56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1216 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 270 aa  533  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  54.51 
 
 		 277 aa  274  1.0000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  54.55 
 
 		 275 aa  271  7e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  48.96 
 
 		 271 aa  230  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.08 
 
 		 271 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  48.55 
 
 		 271 aa  223  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  47.5 
 
 		 271 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  47.08 
 
 		 271 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  44.19 
 
 		 271 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  43.7 
 
 		 273 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  41.08 
 
 		 278 aa  201  7e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  47.72 
 
 		 271 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.98 
 
 		 269 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  42.11 
 
 		 287 aa  170  3e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.89 
 
 		 266 aa  167  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  44.92 
 
 		 276 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  42.15 
 
 		 275 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  40.25 
 
 		 269 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  37.11 
 
 		 278 aa  142  8e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  36.6 
 
 		 268 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.84 
 
 		 274 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  35.13 
 
 		 286 aa  135  9e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  35.27 
 
 		 263 aa  128  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  33.33 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.02 
 
 		 280 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  32.8 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  32.64 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  39.05 
 
 		 288 aa  94  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  37.33 
 
 		 283 aa  90.1  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  30.47 
 
 		 270 aa  87.8  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  39.77 
 
 		 283 aa  85.1  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  32.22 
 
 		 292 aa  83.6  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  35.22 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  32.37 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.59 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  38.71 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  26.42 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  29.17 
 
 		 626 aa  52.8  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.13 
 
 		 632 aa  49.3  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  28.31 
 
 		 687 aa  48.1  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.65 
 
 		 628 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.65 
 
 		 628 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.31 
 
 		 630 aa  47.4  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.35 
 
 		 631 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.71 
 
 		 627 aa  47.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.3 
 
 		 628 aa  47.4  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  32.61 
 
 		 257 aa  47.4  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.06 
 
 		 627 aa  46.6  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.71 
 
 		 630 aa  46.2  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  32.12 
 
 		 270 aa  45.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.11 
 
 		 630 aa  45.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  27.41 
 
 		 272 aa  45.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  25.86 
 
 		 297 aa  44.3  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  28.57 
 
 		 634 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.15 
 
 		 631 aa  43.9  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.17 
 
 		 604 aa  42.4  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0443788 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>