90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3793 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 256 aa  526  1e-148  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  97.27 
 
 		 256 aa  513  1e-144  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.883338 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0064  xylose isomerase-like TIM barrel  61.02 
 
 		 256 aa  334  7.999999999999999e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4159  xylose isomerase domain-containing protein  63.39 
 
 		 257 aa  332  4e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3371  AP endonuclease  58.66 
 
 		 256 aa  316  2e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2972  xylose isomerase domain-containing protein  52.55 
 
 		 255 aa  288  9e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.24 
 
 		 255 aa  270  1e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3128  hypothetical protein  44.05 
 
 		 257 aa  221  6e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0023  xylose isomerase domain-containing protein  35.34 
 
 		 277 aa  173  2.9999999999999996e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.140146  normal  0.179482 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.14 
 
 		 270 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0967776 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2404  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 262 aa  142  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.167076 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0655  AP endonuclease  31.92 
 
 		 278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3105  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.78 
 
 		 257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2599  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.71 
 
 		 282 aa  119  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  27.56 
 
 		 268 aa  104  1e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  27.56 
 
 		 268 aa  104  1e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  26.67 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  29.17 
 
 		 257 aa  94  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  29.73 
 
 		 257 aa  94.4  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0361  xylose isomerase domain-containing protein  31.19 
 
 		 253 aa  92.8  5e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.934654  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  24.44 
 
 		 264 aa  92.4  6e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6463  hypothetical protein  28.27 
 
 		 273 aa  89.7  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.920651  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0863  xylose isomerase domain-containing protein  27.05 
 
 		 268 aa  87.4  2e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.37 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0319  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25.21 
 
 		 273 aa  82.8  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1364  hypothetical protein  28.51 
 
 		 256 aa  82.8  0.000000000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00000110599  hitchhiker  0.0000000254981 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0949  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.58 
 
 		 272 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0122  xylose isomerase domain-containing protein  23 
 
 		 254 aa  79.7  0.00000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.668761  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0600  xylose isomerase domain-containing protein  30.59 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.352505  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0474  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.08 
 
 		 256 aa  79.3  0.00000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  26.7 
 
 		 256 aa  77.4  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.436698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14000  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.71 
 
 		 254 aa  77.4  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.50908  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0988  xylose isomerase domain-containing protein  29.15 
 
 		 253 aa  76.3  0.0000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.279783 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4598  xylose isomerase-like TIM barrel  27.04 
 
 		 277 aa  76.3  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0247  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.49 
 
 		 253 aa  75.5  0.0000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1592  xylose isomerase domain-containing protein  29.22 
 
 		 257 aa  75.1  0.000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.234456 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1555  xylose isomerase domain-containing protein  27.85 
 
 		 257 aa  73.2  0.000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.123696  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0830  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.74 
 
 		 272 aa  72.4  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.801774  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1143  xylose isomerase domain-containing protein  30.1 
 
 		 243 aa  70.9  0.00000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0740  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.48 
 
 		 243 aa  70.9  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.103383  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1928  hypothetical protein  25.49 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0871  hypothetical protein  28.92 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00496229  hitchhiker  0.00660497 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1263  hypothetical protein  26.2 
 
 		 269 aa  62.8  0.000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2461  xylose isomerase-like TIM barrel  30.53 
 
 		 305 aa  62  0.000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1379  hypothetical protein  28.64 
 
 		 242 aa  61.6  0.00000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.100757  normal  0.0567681 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1528  xylose isomerase-like TIM barrel  22.82 
 
 		 269 aa  60.8  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.317464  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.93 
 
 		 331 aa  60.5  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4027  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.75 
 
 		 275 aa  59.3  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.383869  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0174  xylose isomerase domain-containing protein  29.17 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1974  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.76 
 
 		 256 aa  58.5  0.0000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.520711 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.7 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.65 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  28.64 
 
 		 257 aa  55.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1235  apurinic endonuclease Apn1  27.96 
 
 		 278 aa  53.9  0.000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1398  xylose isomerase-like TIM barrel  26.94 
 
 		 271 aa  53.5  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  28.29 
 
 		 255 aa  52.8  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0499  xylose isomerase domain-containing protein  23.65 
 
 		 304 aa  52.4  0.000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00421742  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5093  endonuclease IV  27.03 
 
 		 250 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.254368  normal  0.214987 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10684  endonuclease IV  29.03 
 
 		 252 aa  49.7  0.00004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0188886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.15 
 
 		 289 aa  48.9  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1299  xylose isomerase domain-containing protein  28.74 
 
 		 237 aa  49.3  0.00007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.47167  normal  0.0132415 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  29.22 
 
 		 287 aa  48.9  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3010  xylose isomerase-like TIM barrel  22.89 
 
 		 281 aa  48.9  0.00008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9139  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  27.49 
 
 		 270 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0990  endonuclease IV  26.49 
 
 		 268 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.238948  normal  0.511136 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1000  endonuclease IV  26.49 
 
 		 268 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.445691 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0972  endonuclease IV  26.49 
 
 		 268 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21620  apurinic endonuclease APN1  26.7 
 
 		 280 aa  47.4  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.483925  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3563  apurinic endonuclease Apn1  25.54 
 
 		 266 aa  46.2  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.587199 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0649  xylose isomerase domain-containing protein  34.25 
 
 		 304 aa  46.2  0.0005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.0000488201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.39 
 
 		 282 aa  46.2  0.0005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.4 
 
 		 297 aa  45.8  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9360  apurinic endonuclease Apn1  24.37 
 
 		 252 aa  45.8  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.480693  normal  0.839717 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0473  xylose isomerase-like  27.27 
 
 		 308 aa  45.8  0.0007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.715311 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8563  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.4 
 
 		 278 aa  45.4  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0314267  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1494  xylose isomerase domain-containing protein  22.61 
 
 		 269 aa  45.1  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.747131  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00570  sugar phosphate isomerase/epimerase  23.28 
 
 		 294 aa  45.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.170304 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02720  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.03 
 
 		 266 aa  45.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1550  AP endonuclease  23.08 
 
 		 247 aa  45.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4952  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.71 
 
 		 256 aa  44.7  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2313  oxidoreductase domain protein  25.17 
 
 		 616 aa  43.9  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17470  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.71 
 
 		 325 aa  43.9  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.105049  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.18 
 
 		 303 aa  44.3  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1644  xylose isomerase domain-containing protein  22.55 
 
 		 269 aa  44.3  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.960602 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3410  xylose isomerase domain-containing protein  26.9 
 
 		 272 aa  44.3  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.498178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7037  endonuclease IV  26.06 
 
 		 256 aa  43.9  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3071  endonuclease IV  38.2 
 
 		 282 aa  43.1  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000208028  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1892  xylose isomerase domain-containing protein  25.64 
 
 		 275 aa  43.1  0.005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.230832 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3200  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 287 aa  42.7  0.006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.278083  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  25.57 
 
 		 299 aa  42  0.009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>