80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_6712 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  100 
 
 		 388 aa  792    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  78.15 
 
 		 390 aa  615  1e-175  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  73.03 
 
 		 396 aa  588  1e-167  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  75 
 
 		 392 aa  574  1.0000000000000001e-163  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  72.18 
 
 		 391 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  70.98 
 
 		 398 aa  560  1e-158  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  71.8 
 
 		 388 aa  555  1e-157  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3107  L-rhamnose isomerase  67.01 
 
 		 388 aa  538  9.999999999999999e-153  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4673  L-rhamnose isomerase  69.01 
 
 		 388 aa  538  9.999999999999999e-153  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239648  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  70.78 
 
 		 388 aa  538  9.999999999999999e-153  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  67.27 
 
 		 388 aa  536  1e-151  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  66.23 
 
 		 392 aa  531  1e-150  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  66.06 
 
 		 387 aa  521  1e-147  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  65.18 
 
 		 382 aa  518  1e-146  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  65.18 
 
 		 382 aa  518  1e-146  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  65.18 
 
 		 382 aa  518  1e-146  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  59.38 
 
 		 405 aa  471  1e-132  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  58.14 
 
 		 408 aa  462  1e-129  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  57.77 
 
 		 396 aa  448  1e-125  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  55.24 
 
 		 396 aa  429  1e-119  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  55.41 
 
 		 409 aa  424  1e-117  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  53.75 
 
 		 403 aa  409  1e-113  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  51.88 
 
 		 397 aa  404  1e-111  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2987  L-rhamnose isomerase  56.38 
 
 		 394 aa  386  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  49.59 
 
 		 382 aa  377  1e-103  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.52 
 
 		 428 aa  324  2e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  45.34 
 
 		 430 aa  323  3e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  44.65 
 
 		 430 aa  317  2e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5806  L-rhamnose catabolism isomerase  45.03 
 
 		 430 aa  316  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142354  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  43.78 
 
 		 429 aa  308  1.0000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6706  L-rhamnose catabolism isomerase  43.72 
 
 		 430 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.161678 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1726  xylose isomerase-like TIM barrel  43.78 
 
 		 429 aa  306  3e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2116  L-rhamnose catabolism isomerase  42.05 
 
 		 428 aa  305  6e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.885684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.59 
 
 		 424 aa  301  1e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.67 
 
 		 424 aa  298  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  45.14 
 
 		 430 aa  294  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4214  xylose isomerase domain-containing protein  41.13 
 
 		 424 aa  292  8e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0943011  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.32 
 
 		 424 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4611  xylose isomerase domain-containing protein  40.05 
 
 		 427 aa  281  1e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  29.19 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  27.13 
 
 		 326 aa  64.3  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  27.69 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  28.34 
 
 		 395 aa  60.5  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  28.64 
 
 		 395 aa  60.1  0.00000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3307  xylose isomerase  25.76 
 
 		 393 aa  55.8  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0151761 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  28.79 
 
 		 405 aa  55.5  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.7 
 
 		 332 aa  54.3  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  25.28 
 
 		 354 aa  53.9  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  28.14 
 
 		 395 aa  53.5  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  29.19 
 
 		 407 aa  53.1  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  28.64 
 
 		 395 aa  53.5  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0645  xylose isomerase  27.13 
 
 		 396 aa  53.1  0.000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12173  normal  0.0105473 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0181  xylose isomerase  28.36 
 
 		 397 aa  52.8  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  27.38 
 
 		 389 aa  51.6  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  25.52 
 
 		 389 aa  52.4  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01690  xylose isomerase  27.54 
 
 		 397 aa  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  27.8 
 
 		 384 aa  51.6  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  27.11 
 
 		 393 aa  51.2  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  26.92 
 
 		 392 aa  49.7  0.00008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1795  xylose isomerase  28.92 
 
 		 379 aa  48.1  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000406384  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  25.36 
 
 		 381 aa  48.5  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  25.6 
 
 		 382 aa  48.5  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0353  Xylose isomerase  26.72 
 
 		 383 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.539165  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3486  L-rhamnose isomerase  25.1 
 
 		 418 aa  48.1  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0708  xylose isomerase domain-containing protein  31.82 
 
 		 371 aa  48.9  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00278763  hitchhiker  0.000000000165231 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  27.23 
 
 		 407 aa  48.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2820  xylose isomerase  27.72 
 
 		 436 aa  47.8  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.489798  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  24.31 
 
 		 709 aa  47.4  0.0004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4329  L-rhamnose isomerase  25.62 
 
 		 419 aa  46.2  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.103979 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4289  L-rhamnose isomerase  25.62 
 
 		 419 aa  46.2  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4441  L-rhamnose isomerase  23.29 
 
 		 419 aa  46.2  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19520  xylose isomerase  26.09 
 
 		 354 aa  45.8  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3315  L-rhamnose isomerase  27.27 
 
 		 427 aa  45.8  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556349 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4375  L-rhamnose isomerase  25.62 
 
 		 419 aa  46.2  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4260  L-rhamnose isomerase  25.62 
 
 		 419 aa  46.2  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.435569  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  28.36 
 
 		 385 aa  45.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  27.92 
 
 		 386 aa  44.7  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2909  EryC, D-erythrulose-1-phosphate dehydrogenase  32.38 
 
 		 310 aa  44.3  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.124827  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3254  xylose isomerase  28.42 
 
 		 390 aa  43.9  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.150364 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>