86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2929 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2929  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 327 aa  670    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.712071  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4186  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.3 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.34 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5223  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.95 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539656  normal  0.643563 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2874  oxidoreductase domain protein  23.24 
 
 		 699 aa  57  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2966  oxidoreductase domain protein  23.24 
 
 		 699 aa  56.2  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.67 
 
 		 275 aa  56.2  0.0000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.46 
 
 		 262 aa  55.5  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.47 
 
 		 282 aa  53.5  0.000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.35 
 
 		 277 aa  53.5  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.19 
 
 		 283 aa  50.8  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0649  xylose isomerase domain-containing protein  22.01 
 
 		 304 aa  50.4  0.00004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.0000488201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  23.21 
 
 		 287 aa  50.4  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  30.71 
 
 		 250 aa  49.7  0.00007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2286  xylose isomerase domain-containing protein  27.14 
 
 		 277 aa  49.7  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0370511  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  30.12 
 
 		 293 aa  48.5  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5486  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.93 
 
 		 281 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.248686 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  23.97 
 
 		 309 aa  48.1  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  25.9 
 
 		 309 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  23.97 
 
 		 309 aa  47.8  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  25.9 
 
 		 309 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  23.63 
 
 		 309 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.48 
 
 		 270 aa  47.4  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  23.97 
 
 		 309 aa  47  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.74 
 
 		 275 aa  46.6  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  33.02 
 
 		 305 aa  47  0.0005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  26.24 
 
 		 297 aa  46.6  0.0005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  22.01 
 
 		 283 aa  46.6  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  25.9 
 
 		 309 aa  46.6  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3593  xylose isomerase domain-containing protein  27 
 
 		 290 aa  46.6  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.671139  decreased coverage  0.000150106 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04026  hypothetical protein  29.06 
 
 		 284 aa  46.2  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5713  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  29.06 
 
 		 284 aa  46.2  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3796  hexulose-6-phosphate isomerase  29.06 
 
 		 284 aa  46.2  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.542065  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  27.97 
 
 		 296 aa  46.2  0.0007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.68 
 
 		 279 aa  46.2  0.0007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4668  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  29.06 
 
 		 284 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04064  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  29.06 
 
 		 284 aa  46.2  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4758  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  29.06 
 
 		 284 aa  46.2  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4441  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  29.06 
 
 		 284 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.48 
 
 		 276 aa  46.2  0.0008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2684  xylose isomerase domain-containing protein  26.04 
 
 		 297 aa  46.2  0.0008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.16562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  24.65 
 
 		 308 aa  46.2  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1462  xylose isomerase-like  30.77 
 
 		 304 aa  45.4  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0792814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4393  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.1 
 
 		 271 aa  45.8  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.52242  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4048  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.72 
 
 		 286 aa  45.8  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4748  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  28.21 
 
 		 284 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  31.58 
 
 		 332 aa  45.8  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4691  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.63 
 
 		 284 aa  45.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4720  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.88 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  31.58 
 
 		 332 aa  45.1  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2200  xylose isomerase domain-containing protein  32.74 
 
 		 288 aa  45.1  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3816  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  27.64 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00643692 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4655  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  28.21 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4805  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  28.21 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.296767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  21.88 
 
 		 289 aa  45.1  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4727  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  29.06 
 
 		 284 aa  45.1  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639292  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2806  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27 
 
 		 297 aa  45.1  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4784  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  28.21 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.871942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4665  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  28.21 
 
 		 284 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2911  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.14 
 
 		 297 aa  44.3  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.124085 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  24.42 
 
 		 268 aa  44.3  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0947  xylose isomerase-like TIM barrel  24.74 
 
 		 308 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  27.27 
 
 		 296 aa  43.9  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1429  xylose isomerase domain-containing protein  24.74 
 
 		 308 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0621  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.68 
 
 		 281 aa  43.9  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.68 
 
 		 316 aa  43.9  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  27.07 
 
 		 298 aa  43.9  0.004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.72 
 
 		 278 aa  43.5  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1158  hydroxypyruvate isomerase  24.53 
 
 		 268 aa  43.5  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.671898  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1682  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.48 
 
 		 287 aa  43.5  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.79 
 
 		 340 aa  43.5  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1348  xylose isomerase domain-containing protein  25.1 
 
 		 308 aa  43.5  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1309  xylose isomerase domain-containing protein  25.1 
 
 		 308 aa  43.5  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1909  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.07 
 
 		 280 aa  43.1  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1528  xylose isomerase-like TIM barrel  27.27 
 
 		 269 aa  43.1  0.006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.317464  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  21.13 
 
 		 278 aa  43.1  0.006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1407  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 308 aa  43.1  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  27.1 
 
 		 268 aa  42.7  0.007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  27.61 
 
 		 296 aa  42.7  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  24.53 
 
 		 309 aa  42.7  0.008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.05 
 
 		 285 aa  42.7  0.008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1675  AP endonuclease  22.74 
 
 		 306 aa  42.7  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.173299  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.9 
 
 		 322 aa  42.7  0.009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  25.41 
 
 		 295 aa  42.7  0.009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1829  hypothetical protein  22.74 
 
 		 306 aa  42.7  0.009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0766527  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  25.41 
 
 		 295 aa  42.4  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>