aa  142  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.52 
 
 
292 aa  139  4.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.06 
 
 
324 aa  138  7.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.53 
 
 
245 aa  137  1e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  32.42 
 
 
258 aa  135  5e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.2 
 
 
283 aa  133  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  31.23 
 
 
300 aa  132  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  32.82 
 
 
287 aa  132  5e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.89 
 
 
284 aa  132  5e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  33.09 
 
 
325 aa  132  7.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.64 
 
 
287 aa  129  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.49 
 
 
287 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.07 
 
 
287 aa  129  7.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  33.05 
 
 
319 aa  128  9.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  30.35 
 
 
304 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.02 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  33.33 
 
 
275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.4 
 
 
287 aa  126  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  30.48 
 
 
304 aa  125  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.82 
 
 
318 aa  125  7e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  33.86 
 
 
250 aa  124  1e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.84 
 
 
289 aa  124  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.2 
 
 
284 aa  122  6e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.84 
 
 
281 aa  118  7e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  34.68 
 
 
248 aa  118  7e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  31.91 
 
 
326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  31.87 
 
 
250 aa  116  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  30.86 
 
 
253 aa  115  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  33.17 
 
 
249 aa  115  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.48 
 
 
243 aa  112  8.000000000000001e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  30.9 
 
 
253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.74 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28 
 
 
255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  29.61 
 
 
248 aa  109  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.62 
 
 
278 aa  108  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  30.2 
 
 
284 aa  106  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  31.36 
 
 
253 aa  105  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 
250 aa  104  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  29.61 
 
 
254 aa  102  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.51 
 
 
253 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  32.66 
 
 
254 aa  100  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.17 
 
 
246 aa  100  3e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.86 
 
 
341 aa  99.4  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.66 
 
 
253 aa  99.4  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.51 
 
 
248 aa  99  7e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.86 
 
 
293 aa  93.6  3e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.39 
 
 
245 aa  92.8  5e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.86 
 
 
282 aa  92  8e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.9 
 
 
274 aa  89.4  5e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  28.09 
 
 
259 aa  89  6e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.56 
 
 
284 aa  87.8  1e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  29.75 
 
 
244 aa  84.7  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  28.36 
 
 
309 aa  82.4  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32 
 
 
245 aa  80.9  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.25 
 
 
301 aa  75.9  0.0000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.41 
 
 
271 aa  74.3  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.84 
 
 
251 aa  73.6  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.22 
 
 
252 aa  71.2  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.9 
 
 
308 aa  68.9  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  31.41 
 
 
271 aa  64.7  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1696  Myo-inosose-2 dehydratase  26.24 
 
 
308 aa  59.3  0.00000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.16 
 
 
278 aa  58.2  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
294 aa  57.4  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3346  xylose isomerase-like TIM barrel  26.09 
 
 
297 aa  57.4  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0217845  normal  0.180586 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.33 
 
 
924 aa  57.4  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  22.64 
 
 
298 aa  57  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2932  xylose isomerase domain-containing protein  28.29 
 
 
308 aa  56.2  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.688703 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  22.26 
 
 
298 aa  54.7  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1842  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.34 
 
 
287 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5989  xylose isomerase domain-containing protein  28.74 
 
 
312 aa  53.5  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.171061 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.29 
 
 
300 aa  53.1  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  24.92 
 
 
309 aa  52.8  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2640  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.59 
 
 
307 aa  52.8  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  28.25 
 
 
309 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3560  xylose isomerase domain-containing protein  24.86 
 
 
300 aa  50.8  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.27811 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0657  Myo-inosose-2 dehydratase  25.93 
 
 
303 aa  50.1  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.700284  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  28.25 
 
 
309 aa  50.4  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1232  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.72 
 
 
279 aa  50.4  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  hitchhiker  0.00338141 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  28.25 
 
 
309 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  28.25 
 
 
309 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1498  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 
290 aa  49.7  0.00004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000000176809  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  27.68 
 
 
309 aa  48.9  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8495  Myo-inosose-2 dehydratase  23.76 
 
 
311 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  27.12 
 
 
309 aa  48.1  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  23.49 
 
 
297 aa  47.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1048  Myo-inosose-2 dehydratase  29.66 
 
 
307 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.513171  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>