50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2599 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_2599  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 282 aa  560  1.0000000000000001e-159  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2404  xylose isomerase domain-containing protein  63.12 
 
 		 262 aa  326  3e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.167076 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0655  AP endonuclease  53.96 
 
 		 278 aa  279  5e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3105  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.67 
 
 		 257 aa  226  3e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.5 
 
 		 270 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0967776 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0023  xylose isomerase domain-containing protein  34.29 
 
 		 277 aa  126  5e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.140146  normal  0.179482 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.71 
 
 		 256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2972  xylose isomerase domain-containing protein  31.44 
 
 		 255 aa  118  9e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3128  hypothetical protein  34.16 
 
 		 257 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.3 
 
 		 256 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.883338 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3371  AP endonuclease  34.68 
 
 		 256 aa  109  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4159  xylose isomerase domain-containing protein  31.71 
 
 		 257 aa  106  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0064  xylose isomerase-like TIM barrel  30.3 
 
 		 256 aa  97.4  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.3 
 
 		 255 aa  97.1  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0949  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.77 
 
 		 272 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0319  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.58 
 
 		 273 aa  66.2  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.42 
 
 		 264 aa  65.9  0.0000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1364  hypothetical protein  25.83 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00000110599  hitchhiker  0.0000000254981 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0830  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.94 
 
 		 272 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.801774  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  23.47 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0474  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.95 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0361  xylose isomerase domain-containing protein  27.7 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.934654  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6463  hypothetical protein  27.5 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.920651  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  24.39 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  25 
 
 		 256 aa  57.4  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.436698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1555  xylose isomerase domain-containing protein  27.88 
 
 		 257 aa  57.4  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.123696  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  27.98 
 
 		 257 aa  52.8  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14000  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.97 
 
 		 254 aa  51.6  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.50908  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0339  endonuclease IV  28 
 
 		 262 aa  49.7  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.699481 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0122  xylose isomerase domain-containing protein  21.5 
 
 		 254 aa  48.9  0.00008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.668761  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  21.91 
 
 		 268 aa  47.8  0.0002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  21.89 
 
 		 268 aa  45.1  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  34.15 
 
 		 255 aa  45.4  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  23.11 
 
 		 257 aa  45.4  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  22.02 
 
 		 268 aa  43.9  0.003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1928  hypothetical protein  25 
 
 		 251 aa  43.1  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.79 
 
 		 276 aa  43.5  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  32.79 
 
 		 276 aa  43.5  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  32.79 
 
 		 276 aa  43.5  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.64 
 
 		 258 aa  43.5  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  32.79 
 
 		 276 aa  43.5  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  32.79 
 
 		 276 aa  43.5  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4598  xylose isomerase-like TIM barrel  25.98 
 
 		 277 aa  43.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10684  endonuclease IV  28.63 
 
 		 252 aa  43.1  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0188886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4027  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.14 
 
 		 275 aa  43.1  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.383869  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  32.79 
 
 		 275 aa  42.7  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  32.79 
 
 		 276 aa  42.7  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1974  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.19 
 
 		 256 aa  42.7  0.007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.520711 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1528  xylose isomerase-like TIM barrel  28.42 
 
 		 269 aa  42.4  0.009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.317464  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1398  xylose isomerase-like TIM barrel  29.31 
 
 		 271 aa  42.4  0.01  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>