136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_2644 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 332 aa  679    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  59.17 
 
 		 298 aa  362  3e-99  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  35.35 
 
 		 326 aa  185  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  36.08 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  32.65 
 
 		 709 aa  162  8.000000000000001e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  33.99 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  27.58 
 
 		 354 aa  124  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0708  xylose isomerase domain-containing protein  28.99 
 
 		 371 aa  119  4.9999999999999996e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00278763  hitchhiker  0.000000000165231 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  28.47 
 
 		 380 aa  119  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19520  xylose isomerase  26.36 
 
 		 354 aa  103  4e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  28.62 
 
 		 405 aa  89.7  6e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1696  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.04 
 
 		 368 aa  84.7  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  28.09 
 
 		 408 aa  79  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  28.05 
 
 		 386 aa  78.2  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  25.15 
 
 		 396 aa  77  0.0000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  26.35 
 
 		 396 aa  76.3  0.0000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  26.53 
 
 		 382 aa  73.2  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  28.9 
 
 		 403 aa  73.2  0.000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.91 
 
 		 428 aa  73.2  0.000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  24.93 
 
 		 382 aa  72.8  0.000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.23 
 
 		 424 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2884  xylose isomerase  26.62 
 
 		 389 aa  72  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.9 
 
 		 403 aa  72.4  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2618  xylose isomerase  26.3 
 
 		 389 aa  68.9  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  25.3 
 
 		 387 aa  68.9  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  27.36 
 
 		 391 aa  68.2  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  26.09 
 
 		 429 aa  68.2  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  24.72 
 
 		 397 aa  67.8  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  29.44 
 
 		 409 aa  67  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  27.54 
 
 		 382 aa  65.9  0.0000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  27.54 
 
 		 382 aa  65.9  0.0000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  24.89 
 
 		 390 aa  65.5  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  27.54 
 
 		 382 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.61 
 
 		 424 aa  65.1  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  26.59 
 
 		 398 aa  64.3  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  25.66 
 
 		 381 aa  62  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0353  Xylose isomerase  25.09 
 
 		 383 aa  62  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.539165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0903  xylose isomerase  25.44 
 
 		 385 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.122683 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  25.67 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0695  xylose isomerase  26.24 
 
 		 387 aa  60.1  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591309 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.21 
 
 		 424 aa  60.1  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  25 
 
 		 389 aa  60.1  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1762  xylose isomerase  24.9 
 
 		 386 aa  59.3  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1726  xylose isomerase-like TIM barrel  26.83 
 
 		 429 aa  58.9  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  24.36 
 
 		 395 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  24.92 
 
 		 395 aa  57.8  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  24.83 
 
 		 382 aa  57.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6706  L-rhamnose catabolism isomerase  25.97 
 
 		 430 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.161678 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5806  L-rhamnose catabolism isomerase  25.59 
 
 		 430 aa  57.4  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142354  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1603  xylose isomerase  23.4 
 
 		 385 aa  57.4  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  25.31 
 
 		 395 aa  57  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  26.27 
 
 		 407 aa  57  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  24.78 
 
 		 388 aa  57  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3254  xylose isomerase  28.71 
 
 		 390 aa  56.6  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.150364 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  25.7 
 
 		 430 aa  56.2  0.0000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  27.43 
 
 		 390 aa  55.8  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2210  xylose isomerase  25.71 
 
 		 445 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  23.28 
 
 		 388 aa  55.8  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2375  xylose isomerase  24.65 
 
 		 387 aa  55.8  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01690  xylose isomerase  23.81 
 
 		 397 aa  55.5  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  25.56 
 
 		 385 aa  55.1  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  26.21 
 
 		 395 aa  55.1  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  25.26 
 
 		 392 aa  54.7  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3107  L-rhamnose isomerase  23.58 
 
 		 388 aa  55.1  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  25 
 
 		 407 aa  53.9  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  25.7 
 
 		 388 aa  54.3  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  25 
 
 		 384 aa  53.9  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1929  xylose isomerase  28.64 
 
 		 442 aa  53.5  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116682  normal  0.849458 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  30.06 
 
 		 285 aa  53.5  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0181  xylose isomerase  24.77 
 
 		 397 aa  53.1  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3429  xylose isomerase  26.32 
 
 		 439 aa  52.8  0.000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.456821  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1795  xylose isomerase  23.15 
 
 		 379 aa  52.4  0.000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000406384  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2303  xylose isomerase  26.74 
 
 		 438 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.618327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2443  xylose isomerase  24.75 
 
 		 438 aa  51.6  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2883  xylose isomerase  27.27 
 
 		 438 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.587252 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1757  xylose isomerase  24.61 
 
 		 444 aa  50.8  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2180  xylose isomerase  26.83 
 
 		 441 aa  50.8  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000174675  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  23.49 
 
 		 396 aa  50.4  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0547  xylose isomerase  28.21 
 
 		 435 aa  50.4  0.00005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  23.26 
 
 		 430 aa  50.1  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  25.27 
 
 		 393 aa  50.4  0.00005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0130  xylose isomerase  25.13 
 
 		 448 aa  49.7  0.00006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00829449  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19530  xylose isomerase  24.75 
 
 		 439 aa  49.7  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  26.02 
 
 		 392 aa  49.3  0.00009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0349  xylose isomerase  28.96 
 
 		 443 aa  48.9  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_30786  xylose isomerase  26.83 
 
 		 445 aa  48.9  0.0001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.133263  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3002  xylose isomerase  26.74 
 
 		 438 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123977  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2615  xylose isomerase  29.88 
 
 		 433 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.242694 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  23.62 
 
 		 430 aa  48.1  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  24.12 
 
 		 388 aa  48.5  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0549  xylose isomerase  27.69 
 
 		 435 aa  47.8  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3726  xylose isomerase  23.01 
 
 		 439 aa  47.4  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658908  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2987  L-rhamnose isomerase  27.91 
 
 		 394 aa  47  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2789  xylose isomerase  24.26 
 
 		 436 aa  47.4  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  23.91 
 
 		 396 aa  47  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2688  xylose isomerase  26.21 
 
 		 445 aa  47  0.0005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1996  xylose isomerase  28.66 
 
 		 434 aa  46.2  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00412566  normal  0.553751 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3307  xylose isomerase  25.48 
 
 		 393 aa  46.2  0.0008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0151761 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0078  xylose isomerase  25.27 
 
 		 439 aa  46.2  0.0008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>