64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3029 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_3029  xylose isomerase-like TIM barrel  100 
 
 		 265 aa  550  1e-156  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.599496  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0516  hypothetical protein  87.31 
 
 		 263 aa  476  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0218037  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0975  xylose isomerase domain-containing protein  78.08 
 
 		 269 aa  427  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000320481  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  73.21 
 
 		 263 aa  419  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000134824 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1512  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  73.21 
 
 		 263 aa  419  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2906  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  65.52 
 
 		 291 aa  366  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3351  xylose isomerase domain-containing protein  27.47 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18060  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.98 
 
 		 295 aa  85.5  8e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00570  sugar phosphate isomerase/epimerase  23.77 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.170304 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0476  xylose isomerase domain-containing protein  25.91 
 
 		 262 aa  72  0.000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3200  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.7 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.278083  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4464  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.88 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.28 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17470  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.91 
 
 		 325 aa  70.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.105049  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5002  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.84 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0821356  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3410  xylose isomerase domain-containing protein  26.37 
 
 		 272 aa  67.4  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.498178  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0658  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.09 
 
 		 280 aa  66.6  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9139  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  26.2 
 
 		 270 aa  65.1  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8356  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.39 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24530  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.37 
 
 		 261 aa  65.1  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.482145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2709  hypothetical protein  24.44 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.320407  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4928  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.15 
 
 		 268 aa  64.7  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02720  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.81 
 
 		 266 aa  63.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.12 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0679  xylose isomerase domain-containing protein  25.35 
 
 		 281 aa  63.2  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.419765 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0659  xylose isomerase domain-containing protein  25.35 
 
 		 281 aa  63.2  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.748247 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0666  xylose isomerase-like TIM barrel  25.35 
 
 		 281 aa  63.2  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0340  xylose isomerase domain-containing protein  27.14 
 
 		 302 aa  62.8  0.000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0407  xylose isomerase domain-containing protein  26.24 
 
 		 295 aa  62  0.000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296839 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10507  hypothetical protein  26.21 
 
 		 280 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0480257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0473  xylose isomerase-like  24.18 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.715311 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0835  xylose isomerase domain-containing protein  25.44 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.279878  normal  0.572466 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 272 aa  59.7  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.249045  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3010  xylose isomerase-like TIM barrel  27.37 
 
 		 281 aa  59.7  0.00000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0077  xylose isomerase domain-containing protein  24.32 
 
 		 281 aa  59.7  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0249  xylose isomerase domain-containing protein  24.69 
 
 		 265 aa  58.5  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.273491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6143  xylose isomerase domain-containing protein  25.09 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.536999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1777  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.17 
 
 		 262 aa  53.9  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  28.65 
 
 		 257 aa  54.3  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1640  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.77 
 
 		 270 aa  52  0.000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.264646  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  25.09 
 
 		 264 aa  50.8  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  23.67 
 
 		 285 aa  50.4  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5758  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  24.55 
 
 		 263 aa  50.4  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.625631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.53 
 
 		 638 aa  49.7  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.51 
 
 		 260 aa  49.3  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  26.17 
 
 		 256 aa  48.9  0.00009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.436698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.34 
 
 		 276 aa  48.5  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  25.69 
 
 		 279 aa  48.5  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1978  xylose isomerase domain-containing protein  25.95 
 
 		 274 aa  47.8  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4027  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.61 
 
 		 275 aa  47.4  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.383869  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.55 
 
 		 258 aa  47.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0570  apurinic endonuclease Apn1  25.53 
 
 		 287 aa  47  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.35 
 
 		 258 aa  47  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.89 
 
 		 283 aa  46.2  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.05 
 
 		 264 aa  46.2  0.0005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.35 
 
 		 632 aa  45.4  0.0009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1892  xylose isomerase domain-containing protein  22.62 
 
 		 275 aa  45.4  0.0009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.230832 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.99 
 
 		 630 aa  45.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  22.31 
 
 		 278 aa  45.4  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0556  apurinic endonuclease Apn1  24.82 
 
 		 287 aa  43.5  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00064756  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.21 
 
 		 286 aa  43.5  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.94 
 
 		 277 aa  42.7  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.62 
 
 		 631 aa  42.7  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0530  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.78 
 
 		 273 aa  42.7  0.006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.297775  normal  0.967129 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>