38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2254 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 279 aa  542  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.61 
 
 		 271 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  35.47 
 
 		 271 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  36.6 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  35.61 
 
 		 271 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  34.34 
 
 		 271 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  32.95 
 
 		 271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  35.85 
 
 		 277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 278 aa  102  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  33.46 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  34.6 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.83 
 
 		 274 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  35.22 
 
 		 270 aa  98.6  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 279 aa  95.5  9e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  36.4 
 
 		 276 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  36.09 
 
 		 271 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  27.38 
 
 		 273 aa  90.9  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  28.95 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  34.82 
 
 		 287 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  34.02 
 
 		 269 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  35.04 
 
 		 275 aa  86.3  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.47 
 
 		 269 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.17 
 
 		 280 aa  84.7  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  35.93 
 
 		 268 aa  81.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  28.2 
 
 		 270 aa  80.1  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  38.75 
 
 		 283 aa  77.4  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  34.2 
 
 		 283 aa  77.8  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  32.41 
 
 		 263 aa  77.4  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  30.71 
 
 		 275 aa  75.9  0.0000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  32.09 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  31.9 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  40.38 
 
 		 288 aa  62  0.000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.85 
 
 		 266 aa  62  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  31.62 
 
 		 274 aa  52.8  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  40.91 
 
 		 280 aa  51.2  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  28.09 
 
 		 284 aa  49.7  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.51 
 
 		 260 aa  47  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  29.19 
 
 		 629 aa  47.4  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>