64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2628 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2628  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 289 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2298  xylose isomerase-like TIM barrel  67.04 
 
 		 296 aa  376  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3763  xylose isomerase domain-containing protein  51.61 
 
 		 278 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.189394 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3527  xylose isomerase domain-containing protein  51.67 
 
 		 291 aa  273  3e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4058  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.25 
 
 		 278 aa  273  3e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.88 
 
 		 278 aa  263  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.72992  normal  0.677617 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3341  petrobactin biosynthesis protein AsbF  42.49 
 
 		 280 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.935338  hitchhiker  0.0000000000000165736 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1849  xylose isomerase domain-containing protein  43.8 
 
 		 280 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.159061  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1843  hypothetical protein  43.12 
 
 		 280 aa  238  5.999999999999999e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2021  petrobactin biosynthesis protein AsbF  43.12 
 
 		 280 aa  238  5.999999999999999e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.84806e-44 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1986  hypothetical protein  43.12 
 
 		 280 aa  238  5.999999999999999e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1817  hypothetical protein  43.12 
 
 		 280 aa  238  5.999999999999999e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1800  hypothetical protein  42.55 
 
 		 280 aa  237  1e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1988  petrobactin biosynthesis protein AsbF  41.76 
 
 		 280 aa  237  2e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2516  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.52 
 
 		 271 aa  79.3  0.00000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.610941  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28960  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.68 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.34 
 
 		 332 aa  57.8  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0435  xylose isomerase domain-containing protein  23.79 
 
 		 266 aa  57  0.0000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.54 
 
 		 276 aa  56.6  0.0000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  26.64 
 
 		 332 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  26.64 
 
 		 332 aa  54.3  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2482  oxidoreductase domain-containing protein  27.13 
 
 		 644 aa  53.5  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.230989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4822  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.93 
 
 		 261 aa  52.4  0.000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000375488  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3434  xylose isomerase domain-containing protein  37.65 
 
 		 303 aa  52  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  25.21 
 
 		 338 aa  51.2  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0870  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.17 
 
 		 280 aa  49.3  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.505971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50050  2-keto-myo-inositol dehydratase  28.4 
 
 		 303 aa  48.1  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.14 
 
 		 300 aa  48.9  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0458  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.5 
 
 		 266 aa  48.5  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.590308 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.17 
 
 		 331 aa  47.4  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4573  xylose isomerase-like TIM barrel  26.9 
 
 		 308 aa  47.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.44 
 
 		 277 aa  47  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  24.57 
 
 		 271 aa  47  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5751  xylose isomerase domain-containing protein  32.94 
 
 		 304 aa  47.4  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.03 
 
 		 284 aa  47  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0571066  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.29 
 
 		 338 aa  46.2  0.0006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2612  xylose isomerase domain-containing protein  22.01 
 
 		 294 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1537  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 283 aa  46.2  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.505536  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  23.75 
 
 		 307 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.54 
 
 		 322 aa  45.4  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3560  xylose isomerase domain-containing protein  23.37 
 
 		 300 aa  45.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27811 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3316  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.3 
 
 		 285 aa  44.7  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0367293 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.38 
 
 		 335 aa  44.3  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.19 
 
 		 337 aa  43.9  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1348  xylose isomerase domain-containing protein  24.38 
 
 		 308 aa  43.5  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  23.78 
 
 		 297 aa  43.5  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  25.27 
 
 		 310 aa  43.5  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.76 
 
 		 277 aa  43.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  24.29 
 
 		 334 aa  43.1  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.38 
 
 		 333 aa  43.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3969  xylose isomerase domain-containing protein  26.06 
 
 		 290 aa  43.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0171269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3267  hydroxypyruvate isomerase  32.03 
 
 		 266 aa  43.1  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0107581 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.47 
 
 		 339 aa  42.7  0.007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 		 274 aa  42.7  0.007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.61 
 
 		 335 aa  42.7  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  24 
 
 		 347 aa  42.7  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2200  xylose isomerase domain-containing protein  28.95 
 
 		 288 aa  42.7  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  23.68 
 
 		 287 aa  42.7  0.008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  23.46 
 
 		 335 aa  42.7  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.2 
 
 		 334 aa  42.4  0.008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1679  xylose isomerase domain-containing protein  30.14 
 
 		 300 aa  42.4  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338989  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  26.12 
 
 		 305 aa  42.4  0.01  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.67 
 
 		 282 aa  42.4  0.01  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  27.49 
 
 		 296 aa  42.4  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>