96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2692 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 300 aa  627  1e-179  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  56.94 
 
 		 334 aa  354  8.999999999999999e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.83 
 
 		 286 aa  258  9e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.77 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.49 
 
 		 296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.68 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  40.22 
 
 		 290 aa  195  6e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.23 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36 
 
 		 256 aa  170  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.67 
 
 		 324 aa  170  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  38.84 
 
 		 249 aa  169  4e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  31.62 
 
 		 285 aa  158  8e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.17 
 
 		 318 aa  150  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  32.92 
 
 		 275 aa  150  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  33.07 
 
 		 250 aa  139  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  29 
 
 		 319 aa  139  7e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.98 
 
 		 241 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  30.33 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  32.1 
 
 		 287 aa  132  5e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  30.37 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  31.23 
 
 		 252 aa  132  6.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.72 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  32.54 
 
 		 325 aa  127  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.44 
 
 		 279 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.52 
 
 		 283 aa  123  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.17 
 
 		 281 aa  122  7e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.51 
 
 		 289 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.11 
 
 		 287 aa  122  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  29.54 
 
 		 326 aa  120  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.94 
 
 		 287 aa  119  9e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  29.91 
 
 		 248 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.53 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.58 
 
 		 284 aa  112  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 245 aa  112  6e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  29.13 
 
 		 250 aa  112  7.000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.16 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.83 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  28.45 
 
 		 253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.78 
 
 		 287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  28.76 
 
 		 250 aa  108  8.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.95 
 
 		 255 aa  108  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  30.64 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.38 
 
 		 287 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.68 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 		 258 aa  103  4e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  25.6 
 
 		 249 aa  98.2  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  28.81 
 
 		 254 aa  97.1  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.78 
 
 		 255 aa  95.5  9e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 341 aa  94.4  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  27.17 
 
 		 253 aa  94.7  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.6 
 
 		 253 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.77 
 
 		 274 aa  88.6  1e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  26.12 
 
 		 284 aa  87  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.34 
 
 		 253 aa  86.7  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  30.81 
 
 		 254 aa  86.3  6e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.24 
 
 		 248 aa  85.9  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  25.31 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.81 
 
 		 248 aa  81.6  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.04 
 
 		 246 aa  79  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.92 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.44 
 
 		 245 aa  72  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.48 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.72 
 
 		 252 aa  71.6  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.37 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.99 
 
 		 250 aa  66.2  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  27.07 
 
 		 244 aa  65.9  0.0000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.87 
 
 		 284 aa  62  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  26.14 
 
 		 259 aa  60.8  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.47 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.09 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.83 
 
 		 308 aa  55.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.62 
 
 		 251 aa  52.4  0.000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50050  2-keto-myo-inositol dehydratase  23.19 
 
 		 303 aa  52.4  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.52 
 
 		 282 aa  51.2  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  28.8 
 
 		 297 aa  50.1  0.00005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2826  xylose isomerase domain-containing protein  28.76 
 
 		 378 aa  48.5  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5209  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.25 
 
 		 351 aa  46.6  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625607  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0986  xylose isomerase domain-containing protein  26.27 
 
 		 273 aa  46.2  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  25.9 
 
 		 297 aa  45.4  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.36 
 
 		 294 aa  45.4  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1675  AP endonuclease  22.39 
 
 		 306 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.173299  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  22.39 
 
 		 306 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1829  hypothetical protein  22.39 
 
 		 306 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0766527  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.36 
 
 		 340 aa  44.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  22.39 
 
 		 306 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  22.39 
 
 		 306 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  22.39 
 
 		 306 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  22.39 
 
 		 306 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3346  xylose isomerase-like TIM barrel  27.64 
 
 		 297 aa  43.9  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0217845  normal  0.180586 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3092  xylose isomerase-like TIM barrel  27.03 
 
 		 351 aa  43.1  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0573293 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  26.22 
 
 		 237 aa  43.5  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  26.22 
 
 		 298 aa  43.1  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4706  inosose dehydratase  24.06 
 
 		 301 aa  42.7  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000727756  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  24.22 
 
 		 298 aa  42.7  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  24.22 
 
 		 298 aa  42.4  0.009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>