76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6746 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_6746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 272 aa  551  1e-156  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.249045  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02720  sugar phosphate isomerase/epimerase  68.58 
 
 		 266 aa  350  1e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0835  xylose isomerase domain-containing protein  60.73 
 
 		 281 aa  331  9e-90  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.279878  normal  0.572466 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0077  xylose isomerase domain-containing protein  60 
 
 		 281 aa  325  5e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0658  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.62 
 
 		 280 aa  322  3e-87  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0659  xylose isomerase domain-containing protein  59.27 
 
 		 281 aa  322  3e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.748247 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0679  xylose isomerase domain-containing protein  59.27 
 
 		 281 aa  322  3e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.419765 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0666  xylose isomerase-like TIM barrel  59.27 
 
 		 281 aa  322  3e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10507  hypothetical protein  59.12 
 
 		 280 aa  313  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0480257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.14 
 
 		 295 aa  306  3e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0340  xylose isomerase domain-containing protein  59.32 
 
 		 302 aa  298  7e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6143  xylose isomerase domain-containing protein  57.36 
 
 		 288 aa  295  7e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.536999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0407  xylose isomerase domain-containing protein  58.11 
 
 		 295 aa  293  2e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296839 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0473  xylose isomerase-like  56.59 
 
 		 308 aa  293  2e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.715311 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3410  xylose isomerase domain-containing protein  58.69 
 
 		 272 aa  289  3e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.498178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4928  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.15 
 
 		 268 aa  285  4e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9139  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  55.06 
 
 		 270 aa  284  1.0000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2709  hypothetical protein  54.23 
 
 		 305 aa  276  3e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.320407  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5758  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  54.61 
 
 		 263 aa  275  5e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.625631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4464  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  55.77 
 
 		 294 aa  271  6e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00570  sugar phosphate isomerase/epimerase  50.57 
 
 		 294 aa  268  8e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.170304 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3200  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  53.26 
 
 		 287 aa  262  4.999999999999999e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.278083  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8356  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.92 
 
 		 305 aa  260  2e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5002  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.77 
 
 		 312 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0821356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0249  xylose isomerase domain-containing protein  53.64 
 
 		 265 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.273491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0476  xylose isomerase domain-containing protein  50.19 
 
 		 262 aa  249  2e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17470  sugar phosphate isomerase/epimerase  49.43 
 
 		 325 aa  239  4e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.105049  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.1 
 
 		 284 aa  237  1e-61  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3351  xylose isomerase domain-containing protein  47.33 
 
 		 278 aa  231  1e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24530  sugar phosphate isomerase/epimerase  48.84 
 
 		 261 aa  221  9e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.482145  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18060  sugar phosphate isomerase/epimerase  45.38 
 
 		 295 aa  209  4e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2906  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.85 
 
 		 291 aa  72  0.000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0975  xylose isomerase domain-containing protein  27.35 
 
 		 269 aa  72  0.000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000320481  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  22.47 
 
 		 264 aa  68.2  0.0000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1512  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.44 
 
 		 263 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.44 
 
 		 263 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000134824 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0516  hypothetical protein  24.18 
 
 		 263 aa  65.5  0.0000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0218037  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3029  xylose isomerase-like TIM barrel  25 
 
 		 265 aa  63.9  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.599496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  22.54 
 
 		 276 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  24.07 
 
 		 268 aa  64.3  0.000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  22.18 
 
 		 276 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.18 
 
 		 276 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  22.18 
 
 		 275 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  22.18 
 
 		 276 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  22.18 
 
 		 276 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  22.18 
 
 		 276 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  22.18 
 
 		 276 aa  63.5  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  24.07 
 
 		 268 aa  62  0.00000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0863  xylose isomerase domain-containing protein  23.44 
 
 		 268 aa  57.8  0.0000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  23.6 
 
 		 268 aa  58.2  0.0000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0361  xylose isomerase domain-containing protein  22.85 
 
 		 253 aa  53.5  0.000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.934654  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1978  xylose isomerase domain-containing protein  25.82 
 
 		 274 aa  52.8  0.000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl333  endonuclease IV  25.65 
 
 		 293 aa  49.7  0.00006  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144036  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0649  xylose isomerase domain-containing protein  25.54 
 
 		 304 aa  49.3  0.00007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.0000488201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.54 
 
 		 292 aa  49.3  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1263  hypothetical protein  26.47 
 
 		 269 aa  48.1  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2461  xylose isomerase-like TIM barrel  28.26 
 
 		 305 aa  47.8  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  22.3 
 
 		 257 aa  47.4  0.0003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.27 
 
 		 283 aa  46.6  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  26.61 
 
 		 285 aa  46.6  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.11 
 
 		 335 aa  46.2  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0499  xylose isomerase domain-containing protein  25.47 
 
 		 304 aa  46.2  0.0006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00421742  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1640  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.75 
 
 		 270 aa  45.8  0.0007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.264646  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6463  hypothetical protein  25.76 
 
 		 273 aa  45.8  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.920651  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  31.97 
 
 		 255 aa  45.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0319  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  26.85 
 
 		 273 aa  45.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5989  xylose isomerase domain-containing protein  30.84 
 
 		 312 aa  45.4  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.171061 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.49 
 
 		 286 aa  43.9  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8563  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.82 
 
 		 278 aa  43.5  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0314267  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.89 
 
 		 339 aa  43.5  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2929  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.89 
 
 		 327 aa  43.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.712071  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.68 
 
 		 258 aa  42.7  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0323  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.07 
 
 		 536 aa  42.7  0.007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  25.62 
 
 		 257 aa  42.4  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  23.39 
 
 		 283 aa  42  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2874  oxidoreductase domain protein  25.28 
 
 		 699 aa  42  0.01  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>