108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3326 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
284 aa  579  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  49.48 
 
 
292 aa  284  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.69 
 
 
313 aa  101  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  30.62 
 
 
283 aa  99.4  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  30.99 
 
 
288 aa  91.7  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  25.4 
 
 
274 aa  85.9  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  36.69 
 
 
270 aa  85.1  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  27.94 
 
 
283 aa  83.6  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.38 
 
 
291 aa  84  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  29.34 
 
 
635 aa  80.5  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  28.3 
 
 
629 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  29.3 
 
 
687 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  28.35 
 
 
271 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  33.85 
 
 
257 aa  79  0.00000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.17 
 
 
604 aa  79  0.00000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  27.45 
 
 
634 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.35 
 
 
271 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.49 
 
 
631 aa  76.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  27.2 
 
 
280 aa  74.7  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  27.56 
 
 
271 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  27.16 
 
 
634 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.33 
 
 
631 aa  73.6  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  27.27 
 
 
272 aa  73.6  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.1 
 
 
630 aa  72.8  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  27.2 
 
 
626 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.16 
 
 
632 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.47 
 
 
628 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  27.17 
 
 
271 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.75 
 
 
638 aa  69.7  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.46 
 
 
615 aa  69.3  0.00000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.95 
 
 
635 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.27 
 
 
632 aa  68.9  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.11 
 
 
635 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  24.09 
 
 
295 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.59 
 
 
624 aa  68.6  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.56 
 
 
635 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  23.64 
 
 
295 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  23.64 
 
 
295 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.56 
 
 
635 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.69 
 
 
637 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  29.55 
 
 
271 aa  67.8  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.63 
 
 
623 aa  67  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.27 
 
 
627 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.09 
 
 
615 aa  67.4  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  26.81 
 
 
278 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.8 
 
 
633 aa  66.2  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.76 
 
 
624 aa  65.9  0.0000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.05 
 
 
630 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.88 
 
 
628 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.88 
 
 
628 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.64 
 
 
630 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.64 
 
 
630 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  23.83 
 
 
629 aa  63.2  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  24.25 
 
 
273 aa  62.8  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.93 
 
 
630 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.46 
 
 
630 aa  62.8  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.56 
 
 
633 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.29 
 
 
627 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.51 
 
 
630 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.51 
 
 
630 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  28.08 
 
 
299 aa  62  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.51 
 
 
630 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  27.52 
 
 
276 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1656  xylose isomerase domain-containing protein  24.63 
 
 
297 aa  60.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  27.31 
 
 
477 aa  60.1  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  33.6 
 
 
684 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  33.6 
 
 
684 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.6 
 
 
684 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.6 
 
 
684 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.6 
 
 
684 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.6 
 
 
687 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  33.6 
 
 
684 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.7 
 
 
635 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  24.69 
 
 
271 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.12 
 
 
627 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.26 
 
 
645 aa  58.5  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  25.81 
 
 
635 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  26.38 
 
 
287 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  26.42 
 
 
270 aa  57.4  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  30.3 
 
 
275 aa  56.6  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.78 
 
 
632 aa  55.5  0.0000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  29.41 
 
 
269 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1586  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.69 
 
 
621 aa  53.9  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435654  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  27.31 
 
 
285 aa  53.9  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1099  xylose isomerase domain-containing protein  24.82 
 
 
293 aa  53.1  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  24.9 
 
 
617 aa  53.5  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  21.53 
 
 
297 aa  52.8  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  23.44 
 
 
277 aa  52.8  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  25.49 
 
 
263 aa  51.6  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.49 
 
 
269 aa  52  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0115  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 
286 aa  50.4  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.99603  normal  0.236776 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.77 
 
 
313 aa  49.7  0.00006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  23.33 
 
 
281 aa  49.3  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.55 
 
 
266 aa  49.7  0.00006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29270  sugar phosphate isomerase/epimerase  30 
 
 
280 aa  49.3  0.00007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  23.13 
 
 
305 aa  48.1  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.93 
 
 
280 aa  47.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  31.09 
 
 
268 aa  47.4  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  27.41 
 
 
271 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1477  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.9 
 
 
596 aa  47  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal  0.313669 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>