130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0401 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  100 
 
 		 354 aa  724    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19520  xylose isomerase  51.71 
 
 		 354 aa  390  1e-107  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  33.44 
 
 		 298 aa  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  30.1 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  30.31 
 
 		 326 aa  126  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.17 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.58 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  31.74 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1696  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.43 
 
 		 368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  28.48 
 
 		 380 aa  102  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  25.94 
 
 		 709 aa  96.7  5e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  26.97 
 
 		 405 aa  87  5e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  24.29 
 
 		 382 aa  87  5e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  27.57 
 
 		 408 aa  80.5  0.00000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.78 
 
 		 403 aa  80.5  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  29.61 
 
 		 407 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  28.1 
 
 		 386 aa  78.2  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0708  xylose isomerase domain-containing protein  24.91 
 
 		 371 aa  76.3  0.0000000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00278763  hitchhiker  0.000000000165231 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  30.14 
 
 		 389 aa  75.9  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  26.07 
 
 		 382 aa  73.9  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0181  xylose isomerase  28.78 
 
 		 397 aa  73.6  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2618  xylose isomerase  28 
 
 		 389 aa  73.2  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  27.27 
 
 		 395 aa  72.8  0.000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2884  xylose isomerase  28.57 
 
 		 389 aa  72.4  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1762  xylose isomerase  27.93 
 
 		 386 aa  72.4  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  26.21 
 
 		 395 aa  72.4  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  27.01 
 
 		 403 aa  71.2  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  29.17 
 
 		 407 aa  71.6  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0438  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.18 
 
 		 383 aa  72  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000351893  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  26.3 
 
 		 409 aa  70.1  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  25.91 
 
 		 388 aa  69.3  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1795  xylose isomerase  28.95 
 
 		 379 aa  68.9  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000406384  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  26.91 
 
 		 395 aa  68.2  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0695  xylose isomerase  26.69 
 
 		 387 aa  68.6  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591309 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4214  xylose isomerase domain-containing protein  24.64 
 
 		 424 aa  67.4  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0943011  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.93 
 
 		 424 aa  66.6  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.17 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  28 
 
 		 390 aa  66.6  0.0000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  28.64 
 
 		 381 aa  66.2  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0353  Xylose isomerase  29.22 
 
 		 383 aa  66.2  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.539165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1603  xylose isomerase  26.33 
 
 		 385 aa  65.1  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  29.03 
 
 		 389 aa  65.1  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0903  xylose isomerase  29.13 
 
 		 385 aa  64.3  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.122683 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  27.04 
 
 		 395 aa  64.3  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  28.09 
 
 		 384 aa  64.7  0.000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  23.89 
 
 		 391 aa  64.3  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  25.78 
 
 		 388 aa  64.3  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  27.55 
 
 		 396 aa  63.9  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01690  xylose isomerase  29.1 
 
 		 397 aa  63.9  0.000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  30.68 
 
 		 392 aa  62.4  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0645  xylose isomerase  27.1 
 
 		 396 aa  62  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12173  normal  0.0105473 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  25.07 
 
 		 382 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  28.12 
 
 		 393 aa  60.8  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  25.07 
 
 		 382 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  25 
 
 		 397 aa  60.8  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  24.05 
 
 		 382 aa  60.1  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  31.25 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  24.26 
 
 		 396 aa  59.7  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.74 
 
 		 428 aa  58.9  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  24.3 
 
 		 388 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  25.35 
 
 		 382 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  24.63 
 
 		 390 aa  59.3  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  25.32 
 
 		 405 aa  58.9  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  26.19 
 
 		 385 aa  58.2  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3307  xylose isomerase  25.17 
 
 		 393 aa  58.2  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0151761 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  27.08 
 
 		 392 aa  58.5  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3254  xylose isomerase  25.37 
 
 		 390 aa  57.4  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.150364 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.48 
 
 		 424 aa  57.4  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  24.93 
 
 		 387 aa  57  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  25.62 
 
 		 388 aa  55.5  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  25.27 
 
 		 392 aa  55.8  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0757  xylose isomerase  25.11 
 
 		 437 aa  54.7  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2375  xylose isomerase  28.57 
 
 		 387 aa  54.3  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0454  xylose isomerase  23.89 
 
 		 399 aa  53.9  0.000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6633  xylose isomerase  25.49 
 
 		 440 aa  53.9  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.2 
 
 		 268 aa  53.9  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2622  xylose isomerase  24.03 
 
 		 440 aa  53.5  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.527813 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  23.91 
 
 		 396 aa  53.9  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1733  xylose isomerase  23.89 
 
 		 436 aa  53.5  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.382603  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2342  xylose isomerase  28.27 
 
 		 441 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.158471 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.75 
 
 		 424 aa  52  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0078  xylose isomerase  26.07 
 
 		 439 aa  50.8  0.00004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  23.46 
 
 		 274 aa  50.4  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4207  xylose isomerase  26.38 
 
 		 440 aa  50.1  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.173601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  25.7 
 
 		 396 aa  49.7  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2838  xylose isomerase  25.66 
 
 		 433 aa  49.7  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0695629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2443  xylose isomerase  24.14 
 
 		 438 aa  49.7  0.00009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6506  xylose isomerase  26.77 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254155  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6332  xylose isomerase  26.77 
 
 		 440 aa  48.9  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6740  xylose isomerase  26.77 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0817214  normal  0.561733 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2714  xylose isomerase  24.24 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0757735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4102  xylose isomerase  24.19 
 
 		 439 aa  49.3  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4161  xylose isomerase  24.19 
 
 		 439 aa  49.3  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.667715  normal  0.0336803 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0056  xylose isomerase  24.19 
 
 		 439 aa  49.3  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6329  xylose isomerase  26.77 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1176  xylose isomerase  25.66 
 
 		 433 aa  48.5  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0800628  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2789  xylose isomerase  25.52 
 
 		 436 aa  48.5  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3411  xylose isomerase  26.5 
 
 		 435 aa  48.1  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6032  xylose isomerase  26.77 
 
 		 440 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.383264  normal  0.793977 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.89 
 
 		 276 aa  48.1  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>