94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8563 on replicon NC_011892
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011892  Mnod_8563  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 278 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0314267  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3693  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.77 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  26.17 
 
 		 287 aa  70.5  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.38 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  24.21 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0943  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.78 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24 
 
 		 295 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  24.9 
 
 		 283 aa  62.4  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.16 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.27 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0826  xylose isomerase domain-containing protein  25.1 
 
 		 290 aa  58.9  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  23.46 
 
 		 276 aa  57  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  23.46 
 
 		 276 aa  57  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  23.46 
 
 		 276 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  23.46 
 
 		 276 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.46 
 
 		 276 aa  57  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  25.2 
 
 		 274 aa  57  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  23.46 
 
 		 276 aa  57.4  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  23.46 
 
 		 275 aa  57  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  23.46 
 
 		 276 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0568  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.48 
 
 		 272 aa  57  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  24.77 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.48 
 
 		 293 aa  55.5  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  21.28 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2972  xylose isomerase domain-containing protein  26.87 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1679  xylose isomerase domain-containing protein  25.51 
 
 		 300 aa  54.7  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338989  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  25.62 
 
 		 257 aa  54.3  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.12 
 
 		 291 aa  54.7  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0234  AMP-dependent synthetase and ligase  30.77 
 
 		 843 aa  53.9  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000591284  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  24.71 
 
 		 268 aa  53.1  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.51 
 
 		 289 aa  53.1  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.04 
 
 		 316 aa  52.8  0.000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0982928  normal  0.0112247 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.38 
 
 		 258 aa  52.8  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0319  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25.4 
 
 		 273 aa  52.8  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  21.7 
 
 		 268 aa  52.8  0.000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0323  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.43 
 
 		 536 aa  52.4  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.97 
 
 		 276 aa  52.4  0.000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2286  xylose isomerase domain-containing protein  27.27 
 
 		 277 aa  52  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0370511  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  22.84 
 
 		 268 aa  52  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  21.28 
 
 		 268 aa  51.2  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0361  xylose isomerase domain-containing protein  28.1 
 
 		 253 aa  50.8  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.934654  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.71 
 
 		 283 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4657  xylose isomerase domain-containing protein  23.85 
 
 		 294 aa  51.6  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.480222 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1244  putative protein implicated IN myo-inositol catabolique pathway  27.04 
 
 		 303 aa  51.2  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.341536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0431  xylose isomerase domain-containing protein  26.42 
 
 		 326 aa  50.8  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.97 
 
 		 258 aa  50.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  26.56 
 
 		 285 aa  49.7  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4718  protein IolH  22.45 
 
 		 294 aa  49.7  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.745442  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4159  xylose isomerase domain-containing protein  24.7 
 
 		 257 aa  48.1  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03385  hypothetical protein  25.66 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2321  xylose isomerase domain-containing protein  24.49 
 
 		 320 aa  48.1  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2524  xylose isomerase domain-containing protein  23.48 
 
 		 287 aa  48.9  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03434  predicted L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.66 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1810  xylose isomerase domain-containing protein  27.13 
 
 		 287 aa  48.1  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.753291 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0649  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.44 
 
 		 282 aa  48.1  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0132  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.66 
 
 		 286 aa  47  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.482678  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0128  hexulose-6-phosphate isomerase  25.66 
 
 		 286 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3786  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.66 
 
 		 286 aa  47  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.4 
 
 		 256 aa  46.6  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.883338 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0388  xylose isomerase domain-containing protein  25.26 
 
 		 290 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.79 
 
 		 273 aa  45.8  0.0008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0287  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.16 
 
 		 290 aa  45.8  0.0008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.790888  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3905  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.89 
 
 		 286 aa  45.4  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.4 
 
 		 256 aa  45.4  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2848  xylose isomerase-like TIM barrel  27.07 
 
 		 282 aa  45.4  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.561386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4079  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.89 
 
 		 286 aa  45.4  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0023  xylose isomerase domain-containing protein  25.87 
 
 		 277 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.140146  normal  0.179482 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5713  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.78 
 
 		 284 aa  44.3  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5488  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.65 
 
 		 285 aa  44.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.479008 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4727  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.51 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639292  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3938  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.68 
 
 		 286 aa  44.3  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1811  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.14 
 
 		 287 aa  44.3  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00140377  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.67 
 
 		 285 aa  43.9  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2872  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.15 
 
 		 300 aa  43.5  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00133727  normal  0.0357921 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3796  hexulose-6-phosphate isomerase  22.44 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.542065  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4441  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.51 
 
 		 284 aa  43.5  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0433  xylose isomerase domain-containing protein  24.1 
 
 		 279 aa  43.9  0.003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3816  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.29 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00643692 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4655  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.18 
 
 		 284 aa  43.5  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4784  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.18 
 
 		 284 aa  43.5  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.871942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04026  hypothetical protein  21.29 
 
 		 284 aa  43.1  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  22.99 
 
 		 279 aa  43.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4758  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.29 
 
 		 284 aa  43.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4668  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.29 
 
 		 284 aa  43.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04064  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.29 
 
 		 284 aa  43.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17150  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  24.59 
 
 		 828 aa  42.7  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.488876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0772  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.62 
 
 		 290 aa  42.7  0.006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.692507  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.88 
 
 		 299 aa  42.7  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.11 
 
 		 322 aa  42.4  0.007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.61 
 
 		 331 aa  42.7  0.007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4805  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.35 
 
 		 284 aa  42.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.296767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4598  xylose isomerase-like TIM barrel  24.71 
 
 		 277 aa  42.4  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4571  xylose isomerase-like TIM barrel  25.51 
 
 		 303 aa  42.4  0.009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.985344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4748  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.78 
 
 		 284 aa  42  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>