98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4760 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 274 aa  565  1e-160  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2882  xylose isomerase domain-containing protein  61.6 
 
 		 276 aa  322  6e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  51.67 
 
 		 277 aa  240  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  46.84 
 
 		 292 aa  231  8.000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1856  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.56 
 
 		 292 aa  225  6e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.58 
 
 		 276 aa  225  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  45.72 
 
 		 274 aa  221  8e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.75 
 
 		 276 aa  216  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0615  xylose isomerase domain-containing protein  46 
 
 		 296 aa  215  5.9999999999999996e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  38.91 
 
 		 278 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0137  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.09 
 
 		 276 aa  202  5e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.01 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  39.55 
 
 		 285 aa  201  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1107  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36 
 
 		 273 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.26 
 
 		 394 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  39.34 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3593  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.21 
 
 		 265 aa  192  4e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244317  normal  0.215314 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06440  sugar phosphate isomerase/epimerase  36.36 
 
 		 300 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.34 
 
 		 269 aa  189  5e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  38.97 
 
 		 266 aa  188  8e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  39.26 
 
 		 288 aa  186  4e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6262  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.83 
 
 		 278 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  0.603305 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.97 
 
 		 279 aa  186  5e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.71 
 
 		 290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.834913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.1 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  39.69 
 
 		 280 aa  180  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  39.69 
 
 		 280 aa  181  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  39.69 
 
 		 280 aa  181  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  39.31 
 
 		 280 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  39.31 
 
 		 280 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  39.31 
 
 		 280 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  37.18 
 
 		 285 aa  178  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.89 
 
 		 286 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.31 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0606369  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.46 
 
 		 316 aa  93.2  4e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  25.84 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1896  xylose isomerase-like TIM barrel  25.61 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31703  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.94 
 
 		 630 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1942  xylose isomerase domain-containing protein  25.61 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.39 
 
 		 290 aa  55.8  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.56 
 
 		 630 aa  55.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1876  xylose isomerase domain-containing protein  25.61 
 
 		 264 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0739188 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.56 
 
 		 630 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  24.09 
 
 		 256 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  26.73 
 
 		 274 aa  53.5  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  23.85 
 
 		 604 aa  52.4  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  27.13 
 
 		 295 aa  52.4  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2495  xylose isomerase domain-containing protein  25.29 
 
 		 261 aa  52.4  0.000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  23.73 
 
 		 268 aa  50.8  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.98 
 
 		 287 aa  51.2  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.38 
 
 		 303 aa  50.4  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.02 
 
 		 631 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  24.18 
 
 		 635 aa  50.4  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.08 
 
 		 256 aa  50.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  24.69 
 
 		 629 aa  50.1  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  26.74 
 
 		 295 aa  49.7  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.32 
 
 		 286 aa  49.3  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.5 
 
 		 633 aa  49.3  0.00006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  22.66 
 
 		 281 aa  48.5  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.51 
 
 		 305 aa  48.1  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1112  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.71 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.96 
 
 		 276 aa  47.4  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5223  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 281 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539656  normal  0.643563 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  23.23 
 
 		 268 aa  48.1  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.62 
 
 		 631 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.44 
 
 		 630 aa  47.4  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.59 
 
 		 290 aa  47.4  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  26.11 
 
 		 250 aa  47  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.89 
 
 		 632 aa  46.6  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.69 
 
 		 638 aa  46.2  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.53 
 
 		 628 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  24.69 
 
 		 687 aa  45.8  0.0008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1167  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.22 
 
 		 306 aa  45.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.68 
 
 		 630 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.21 
 
 		 282 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  25.34 
 
 		 295 aa  45.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 		 289 aa  45.4  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  24.11 
 
 		 279 aa  44.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.68 
 
 		 630 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.68 
 
 		 630 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.84 
 
 		 480 aa  44.3  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  25.43 
 
 		 295 aa  44.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.43 
 
 		 630 aa  44.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.73 
 
 		 295 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4578  xylose isomerase domain-containing protein  28.07 
 
 		 137 aa  43.9  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.615471  normal  0.641383 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.62 
 
 		 282 aa  43.5  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1320  hexulose-6-phosphate isomerase  23.74 
 
 		 289 aa  43.5  0.004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  28.35 
 
 		 270 aa  43.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1477  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.68 
 
 		 596 aa  43.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2917  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.03 
 
 		 304 aa  42.7  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.409323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.31 
 
 		 624 aa  42.7  0.007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.86 
 
 		 627 aa  42.4  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 		 284 aa  42.4  0.008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0423  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.43 
 
 		 287 aa  42.4  0.009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.7 
 
 		 282 aa  42.4  0.009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  25.32 
 
 		 277 aa  42.4  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  23.67 
 
 		 629 aa  42  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.79 
 
 		 264 aa  42  0.01  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>