95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3692 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 305 aa  619  1e-176  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1656  xylose isomerase domain-containing protein  71.82 
 
 		 297 aa  442  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  71.13 
 
 		 297 aa  432  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4442  xylose isomerase domain-containing protein  66.78 
 
 		 298 aa  391  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.481875  normal  0.31172 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  38.57 
 
 		 626 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  36.63 
 
 		 629 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  36.07 
 
 		 632 aa  162  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  36.14 
 
 		 630 aa  162  7e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.04 
 
 		 631 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.61 
 
 		 627 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.7 
 
 		 631 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.29 
 
 		 615 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.19 
 
 		 624 aa  159  4e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.23 
 
 		 633 aa  158  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.21 
 
 		 623 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.06 
 
 		 632 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.97 
 
 		 624 aa  156  4e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.71 
 
 		 635 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.55 
 
 		 637 aa  155  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.58 
 
 		 628 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.58 
 
 		 628 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  35.34 
 
 		 634 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.46 
 
 		 628 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.79 
 
 		 635 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  34.98 
 
 		 634 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  35.19 
 
 		 604 aa  152  8.999999999999999e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.33 
 
 		 635 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.33 
 
 		 635 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  35.2 
 
 		 477 aa  149  4e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  34.05 
 
 		 635 aa  149  6e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.02 
 
 		 633 aa  149  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  34.44 
 
 		 687 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  36.26 
 
 		 630 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.57 
 
 		 638 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  36.56 
 
 		 630 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.16 
 
 		 630 aa  146  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  32.62 
 
 		 617 aa  145  7.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  33.45 
 
 		 629 aa  144  1e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.9 
 
 		 630 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1586  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.14 
 
 		 621 aa  143  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435654  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  33.09 
 
 		 635 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.09 
 
 		 635 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.25 
 
 		 630 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.25 
 
 		 630 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.27 
 
 		 687 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.25 
 
 		 630 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.27 
 
 		 684 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  35.27 
 
 		 684 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.27 
 
 		 684 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  35.27 
 
 		 684 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  35.27 
 
 		 684 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.27 
 
 		 684 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.33 
 
 		 630 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.06 
 
 		 615 aa  139  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.93 
 
 		 632 aa  138  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.31 
 
 		 627 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.94 
 
 		 627 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.73 
 
 		 645 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1477  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.4 
 
 		 596 aa  116  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  35.4 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  28.57 
 
 		 272 aa  70.5  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01140  hypothetical protein similar to dehydroshikimate dehydratase (Eurofung)  26.96 
 
 		 367 aa  67.4  0.0000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.518528 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01734  3-dehydroshikimate dehydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G08740)  25.22 
 
 		 354 aa  65.5  0.000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.109139  normal  0.0225904 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  28.51 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  30.56 
 
 		 275 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  32.62 
 
 		 274 aa  60.5  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1099  xylose isomerase domain-containing protein  25.56 
 
 		 293 aa  57.4  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02478  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G00240)  25.11 
 
 		 332 aa  57  0.0000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  29.45 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.94 
 
 		 313 aa  54.3  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  33.82 
 
 		 276 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_006693  CNH00440  conserved hypothetical protein  24.64 
 
 		 375 aa  53.5  0.000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  29.73 
 
 		 277 aa  52.4  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  30.22 
 
 		 271 aa  51.2  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  28.64 
 
 		 263 aa  51.6  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.34 
 
 		 274 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 257 aa  50.4  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  27.39 
 
 		 295 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  27.39 
 
 		 295 aa  50.4  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  27.39 
 
 		 295 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.27 
 
 		 280 aa  49.3  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  30.65 
 
 		 269 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.43 
 
 		 316 aa  47.8  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  23.13 
 
 		 284 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  26.32 
 
 		 275 aa  48.1  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  29.45 
 
 		 283 aa  47.4  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  26.64 
 
 		 285 aa  45.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH00500  conserved hypothetical protein  24.42 
 
 		 381 aa  45.4  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  26.6 
 
 		 295 aa  44.3  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.95 
 
 		 266 aa  44.7  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  27.46 
 
 		 278 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  26.6 
 
 		 295 aa  43.9  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  27.84 
 
 		 277 aa  43.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  26.37 
 
 		 292 aa  43.1  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 287 aa  42.7  0.008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>