48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_28710 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_28710  sugar phosphate isomerase/epimerase  100 
 
 		 307 aa  644    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0885144  normal  0.0589318 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00560  sugar phosphate isomerase/epimerase  71.66 
 
 		 309 aa  474  1e-132  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3101  xylose isomerase domain-containing protein  49.67 
 
 		 324 aa  325  5e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0883  xylose isomerase domain-containing protein  49.83 
 
 		 334 aa  325  8.000000000000001e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.106547  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1920  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.78 
 
 		 338 aa  308  9e-83  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4227  xylose isomerase domain-containing protein  47.49 
 
 		 313 aa  298  9e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220336  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0182  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.63 
 
 		 321 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000874694 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1546  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.48 
 
 		 322 aa  272  4.0000000000000004e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.904982  normal  0.2091 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0622  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.67 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0529  xylose isomerase-like TIM barrel  25.2 
 
 		 281 aa  57  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0189964  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0499  xylose isomerase domain-containing protein  22.83 
 
 		 282 aa  55.5  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0649  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.63 
 
 		 282 aa  55.5  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1811  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.13 
 
 		 287 aa  54.7  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00140377  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0126  hexulose-6-phosphate isomerase  18.18 
 
 		 291 aa  54.3  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0146  hexulose-6-phosphate isomerase  18.18 
 
 		 291 aa  54.7  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1458  xylose isomerase-like TIM barrel  26 
 
 		 291 aa  52.8  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.894735  normal  0.314242 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4869  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.95 
 
 		 310 aa  51.6  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.31 
 
 		 311 aa  50.8  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.207332  normal  0.133468 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4748  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.2 
 
 		 284 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4655  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.54 
 
 		 284 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4784  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.54 
 
 		 284 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.871942  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1682  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.34 
 
 		 287 aa  50.1  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4441  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.2 
 
 		 284 aa  49.3  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3816  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  19.87 
 
 		 284 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00643692 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.86 
 
 		 279 aa  48.9  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0346457 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4665  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.07 
 
 		 284 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4805  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.2 
 
 		 284 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.296767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  23.44 
 
 		 268 aa  48.1  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0433  xylose isomerase domain-containing protein  23.29 
 
 		 279 aa  47.8  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3796  hexulose-6-phosphate isomerase  19.87 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.542065  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1810  xylose isomerase domain-containing protein  26.47 
 
 		 287 aa  47.4  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.753291 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4758  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  19.87 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.65 
 
 		 289 aa  47.8  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4668  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  19.87 
 
 		 284 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04026  hypothetical protein  19.87 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4727  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  19.87 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639292  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04064  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  19.87 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0870  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.49 
 
 		 280 aa  47  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.505971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5713  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  19.87 
 
 		 284 aa  46.6  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0121  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  18.55 
 
 		 290 aa  46.2  0.0008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0124  xylose isomerase domain-containing protein  23.9 
 
 		 278 aa  45.4  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.25 
 
 		 273 aa  45.8  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.34 
 
 		 292 aa  44.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1537  xylose isomerase domain-containing protein  23.39 
 
 		 283 aa  45.1  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.505536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2394  xylose isomerase domain-containing protein  28.76 
 
 		 259 aa  43.1  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0499  xylose isomerase domain-containing protein  23.05 
 
 		 304 aa  42.7  0.009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00421742  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2296  xylose isomerase domain-containing protein  25.33 
 
 		 284 aa  42.4  0.01  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.837995  normal  0.299582 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1988  petrobactin biosynthesis protein AsbF  24.24 
 
 		 280 aa  42.4  0.01  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>