106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8641 on replicon NC_011892
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
269 aa  524  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.92 
 
 
274 aa  242  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  56.54 
 
 
275 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  51.43 
 
 
276 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  48.12 
 
 
269 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  43.3 
 
 
277 aa  189  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  42.98 
 
 
270 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  38.24 
 
 
273 aa  181  9.000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  45.99 
 
 
268 aa  179  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  40.23 
 
 
271 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  42.19 
 
 
271 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  43.1 
 
 
275 aa  172  5.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.85 
 
 
271 aa  171  9e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  38.72 
 
 
271 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  42.19 
 
 
271 aa  165  5.9999999999999996e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  40.42 
 
 
271 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  38.61 
 
 
278 aa  158  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  38.64 
 
 
285 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.09 
 
 
280 aa  154  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  37.76 
 
 
287 aa  146  3e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.43 
 
 
266 aa  137  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  35.1 
 
 
278 aa  133  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  36.68 
 
 
277 aa  125  8.000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  42.19 
 
 
271 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  36.97 
 
 
286 aa  121  9.999999999999999e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  33.21 
 
 
299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  34.58 
 
 
263 aa  108  6e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  32.27 
 
 
270 aa  107  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 
279 aa  99.4  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  39.31 
 
 
288 aa  90.1  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  31.38 
 
 
292 aa  85.1  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  34.31 
 
 
283 aa  83.6  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  35.15 
 
 
279 aa  81.6  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  34.81 
 
 
283 aa  74.7  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  31.98 
 
 
635 aa  67.8  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.03 
 
 
287 aa  66.6  0.0000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.17 
 
 
615 aa  66.2  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  41.38 
 
 
280 aa  64.7  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.33 
 
 
615 aa  64.3  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.92 
 
 
638 aa  63.5  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.33 
 
 
623 aa  63.5  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.06 
 
 
631 aa  63.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.84 
 
 
630 aa  62.8  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  27.85 
 
 
629 aa  62.8  0.000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.77 
 
 
637 aa  62.4  0.000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  32.45 
 
 
634 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.26 
 
 
631 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 
627 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.05 
 
 
632 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.73 
 
 
632 aa  60.8  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  32.09 
 
 
629 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  31.65 
 
 
295 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  26.14 
 
 
617 aa  58.9  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  31.69 
 
 
687 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  30.38 
 
 
295 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.5 
 
 
624 aa  58.5  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  27.63 
 
 
284 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  30.38 
 
 
295 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.35 
 
 
633 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  30.47 
 
 
274 aa  57.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  32.03 
 
 
634 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.03 
 
 
635 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.4 
 
 
635 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.01 
 
 
628 aa  57  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.01 
 
 
628 aa  57  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  32.85 
 
 
626 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.03 
 
 
635 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.03 
 
 
635 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.84 
 
 
633 aa  55.8  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.58 
 
 
645 aa  55.5  0.0000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  28.09 
 
 
635 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  29.59 
 
 
297 aa  54.3  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.1 
 
 
624 aa  54.3  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.09 
 
 
635 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.09 
 
 
630 aa  53.1  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.53 
 
 
291 aa  53.1  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1099  xylose isomerase domain-containing protein  29.13 
 
 
293 aa  53.1  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.22 
 
 
630 aa  52.8  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.22 
 
 
630 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.23 
 
 
630 aa  52  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.73 
 
 
687 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.57 
 
 
630 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.09 
 
 
628 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.29 
 
 
632 aa  51.2  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.05 
 
 
684 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  29.05 
 
 
684 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.05 
 
 
684 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.05 
 
 
684 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  29.05 
 
 
684 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  29.05 
 
 
684 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.22 
 
 
630 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.22 
 
 
630 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.22 
 
 
630 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.79 
 
 
627 aa  49.7  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.59 
 
 
627 aa  48.9  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  37.78 
 
 
257 aa  48.5  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 
305 aa  47.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.36 
 
 
280 aa  48.1  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1656  xylose isomerase domain-containing protein  32 
 
 
297 aa  47  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.01 
 
 
305 aa  46.2  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>