54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2404 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2404  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 262 aa  527  1e-149  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.167076 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2599  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  63.12 
 
 		 282 aa  326  3e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0655  AP endonuclease  54.65 
 
 		 278 aa  278  9e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3105  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.22 
 
 		 257 aa  217  1e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.8 
 
 		 270 aa  206  4e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0967776 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 256 aa  142  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 256 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.883338 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3128  hypothetical protein  30.86 
 
 		 257 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0023  xylose isomerase domain-containing protein  30.42 
 
 		 277 aa  118  7.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.140146  normal  0.179482 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2972  xylose isomerase domain-containing protein  30.67 
 
 		 255 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4159  xylose isomerase domain-containing protein  29.88 
 
 		 257 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3371  AP endonuclease  33.04 
 
 		 256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0064  xylose isomerase-like TIM barrel  28.57 
 
 		 256 aa  104  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.45 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  28.88 
 
 		 257 aa  72  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0319  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.21 
 
 		 273 aa  69.7  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14000  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.7 
 
 		 254 aa  69.3  0.00000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.50908  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6463  hypothetical protein  26.32 
 
 		 273 aa  67  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.920651  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.86 
 
 		 264 aa  65.9  0.0000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  25.67 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0949  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.64 
 
 		 272 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1364  hypothetical protein  27.32 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00000110599  hitchhiker  0.0000000254981 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0361  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.934654  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  28.12 
 
 		 256 aa  57.4  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.436698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  28.79 
 
 		 257 aa  56.6  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0830  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.25 
 
 		 272 aa  56.2  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.801774  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1928  hypothetical protein  23.19 
 
 		 251 aa  55.8  0.0000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1143  xylose isomerase domain-containing protein  28.41 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  28.36 
 
 		 255 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0122  xylose isomerase domain-containing protein  24.31 
 
 		 254 aa  52.4  0.000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.668761  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0988  xylose isomerase domain-containing protein  26.57 
 
 		 253 aa  52  0.000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.279783 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1974  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.98 
 
 		 256 aa  52  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.520711 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1555  xylose isomerase domain-containing protein  30.39 
 
 		 257 aa  51.2  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.123696  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0600  xylose isomerase domain-containing protein  30.39 
 
 		 244 aa  50.4  0.00003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.352505  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  22.89 
 
 		 268 aa  49.7  0.00005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1592  xylose isomerase domain-containing protein  28.36 
 
 		 257 aa  49.7  0.00005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.234456 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1528  xylose isomerase-like TIM barrel  28.35 
 
 		 269 aa  49.7  0.00005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.317464  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0740  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.42 
 
 		 243 aa  49.3  0.00006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.103383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  25.93 
 
 		 285 aa  48.9  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0474  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.38 
 
 		 256 aa  48.9  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.79 
 
 		 258 aa  48.5  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.3 
 
 		 258 aa  48.5  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  21.59 
 
 		 268 aa  48.5  0.0001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  25.13 
 
 		 257 aa  48.5  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.75 
 
 		 249 aa  47.8  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.517822  normal  0.355951 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  21.59 
 
 		 268 aa  47.4  0.0002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1537  xylose isomerase domain-containing protein  23.39 
 
 		 265 aa  45.4  0.0008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.36398  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0174  xylose isomerase domain-containing protein  27.54 
 
 		 236 aa  44.3  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.6 
 
 		 286 aa  44.3  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8356  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 305 aa  44.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4598  xylose isomerase-like TIM barrel  23.96 
 
 		 277 aa  43.1  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1263  hypothetical protein  31.31 
 
 		 269 aa  43.5  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0356  apurinic endonuclease Apn1  29.48 
 
 		 283 aa  43.1  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0248399  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0337  apurinic endonuclease Apn1  28.82 
 
 		 283 aa  42.7  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75145e-30 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>