99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2394 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 316 aa  651    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  30.5 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1107  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.92 
 
 		 273 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  28.96 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.2 
 
 		 288 aa  108  2e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  30.12 
 
 		 274 aa  103  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  27.27 
 
 		 278 aa  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6262  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.56 
 
 		 278 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  0.603305 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  27.88 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  27.37 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.32 
 
 		 269 aa  97.1  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0137  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.24 
 
 		 276 aa  95.9  8e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2882  xylose isomerase domain-containing protein  28.23 
 
 		 276 aa  95.9  8e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  28.29 
 
 		 277 aa  95.5  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.46 
 
 		 274 aa  93.2  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.68 
 
 		 298 aa  93.2  5e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.02 
 
 		 276 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  28.99 
 
 		 266 aa  92  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.93 
 
 		 290 aa  91.7  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.834913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06440  sugar phosphate isomerase/epimerase  23.31 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3593  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.86 
 
 		 265 aa  91.7  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244317  normal  0.215314 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.4 
 
 		 276 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.65 
 
 		 279 aa  88.2  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.02 
 
 		 286 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0615  xylose isomerase domain-containing protein  25.9 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.1 
 
 		 394 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.52 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  27.35 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  27.35 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  26.94 
 
 		 280 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1856  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.1 
 
 		 292 aa  72.4  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  26.94 
 
 		 280 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  26.94 
 
 		 280 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  26.53 
 
 		 280 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2495  xylose isomerase domain-containing protein  27.5 
 
 		 261 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.95 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0606369  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1896  xylose isomerase-like TIM barrel  23.58 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31703  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1942  xylose isomerase domain-containing protein  23.58 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  24.29 
 
 		 268 aa  63.5  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1876  xylose isomerase domain-containing protein  23.05 
 
 		 264 aa  62  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0739188 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  22.96 
 
 		 277 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  24.2 
 
 		 272 aa  53.9  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  24.7 
 
 		 250 aa  53.1  0.000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  23.78 
 
 		 256 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  21.59 
 
 		 262 aa  50.8  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.57 
 
 		 290 aa  50.4  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  21.74 
 
 		 258 aa  49.3  0.00008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.56 
 
 		 256 aa  49.3  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  26.29 
 
 		 256 aa  48.9  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.64 
 
 		 287 aa  48.9  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  25.2 
 
 		 258 aa  47.8  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.6 
 
 		 264 aa  48.5  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  27.47 
 
 		 254 aa  47.8  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  21.43 
 
 		 305 aa  47.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6411  Hydroxypyruvate isomerase  24.65 
 
 		 262 aa  47.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1112  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.45 
 
 		 259 aa  46.2  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  22.58 
 
 		 271 aa  45.8  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  25.41 
 
 		 263 aa  45.4  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.18 
 
 		 627 aa  45.4  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  21.93 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.54 
 
 		 303 aa  45.4  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  21.93 
 
 		 276 aa  45.8  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  21.93 
 
 		 275 aa  45.4  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  21.93 
 
 		 276 aa  45.1  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4876  hydroxypyruvate isomerase  31.82 
 
 		 273 aa  45.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  21.67 
 
 		 632 aa  44.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.93 
 
 		 276 aa  45.1  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.4 
 
 		 628 aa  44.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  21.93 
 
 		 276 aa  45.1  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.4 
 
 		 628 aa  44.7  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  21.93 
 
 		 276 aa  45.1  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  21.79 
 
 		 637 aa  44.7  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  21.93 
 
 		 276 aa  44.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  25.17 
 
 		 284 aa  44.3  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.09 
 
 		 289 aa  44.3  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.4 
 
 		 280 aa  44.3  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2394  xylose isomerase domain-containing protein  23.58 
 
 		 259 aa  44.3  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1197  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.57 
 
 		 259 aa  43.9  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.597378  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2929  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.68 
 
 		 327 aa  43.9  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.712071  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2842  Hydroxypyruvate isomerase  23.67 
 
 		 271 aa  43.9  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0814661  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.54 
 
 		 265 aa  43.5  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.39 
 
 		 631 aa  43.5  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.29 
 
 		 628 aa  43.1  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2765  hydroxypyruvate isomerase  26.97 
 
 		 255 aa  43.5  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.37 
 
 		 632 aa  43.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  23.49 
 
 		 634 aa  43.5  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  22.83 
 
 		 687 aa  43.1  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.18 
 
 		 631 aa  42.7  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.31 
 
 		 275 aa  42.7  0.007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  28.3 
 
 		 261 aa  43.1  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  23.78 
 
 		 256 aa  43.1  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  23.78 
 
 		 260 aa  43.1  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  28.95 
 
 		 289 aa  42.7  0.008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  19.05 
 
 		 635 aa  42.7  0.008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  26.04 
 
 		 283 aa  42.7  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.21 
 
 		 627 aa  42.7  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.07 
 
 		 282 aa  42.4  0.009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.5 
 
 		 630 aa  42.7  0.009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1026  hydroxypyruvate isomerase  26.17 
 
 		 267 aa  42.4  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43264  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>