79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1099 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1099  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 293 aa  595  1e-169  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  52.98 
 
 		 295 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  52.98 
 
 		 295 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  52.28 
 
 		 295 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.45 
 
 		 287 aa  202  7e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  34.22 
 
 		 274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  27.62 
 
 		 283 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.58 
 
 		 624 aa  59.3  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  25.56 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  32.22 
 
 		 288 aa  54.3  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.71 
 
 		 631 aa  54.3  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.21 
 
 		 615 aa  53.1  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.25 
 
 		 631 aa  53.1  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  24.82 
 
 		 284 aa  53.1  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.95 
 
 		 269 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.06 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.14 
 
 		 630 aa  52.4  0.000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30 
 
 		 615 aa  51.6  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.67 
 
 		 280 aa  51.6  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  29.01 
 
 		 283 aa  51.2  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  31.82 
 
 		 269 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  26.24 
 
 		 283 aa  50.4  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  31.43 
 
 		 629 aa  50.1  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0529  xylose isomerase-like TIM barrel  30.4 
 
 		 281 aa  50.4  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0189964  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.47 
 
 		 628 aa  50.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  25.76 
 
 		 277 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.56 
 
 		 623 aa  49.7  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  30.07 
 
 		 634 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  28.07 
 
 		 285 aa  50.1  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  31.96 
 
 		 271 aa  49.7  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  24.83 
 
 		 280 aa  49.3  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  27.72 
 
 		 273 aa  49.3  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3436  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.03 
 
 		 266 aa  49.3  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.21 
 
 		 269 aa  48.9  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.28 
 
 		 633 aa  48.5  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  28.28 
 
 		 635 aa  48.9  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.49 
 
 		 645 aa  48.1  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  28.12 
 
 		 617 aa  47.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  28.95 
 
 		 626 aa  48.1  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0115  xylose isomerase domain-containing protein  27.21 
 
 		 286 aa  47.8  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.99603  normal  0.236776 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  30 
 
 		 687 aa  47.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  23.94 
 
 		 278 aa  47.4  0.0003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1586  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.89 
 
 		 621 aa  47.4  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435654  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.79 
 
 		 637 aa  47  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.08 
 
 		 283 aa  47  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  29.22 
 
 		 278 aa  47  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  28.36 
 
 		 268 aa  46.6  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.79 
 
 		 604 aa  46.2  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.82 
 
 		 638 aa  45.8  0.0008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.54 
 
 		 632 aa  45.8  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  33.33 
 
 		 285 aa  45.4  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  29.55 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.53 
 
 		 632 aa  45.4  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4442  xylose isomerase domain-containing protein  26.9 
 
 		 298 aa  45.4  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.481875  normal  0.31172 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  28.22 
 
 		 634 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.4 
 
 		 313 aa  44.7  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  33.33 
 
 		 271 aa  44.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.3 
 
 		 313 aa  44.3  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.37 
 
 		 627 aa  44.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.22 
 
 		 635 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.83 
 
 		 624 aa  44.7  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  28.37 
 
 		 272 aa  44.3  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.14 
 
 		 630 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29270  sugar phosphate isomerase/epimerase  23.49 
 
 		 280 aa  43.9  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  26.92 
 
 		 629 aa  44.3  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.44 
 
 		 282 aa  43.9  0.004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  30.25 
 
 		 298 aa  43.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.32 
 
 		 628 aa  43.5  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.32 
 
 		 628 aa  43.5  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.58 
 
 		 635 aa  42.7  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3689  xylose isomerase domain-containing protein  29.63 
 
 		 266 aa  42.7  0.007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.58 
 
 		 635 aa  42.7  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  26.67 
 
 		 258 aa  42.7  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2842  Hydroxypyruvate isomerase  30.88 
 
 		 271 aa  42.7  0.008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0814661  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.65 
 
 		 303 aa  42.4  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.58 
 
 		 635 aa  42.4  0.009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.87 
 
 		 627 aa  42.4  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08170  hydroxypyruvate isomerase  31.96 
 
 		 276 aa  42.4  0.01  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.461944  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  22.96 
 
 		 262 aa  42.4  0.01  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>