72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0473 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0473  xylose isomerase-like  100 
 
 		 308 aa  618  1e-176  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.715311 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6143  xylose isomerase domain-containing protein  86.54 
 
 		 288 aa  460  9.999999999999999e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.536999  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3410  xylose isomerase domain-containing protein  69.08 
 
 		 272 aa  374  1e-103  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.498178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4464  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  70.38 
 
 		 294 aa  371  1e-102  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9139  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  68.06 
 
 		 270 aa  370  1e-101  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5002  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  62.92 
 
 		 312 aa  354  8.999999999999999e-97  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0821356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2709  hypothetical protein  63.12 
 
 		 305 aa  353  2e-96  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.320407  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0340  xylose isomerase domain-containing protein  57.56 
 
 		 302 aa  319  3.9999999999999996e-86  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0249  xylose isomerase domain-containing protein  61.07 
 
 		 265 aa  316  3e-85  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.273491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4928  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.58 
 
 		 268 aa  305  8.000000000000001e-82  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0407  xylose isomerase domain-containing protein  56.98 
 
 		 295 aa  305  9.000000000000001e-82  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296839 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5758  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  58.27 
 
 		 263 aa  304  1.0000000000000001e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.625631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0476  xylose isomerase domain-containing protein  56.92 
 
 		 262 aa  302  6.000000000000001e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00570  sugar phosphate isomerase/epimerase  56.47 
 
 		 294 aa  299  4e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.170304 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8356  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.6 
 
 		 305 aa  289  5.0000000000000004e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0659  xylose isomerase domain-containing protein  50.9 
 
 		 281 aa  283  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.748247 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0679  xylose isomerase domain-containing protein  50.9 
 
 		 281 aa  283  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.419765 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0666  xylose isomerase-like TIM barrel  50.9 
 
 		 281 aa  283  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0835  xylose isomerase domain-containing protein  50.54 
 
 		 281 aa  283  4.0000000000000003e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.279878  normal  0.572466 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0077  xylose isomerase domain-containing protein  51.26 
 
 		 281 aa  282  4.0000000000000003e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.59 
 
 		 272 aa  278  6e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.249045  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0658  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.44 
 
 		 280 aa  275  8e-73  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10507  hypothetical protein  50 
 
 		 280 aa  273  3e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0480257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02720  sugar phosphate isomerase/epimerase  53.26 
 
 		 266 aa  268  5.9999999999999995e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.74 
 
 		 295 aa  266  4e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3351  xylose isomerase domain-containing protein  49.63 
 
 		 278 aa  265  8e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49 
 
 		 284 aa  253  4.0000000000000004e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18060  sugar phosphate isomerase/epimerase  50.2 
 
 		 295 aa  251  9.000000000000001e-66  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3200  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.59 
 
 		 287 aa  250  2e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.278083  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24530  sugar phosphate isomerase/epimerase  50.97 
 
 		 261 aa  246  3e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.482145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17470  sugar phosphate isomerase/epimerase  48.03 
 
 		 325 aa  243  3.9999999999999997e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.105049  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2906  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.53 
 
 		 291 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1512  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.91 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.91 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000134824 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0975  xylose isomerase domain-containing protein  25.82 
 
 		 269 aa  66.6  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000320481  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.32 
 
 		 264 aa  62  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3029  xylose isomerase-like TIM barrel  23.97 
 
 		 265 aa  61.2  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.599496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  24.62 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  24.62 
 
 		 268 aa  58.5  0.0000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0516  hypothetical protein  23.89 
 
 		 263 aa  55.5  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0218037  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1978  xylose isomerase domain-containing protein  25.9 
 
 		 274 aa  54.3  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  24.46 
 
 		 270 aa  49.7  0.00006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  36.99 
 
 		 287 aa  49.7  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.47 
 
 		 286 aa  49.3  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1892  xylose isomerase domain-containing protein  27.94 
 
 		 275 aa  48.5  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.230832 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0530  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.21 
 
 		 273 aa  48.9  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.297775  normal  0.967129 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  35.71 
 
 		 255 aa  48.1  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.82 
 
 		 283 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.32 
 
 		 258 aa  47.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.98 
 
 		 604 aa  47.4  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  38.67 
 
 		 285 aa  47  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  23.55 
 
 		 264 aa  47  0.0004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4048  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.31 
 
 		 286 aa  46.6  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2461  xylose isomerase-like TIM barrel  27.52 
 
 		 305 aa  46.2  0.0008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.49 
 
 		 258 aa  45.4  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1640  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.88 
 
 		 270 aa  44.7  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.264646  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.27 
 
 		 256 aa  45.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  39.62 
 
 		 276 aa  44.3  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  39.62 
 
 		 276 aa  44.3  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  39.62 
 
 		 275 aa  43.9  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  39.62 
 
 		 276 aa  44.3  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  39.62 
 
 		 276 aa  44.3  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  39.62 
 
 		 276 aa  43.9  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  39.62 
 
 		 276 aa  44.3  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.62 
 
 		 276 aa  44.3  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  31.82 
 
 		 257 aa  43.9  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0499  xylose isomerase domain-containing protein  22.96 
 
 		 304 aa  43.5  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00421742  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  28.66 
 
 		 305 aa  43.5  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4312  sugar phosphate isomerases/epimerases  31.45 
 
 		 283 aa  43.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.517232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2721  xylose isomerase domain-containing protein  23.81 
 
 		 280 aa  43.1  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543869  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.9 
 
 		 256 aa  42.7  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.883338 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.14 
 
 		 335 aa  42.7  0.008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>