59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6463 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6463  hypothetical protein  100 
 
 		 273 aa  560  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.920651  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0949  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.62 
 
 		 272 aa  346  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0830  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.78 
 
 		 272 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.801774  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0319  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  43.8 
 
 		 273 aa  222  4.9999999999999996e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0023  xylose isomerase domain-containing protein  24.73 
 
 		 277 aa  95.9  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.140146  normal  0.179482 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3128  hypothetical protein  26.18 
 
 		 257 aa  92.4  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.27 
 
 		 256 aa  89.7  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.43 
 
 		 256 aa  86.7  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.883338 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1143  xylose isomerase domain-containing protein  30.63 
 
 		 243 aa  74.7  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3371  AP endonuclease  26.64 
 
 		 256 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4159  xylose isomerase domain-containing protein  25.54 
 
 		 257 aa  72.8  0.000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.68 
 
 		 270 aa  70.5  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0967776 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0064  xylose isomerase-like TIM barrel  24.79 
 
 		 256 aa  69.3  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.94 
 
 		 255 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2972  xylose isomerase domain-containing protein  26.92 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2404  xylose isomerase domain-containing protein  26.32 
 
 		 262 aa  67  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.167076 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3105  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.22 
 
 		 257 aa  64.7  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1398  xylose isomerase-like TIM barrel  30.58 
 
 		 271 aa  64.3  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1379  hypothetical protein  27.85 
 
 		 242 aa  62.4  0.000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.100757  normal  0.0567681 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2599  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.5 
 
 		 282 aa  59.3  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  26.7 
 
 		 257 aa  58.2  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  21.34 
 
 		 257 aa  57.4  0.0000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0871  hypothetical protein  30.32 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00496229  hitchhiker  0.00660497 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1928  hypothetical protein  26.02 
 
 		 251 aa  55.5  0.0000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  26.79 
 
 		 255 aa  55.1  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  22.43 
 
 		 268 aa  54.7  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4027  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.2 
 
 		 275 aa  54.3  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.383869  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  22.43 
 
 		 268 aa  54.3  0.000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  23.74 
 
 		 264 aa  53.5  0.000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  22.22 
 
 		 268 aa  53.1  0.000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0740  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.11 
 
 		 243 aa  53.1  0.000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.103383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1299  xylose isomerase domain-containing protein  25.36 
 
 		 237 aa  52.8  0.000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.47167  normal  0.0132415 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0174  xylose isomerase domain-containing protein  25.73 
 
 		 236 aa  52.4  0.000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0600  xylose isomerase domain-containing protein  26.88 
 
 		 244 aa  51.6  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.352505  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02720  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.17 
 
 		 266 aa  50.8  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0655  AP endonuclease  23.92 
 
 		 278 aa  50.1  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0863  xylose isomerase domain-containing protein  22.64 
 
 		 268 aa  49.3  0.00006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0649  xylose isomerase domain-containing protein  32.05 
 
 		 304 aa  49.3  0.00007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.0000488201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.12 
 
 		 293 aa  48.5  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.36 
 
 		 276 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  30.36 
 
 		 276 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  30.36 
 
 		 275 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  30.36 
 
 		 276 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  30.36 
 
 		 276 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  30.36 
 
 		 276 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  30.36 
 
 		 276 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1528  xylose isomerase-like TIM barrel  28.8 
 
 		 269 aa  48.5  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.317464  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  30.36 
 
 		 276 aa  47.8  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0474  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.6 
 
 		 256 aa  47.8  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1555  xylose isomerase domain-containing protein  30.43 
 
 		 257 aa  47.4  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.123696  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.76 
 
 		 272 aa  45.4  0.0009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.249045  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1263  hypothetical protein  27.61 
 
 		 269 aa  44.7  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0658  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.85 
 
 		 280 aa  43.9  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1388  Beta-N-acetylhexosaminidase  37.04 
 
 		 905 aa  43.5  0.004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.351923  normal  0.145256 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1974  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.77 
 
 		 256 aa  43.5  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.520711 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 258 aa  43.1  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  22.79 
 
 		 257 aa  42.7  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0122  xylose isomerase domain-containing protein  20.38 
 
 		 254 aa  42.4  0.007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.668761  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>