48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0134 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 279 aa  539  9.999999999999999e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  51.1 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  50.94 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  37.13 
 
 		 277 aa  113  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  36.6 
 
 		 271 aa  112  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  35.85 
 
 		 271 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.47 
 
 		 271 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  35.07 
 
 		 271 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  32.84 
 
 		 271 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  37.14 
 
 		 268 aa  97.4  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  33.58 
 
 		 271 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  34.3 
 
 		 285 aa  96.3  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  34.73 
 
 		 276 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  34.58 
 
 		 269 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.38 
 
 		 280 aa  89.7  5e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  32.85 
 
 		 278 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 269 aa  85.5  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.4 
 
 		 274 aa  80.1  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  32.72 
 
 		 275 aa  78.2  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  32.28 
 
 		 263 aa  76.6  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  34.52 
 
 		 275 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  32.33 
 
 		 277 aa  75.1  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  32.37 
 
 		 270 aa  75.1  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.22 
 
 		 266 aa  73.9  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  31.73 
 
 		 279 aa  73.9  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  28.01 
 
 		 273 aa  72.4  0.000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  32.42 
 
 		 287 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  35.45 
 
 		 271 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  41.01 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  32.87 
 
 		 288 aa  64.3  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  29.06 
 
 		 286 aa  58.9  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  31.1 
 
 		 283 aa  54.7  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.38 
 
 		 291 aa  47.4  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  26.56 
 
 		 278 aa  46.6  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  30.14 
 
 		 635 aa  45.4  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  30.08 
 
 		 272 aa  45.4  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.28 
 
 		 638 aa  45.4  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  34.55 
 
 		 274 aa  45.4  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  31.68 
 
 		 292 aa  44.3  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.89 
 
 		 624 aa  44.7  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.29 
 
 		 635 aa  44.3  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  28.57 
 
 		 635 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 287 aa  43.9  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30 
 
 		 633 aa  43.9  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.18 
 
 		 280 aa  43.9  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.75 
 
 		 628 aa  42.7  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.75 
 
 		 628 aa  42.7  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  28.4 
 
 		 260 aa  42.7  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>