67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2461 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2461  xylose isomerase-like TIM barrel  100 
 
 		 305 aa  583  1e-166  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2851  xylose isomerase domain-containing protein  34.11 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0440  xylose isomerase-like TIM barrel  34.64 
 
 		 323 aa  142  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292372  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0995  xylose isomerase-like TIM barrel  31.99 
 
 		 304 aa  135  8e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0499  xylose isomerase domain-containing protein  34.77 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00421742  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2030  xylose isomerase domain-containing protein  33.22 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3766  xylose isomerase domain-containing protein  32.27 
 
 		 306 aa  124  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50217  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5503  hypothetical protein  30.22 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1263  hypothetical protein  27.05 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4546  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.08 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.97 
 
 		 256 aa  73.2  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.883338 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  27.7 
 
 		 257 aa  72.8  0.000000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.42 
 
 		 256 aa  72  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0064  xylose isomerase-like TIM barrel  30.4 
 
 		 256 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  25.5 
 
 		 257 aa  66.2  0.0000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3371  AP endonuclease  27.31 
 
 		 256 aa  64.3  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2972  xylose isomerase domain-containing protein  30.34 
 
 		 255 aa  64.3  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3410  xylose isomerase domain-containing protein  32.05 
 
 		 272 aa  59.3  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.498178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9139  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  30.12 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1528  xylose isomerase-like TIM barrel  24.9 
 
 		 269 aa  57.8  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.317464  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4159  xylose isomerase domain-containing protein  28.81 
 
 		 257 aa  57  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0361  xylose isomerase domain-containing protein  27.06 
 
 		 253 aa  55.5  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.934654  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.26 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  22.83 
 
 		 268 aa  53.9  0.000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  23.74 
 
 		 268 aa  53.5  0.000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1143  xylose isomerase domain-containing protein  28.64 
 
 		 243 aa  52.4  0.000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.64 
 
 		 272 aa  51.6  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.249045  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5002  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.16 
 
 		 312 aa  51.2  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0821356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1364  hypothetical protein  25.23 
 
 		 256 aa  51.2  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00000110599  hitchhiker  0.0000000254981 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  24.14 
 
 		 264 aa  50.8  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0600  xylose isomerase domain-containing protein  30.38 
 
 		 244 aa  51.2  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.352505  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0473  xylose isomerase-like  28.35 
 
 		 308 aa  51.6  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.715311 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00570  sugar phosphate isomerase/epimerase  33.33 
 
 		 294 aa  51.6  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.170304 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  22.83 
 
 		 268 aa  50.8  0.00003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.2 
 
 		 258 aa  49.3  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0023  xylose isomerase domain-containing protein  28.36 
 
 		 277 aa  49.3  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.140146  normal  0.179482 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10507  hypothetical protein  28.63 
 
 		 280 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0480257  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.71 
 
 		 258 aa  48.5  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6143  xylose isomerase domain-containing protein  29.18 
 
 		 288 aa  48.5  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.536999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0319  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.16 
 
 		 273 aa  48.5  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  29.61 
 
 		 255 aa  47.4  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  31.35 
 
 		 256 aa  47.4  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3700  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.52 
 
 		 299 aa  47  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2709  hypothetical protein  26.85 
 
 		 305 aa  46.2  0.0007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.320407  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3200  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.63 
 
 		 287 aa  45.8  0.0009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.278083  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  25.7 
 
 		 262 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0542  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.03 
 
 		 250 aa  45.4  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0249  xylose isomerase domain-containing protein  33.11 
 
 		 265 aa  45.4  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.273491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1379  hypothetical protein  26.47 
 
 		 242 aa  45.4  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.100757  normal  0.0567681 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1555  xylose isomerase domain-containing protein  24.9 
 
 		 257 aa  45.4  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.123696  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0530  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 		 273 aa  44.7  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.297775  normal  0.967129 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  27.16 
 
 		 262 aa  44.3  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0863  xylose isomerase domain-containing protein  23.78 
 
 		 268 aa  43.9  0.003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24530  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.15 
 
 		 261 aa  43.9  0.003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.482145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02720  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.5 
 
 		 266 aa  43.5  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.44 
 
 		 331 aa  43.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0474  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.51 
 
 		 256 aa  43.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0666  xylose isomerase-like TIM barrel  28.82 
 
 		 281 aa  43.5  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0529  xylose isomerase-like TIM barrel  27.81 
 
 		 281 aa  43.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0189964  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0679  xylose isomerase domain-containing protein  28.82 
 
 		 281 aa  43.5  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.419765 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0659  xylose isomerase domain-containing protein  28.82 
 
 		 281 aa  43.5  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.748247 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8356  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.01 
 
 		 305 aa  43.5  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf342  endonuclease IV  23.98 
 
 		 276 aa  43.5  0.005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  hitchhiker  0.00102527  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  25.21 
 
 		 256 aa  42.7  0.007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.436698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0077  xylose isomerase domain-containing protein  28.92 
 
 		 281 aa  42.7  0.008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17470  sugar phosphate isomerase/epimerase  32.03 
 
 		 325 aa  42.4  0.009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.105049  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0340  xylose isomerase domain-containing protein  31.14 
 
 		 302 aa  42.4  0.01  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>